2010年6月20日より、以前の設定ではXを立ち上げたときに、日本語配列ではなく英語になってしまうようになりました。

http://www.archlinux.org/news/xorg-18-moves-to-extra/

以前はhalで設定していたんですが、このアップデートで入力装置に関するhalの設定を無視するようになったみたいです。

その対策をメモ

/etc/X11/xorg.conf.d/keybord.conf

というファイルを作成して、その中身に

Section "InputClass"
    Identifier             "Keyboard Defaults"
    MatchIsKeyboard        "yes"
    Option                 "XkbLayout" "jp"
    Option                 "XkbModel" "jp106"
EndSection

と記述する

すると、ちゃん X 起動後も日本語のキーマップで入力ができるようになります。