Ag++

色々あってTOKYOに戻ってきました。

RDKitのソースビルド&インストールチャレンジ without conda

RDKitって使い方を全然知らないんですけれどとりあえずインストールチャレンジしてみました。続きを読む

だれでも簡単にできる!Gaussian 09とONIOM法による反応遷移状態の探索 その4

ようやく本題であるところの遷移状態の探索について述べます。
いや〜(中断期間が)長かったね。
前回の記事はこちら
また、今回のTSを決めるためのGaussian 09インプットサンプルファイルはここの中のstep4ディレクトリに入れておきましたので、右上の方のメニューからダウンロードして解凍して、中身を見てください。続きを読む

Mac OS XへのHomebrewを使った最新版PyMOLのインストール方法

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MacへのHomebrewを使ったPyMOLのインストール方法の完全版。
多分これが完璧だと思います(フラグ)続きを読む

Gromacs 2016.3をMac OS X Sierra上にインストール

Mac OSがSierraになってからGromacsを(ソースコードから)インストールするときに色々留意点が存在するようなので、ここにメモしておきます。

0. 環境

1. 最も簡単なインストール方法

Homebrewがインストールされていれば、ターミナルを開き、
brew doctor
brew cleanup
brew update
brew install gromacs
でおしまいです。お疲れ様でした。


……なんですが、そもそもGromacsはインストール時に色々オプションを付けられるはずなので(もしかしたらbrew install gromacs時に何かオプションを付ければいけるのかもしれないですけれど)、ソースコードからインストールする方法を再確認してみます。
続きを読む

Installation of VMD 1.9.3

主にUbuntu 16.04にソースからビルドしてインストールする人向け。MacやWindowsの人は公式ページから素直にバイナリ版をダウンロードして使ったほうが100倍早いです。 かなり難解で意外とドキュメントが少ないので苦労した。続きを読む

Perl extension for manipulating PDB files

師匠氏が作ったPerlモジュールのインストールをMac OS X上に行います。師匠氏のサイトはこちら。Source code package: PDB.tgz. のところからPDB.tgzをダウンロードします。
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GromacsにおけるProduction runの設定ファイルの例

GromacsによるMDシミュレーションのProduction runの設定例をここにメモしておきます。続きを読む

Gromacsを使ったエネルギー最小化

前回の記事(AmberTools 16を使ってMD simulationをしてみよう(その2))の続き。続きを読む

Gromacsを使ったNPT, NVT平衡化

前回の記事(Gromacsを使ったエネルギー最小化)の続き。

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Dockerを使ってantiSMASHを楽々インストール

バイオインフォマティクスの解析でantiSMASHが使われることがありますが、最近はLinuxサポートのみになったように一見思われます。しかし、Dockerを使えば簡単にインストールすることができるので、試してみましょう。続きを読む
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