昔、この動画の抜けている部分だけを書いたのですが、いい機会なので
動画で紹介しているものも含めて載せます。
動画自体も元ネタの戦艦の画像とかあって楽しいですよ。

TV版

碇シンジ
苗字の由来は船の錨と
大学時代の友人で広告デザイナーの碇義彦から。
名のシンジは庵野の友人で『ふしぎの海のナディア』の監督を務めた
樋口真嗣から

綾波レイ
大日本帝國海軍特型駆逐艦II型一番艦「綾波」から。
名の「レイ」は『セーラームーン』の登場人物「火野レイ」からで、
また「零(れい)」との掛詞でもある。

惣流・アスカ・ラングレー
大日本帝国海軍航空母艦「蒼龍(そうりゅう)」とアメリカ合衆国海軍航空母艦
ラングレイ(CV-1)、ラングレー(CVL-27)
名の「アスカ」は漫画『超少女明日香』(著:和田慎二)の主人公
「砂姫明日香」から。

惣流・キョウコ・ツェッペリン
「キョウコ」は漫画『超少女明日香』(著:和田慎二)の登場人物
「葵今日子」から。

葛城ミサト
大日本帝国海軍雲龍型航空母艦三番艦「葛城」
名の「ミサト」は漫画『あいつ』(著:成田美名子)の登場人物「泉みさと」から。

赤木リツコ
大日本帝国海軍航空母艦「赤城(あかぎ)」と
名の「リツコ」は庵野秀明の中学時代の友人から。

赤木ナオコ
名の「ナオコ」は庵野秀明の小学校時代の友人から。

加持リョウジ
姓の「加持」は船の舵から。名の「リョウジ」は漫画『あいつ』(作:成田美名子)
の登場人物「沢田涼司」から。
一方、小説『愛と幻想のファシズム』(著:村上龍)の登場人物「山岸良治」説も。

碇ゲンドウ
庵野秀明の大学時代の友人の名前から。
ガイナックスで企画されながら実現しなかったアニメ
(管理人の予想:おそらくオネアミスの続編「蒼きウル」)の登場人物から。

碇ユイ
レイとの韻と、「唯」との掛詞。

冬月コウゾウ
大日本帝国海軍秋月型駆逐艦「冬月」から。名のコウゾウについては、
語呂の良さからついたもので由来はない。

伊吹マヤ
大日本帝国海軍航空母艦「伊吹」、
大日本帝国海軍高雄型重巡洋艦三番艦「摩耶(まや)」、
「帰ってきたウルトラマン」の伊吹竜MAT隊長から。

日向マコト
大日本帝国海軍伊勢型戦艦二番艦「日向」と
名の「マコト」は新撰組の誠字旗から。

青葉シゲル
大日本帝国海軍青葉型重巡洋艦一番艦「青葉」
名の「シゲル」は岡本喜八監督の映画『青葉茂れる』から。

鈴原トウジ
姓名ともに、村上龍の小説『愛と幻想のファシズム』(著:村上龍)の主人公
「鈴原冬二」から。

相田ケンスケ
姓名ともに、村上龍の小説『愛と幻想のファシズム』の主人公「相田剣介」から。

洞木ヒカリ
姓の「洞木」は小説『愛と幻想のファシズム』の登場人物「洞木紘一」から。
名は新幹線「ひかり」号から。

渚カヲル
映画監督の大島渚から(渚は海関係の言葉である)。
または姓を分けると「シ者」、すなわち使者(→使徒)であり死者、
名前は「オワリ」をアイウエオ順で1字後にずらしたものから「カヲル」、
姓と合わせると「シ者オワリ」→「渚カヲル」となる言葉遊び。

キール・ローレンツ
動物行動学者コンラート・ローレンツから。

時田シロウ
村上龍の小説『愛と幻想のファシズム』の登場人物、時田史郎から。


新劇場版

式波・アスカ・ラングレー
大日本帝国海軍の駆逐艦に敷波型の敷波(初代)、
綾波型とも呼ばれる吹雪型駆逐艦特II型の敷波(2代目)、
海上自衛隊の護衛艦にあやなみ型護衛艦のしきなみ から?

真希波・マリ・イラストリアス
日本姓の「真希波」については、大日本帝国海軍の駆逐艦に
夕雲型駆逐艦の5番艦「巻波」、
海上自衛隊の護衛艦にあやなみ型護衛艦の7番艦「まきなみ(初代)」、
たかなみ型護衛艦の3番艦「まきなみ(2代)」が存在する。

ファミリーネームの「イラストリアス」については、
英国海軍の艦艇に歴史上5隻存在する。


ゲーム版 ()は出演作品

ムサシ・リー・ストラスバーグ (鋼鉄のガールフレンド)
大日本帝国海軍戦艦「武蔵」とアメリカの俳優・演出家
リー・ストラスバーグから。

浅利ケイタ(鋼鉄のガールフレンド)
名前の由来は劇作家・演出家の浅利慶太から。

霧島マナ (鋼鉄のガールフレンド)
名の「マナ」は映画『オネアミスの翼』でヒロインのリイクニと同居する少女マナ、及び「愛(=マナ)」から。

山岸マユミ (2nd impression)
「山岸」は村上龍の小説『愛と幻想のファシズム』の登場人物「山岸良治」から。

阿賀野カエデ (名探偵エヴァンゲリオン、碇シンジ育成計画)
大日本帝国海軍軽巡洋艦「阿賀野」から。
名の「カエデ」は植物のカエデ、
もしくは帝国海軍樺級駆逐艦三番艦「楓」から。

大井サツキ (名探偵エヴァンゲリオン、碇シンジ育成計画)
大日本帝国海軍軽巡洋艦「大井」から。
名の「サツキ」は植物のサツキ、
もしくは帝国海軍睦月級駆逐艦五番艦「皐月」から。

最上アオイ (名探偵エヴァンゲリオン、碇シンジ育成計画)
大日本帝国海軍重巡洋艦「最上」から。
名の「アオイ」は帝国海軍樅級駆逐艦十番艦「葵」から。

剣崎キョウヤ(シークレットオブエヴァンゲリオン)
名前の由来は大日本帝国海軍剣埼型潜水母艦「剣埼(つるぎざき)」から。

加賀ヒトミ (名探偵エヴァンゲリオン、碇シンジ育成計画)
名前の由来は大日本帝国海軍加賀型航空母艦「加賀」から。


参考資料:
・ウィキペディア「エヴァンゲリオン」
・EvaWiki
・漫画「新世紀エヴァンゲリオン」1巻