WindowsとLinuxでは、改行コードが異なります。
改行コードは、それぞれ以下の通りです。
 Windows … CRLF(キャリッジリターン+ラインフィード)
 Linux … LF(ラインフィード)

上記の違いにより、Windowsで作成したテキストファイルをLinuxにコピーして利用する場合、改行コードを変更しなければならない事があります。
(プログラム等で処理する場合、改行コードの違いによって正しく処理できないことがあるためです)
このような場合にLinuxのコマンドで改行コードを変換する方法について説明します。

Linuxには、trコマンドという文字列操作用コマンドがあります。
このコマンドでは、文字列の置き換えや削除ができるため、これを利用して改行コードをLinuxのコードに置き換えます。
(正確には、改行コードのCRを削除すれば、Linux用の改行コードになります)

以下、改行コードからCRを削除するコマンドです。
# tr -d '\r' <入力ファイルパス> 出力ファイルパス

オプションについての説明です。
 ・-dは、指定した文字の削除を意味します。
 ・"\r"は、復帰コード(キャリッジリターン)を表します。
 ・入力ファイルパスには、改行コードのCRを削除したいテキストファイルのパスを指定します。
 ・出力ファイルパスには、変換後の結果を保存するファイルパスを指定します。
  入力ファイルパスと同じファイルに上書きする場合には、入力ファイルパスと同じものを指定します。

尚、改行コードを確認するには、odコマンドを利用します。
# od -c テキストファイルパス

ここで確認したテキストファイルに「\r \n」というコードがあった場合、改行コードがCRLFとなります。
単に「\n」となっている場合は、改行コードがLFとなっているため、Linux用の改行コードとなっています。

以下、改行コードを変換する手順です。
テキストファイル「test.txt」の改行コードを変換する場合を例に説明します。

《事前準備(Windowsでの操作)》
 1.メモ帳を開く。
 2.改行を含めた適当な内容を記述する。
 3.ファイルを保存する。
  →ファイル名を「test.txt」とする。
 4.Linuxに作成したファイルをコピーする。
  →記憶媒体(USBメモリ等)やネットワーク経由でコピーする。
   コピー先のディレクトリは、「/usr」とする。

《改行コードの変換(Linuxでの操作)》
 1.改行コードを確認する。
# od -c /usr/test.txt

 2.復帰コードを削除する。
# tr -d "\r" </usr/test.txt> /usr/test2.txt

 3.改行コードを確認する。
# od -c /usr/test2.txt
 

【補足事項】
・テキストエディタによっては、改行コードを指定できるものがあります。
 (秀丸エディタやサクラエディタ等)
 このようなテキストエディタで改行コードをLFにした場合は、上記の操作は不要です。
・Windows、Linux、Mac OS用に改行コードを変換するためのツールが公開されています。
 上記の操作が面倒な方は、そちらを利用しても良いかと思います。
・CやC++のソースファイルやMakefileの場合、改行コードの変換が必須です。
 →改行コードが正しくない場合、コンパイル中やMake実行中にエラーが発生します。
・入力ファイルと出力ファイルが同じ場合、処理後のファイルが空になってしまいますのでご注意下さい。

追記:
「3.改行コードを確認する」の前にファイル名を「test2.txt」から「test.txt」に変更した場合には、以下のコマンドで確認できます。
# od -c /usr/test.txt

ファイルのリネーム(変更)は、MVコマンドで行います。
MV 移動元ファイル 移動先ファイル

MV test2.txt test.txt