iPhone5Sと6は、メモリが1GBしかないため、UIの巨大画像がメモリを圧迫し、シーンの遷移で落ちることがあります。

SceneManager.LoadSceneの第二引数にLoadSceneMode.Singleを設定したとしても、シーン移行のタイミングでは、遷移前のシーンと、遷移後のシーンの両方のメモリを専有するようです。

最初は、テクスチャの参照カウントを0にすれば、LoadScene内でも解放されるはずだと期待して、循環参照になりそうなGameObjectにOnDestroyでnullを代入したりしていたのですが、一向に参照カウントが減少せず、仕様だと諦めました。

2シーンの合計となると、半分のメモリしか使用できないため、ゲームのクオリティが落ちてしまいます。この問題を解消するには、空のシーン、俗に言うローディング画面を間に挟むとよいようです。

遷移開始時は以下のようにします。

SceneManager.LoadScene ("loading");
Resources.UnloadUnusedAssets();
System.GC.Collect();

Updateの中で、loadingに遷移したタイミングで本当に行きたかったシーンに遷移します。

if(SceneManager.GetActiveScene().name=="loading"){
SceneManager.LoadScene("next_scene");
Resources.UnloadUnusedAssets();
System.GC.Collect();
}

これにより、iPhone5Sでも落ちなくなりました。