Mac OSにAmberTools 14をインストール

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Comments

[1. 福助]

大変参考になりました。
./configureでエラーがでて進まなかったので調べてみたら、gccのバージンが元のままでした。
パスは/usr/local/binが一番先頭に来ているのにHomebrewで何度入れ直しても反映されませんでした。
/usr/local/binの中身を見るとgccは無くgcc-4.8でした。
gcc-4.8とg++-4.8にシンボリックリンクを貼ってgcc、g++としたところ無事configureできました。
UNIXの知識が乏しいので思わぬところで詰んでしまいました。

[2. 銀すみす]

福助さん、どうもありがとうございました。私自身も確かにlnコマンドを使ってシンボリックリンクを貼っていましたが、記事を書くにあたってそこを飛ばしていました。情報感謝いたします。

[3. もーす]

gccのインストールが参考になりました(openMPに新しいバージョンのgccが必要だったので)

[4. 福助]

XQuartzをインストールして、amber14/AmberTools/src/configure2の617行目辺りに
elif [ -d /opt/X11/lib ]; then
xhome='/opt/X11’
を書き加えてコンパイルしたらxleapとかもつかえるようになりました。

[5. 銀すみす]

福助さんxleapについての情報をどうもありがとうございます！！！xleapが使えれば簡単に分子を構築することが可能になるので、非常に有用な情報です！！MD初心者にこれを教えてきますね！！

[6. kota]

amber14フォルダを/usr/localにmvするところで、permissionでエラーが出ました。sudoで移動することはできましたが、その後の

./configure -noX11 gnu

で

ERROR: RISM and PBSA FFT solver require version 4.3 or higher of the GNU compiler.
Please re-run configure with the '-nofftw3' flag to use this compiler:

というエラーが出ました。-nofftw3をつけて

./configure -nofftw3 -noX11 gnu

としたところ、configureは通ったのですが、make installでエラーが出てしまいました。

これはconfigureの部分でつまづいているのでしょうか？

[7. kota]

ちなみに、gccのversionは7.2.0です。

[8. kota]

すみません、新しいambertoolsのインストール記事がありましたね。そちらを参考に、新しい方を入れることができました。ありがとうございました。