オープンバイオ
2008年11月01日
昔(2007/01/20)書いたものの更新
- 日本語情報サイトがない物にチュートリアルのリンク等探す予定
~カテゴリ | 本家リンク / Google検索数 *1) | 日本語情報サイト | 概要 | |
環境 | KNOB 659/602 *2) | 同左 | バイオインフォマティクスの解析、学習のために作成された 1 CD bootable Linuxである、Knoppix for Bio (KNOB, ノブ) | |
パッケージ | EMBOSS 1,930,000/498,000 | JAMBO 翻訳PJがあり充実。 | EMBOSSとは、European Molecular Biology Open Software Suiteの略で、フリーでオープンソースな分子生物学の配列解析アプリケーションの統合パッケージです。 | |
パッケージ? | BioMoby 318,000/252,000 | 日本語ユーザーズサイトがあったが消滅。でも日本語ドキュメントは増えた。 | バイオインフォマティクスツールやデータベース上の情報をフォーマットを意識せずに利用できる仕組み | |
パッケージ | G-language 134,000/4,220 | 本家ページの"Document"から。チュートリアル等充実。日本語検索結果は少ないが、日本発。英語ドキュメントが充実しているため? | 汎用ゲノム解析パッケージ。GUI、Perlモジュール | |
ライブラリ | BioPerl 389,000/125,000 | BUGJAユーザーズグループだが情報少 BioPerlへの道 BioPerl による生物情報の解析 | Perl用バイオインフォマティクスライブラリ | |
ライブラリ | BioJava 74,000/1,590 | BioJava In Anger HowTo形式で充実しているが更新なし。日本語ユーザーズサイトなし? | Java用バイオインフォマティクスライブラリ | |
ライブラリ | Biopython 86,000/1,740 | BioPython 本家チュートリアル&クックブックの和訳あり充実←消滅!!! | ||
ライブラリ | BioRuby 34,400/15,100 | 日本語ページ消滅? BioRuby のインストール BioRuby の使い方 | Ruby用バイオインフォマティクスライブラリ | |
ライブラリ | BioPHP 75,500/78 | ? | ||
ライブラリ | BioDAS 7,360/220 | DASが結ぶgenome annotation とfunctional annotation | ||
ライブラリ | BioFlash 22,500/1,060 *3) | 同左 | ||
ライブラリ | BioBike(BioLisp) 11,900/65 |
|ライブラリ|BioCaml 624/180|開発者は日本人だが日本語ドキュメントは無いよう| |
ライブラリ | BioShell 8,120/93 | ||
ライブラリ | BioC++ 57/3 | - | |
ライブラリ | BioGroovy 323/8 | - | |
ワークベンチ? | Taverna 13,200/76*4) | チュートリアルを試してみた | GUIのワークフローツール |
統計 | BioConductor 245,000/14,400 | BioConductorの紹介 [[BioConductorチュートリアル>http://bioconductor.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20070618/bioc>]] PPTによる紹介 書籍あり*5) ユーザーズグループJRBUGは消滅? | Rのバイオインフォマティクス用ライブラリ群 |
統計 | BioWeka 2,790/36 | Wekaの日本語情報 "Weka" の使い方 WEKA解説ページ はあるがBioWekaの日本語情報は乏しい | |
DBスキーマ | BioSQL 21,900/276 | BioSQLのインストールと使用 | OBDA標準の一部で、Open Bioinformatics Foundation内の異なる言語プロジェクトのための共通のシークエンスデータベース用スキーマ |
可視化 | Cytoscape 192,000/13,000 | Cytoscape Info. 充実 | あらゆる複雑ネットワークを可視化、解析するためのプラットフォーム |
- BioMart
- BioMake
- GMod
- myGrid Taverna内で用いられるワークフロー?
- BioCatalogue providing a curated catalogue of Life Science Web Services.
- bioSqueakはページはあるがドキュメント等ない模様
- *1)2008/11/01検索 全言語/日本語。大文字小文字で微妙に件数が異なるので注意。名称の大文字小文字は本家サイトに準拠。
- *2)KNOBだと関係ないものがヒットしすぎるので"Knoppix for BIO"(ダブルクォート付)で検索
- *3)指紋認証のBioFlashというものがヒット
- *4)"Taverna"だと無関係のページが多数ヒットするので Taverna workbench で検索。
- *5)RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス
- *5)統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析−Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング−〔CD-ROM付〕
- オープンバイオ一般
(16:50)