ほかのサイトさんと、あと自分で調べた価格付きの特典一覧です。
価格が安い順に書いてあります。
特典があるものはお店の後ろに()で書いてあります。
価格が安くても、同じお店で特典付きの通常価格のものはすぐ下に書いてあります。


新世紀エヴァンゲリオン Blu-ray BOX
NEON GENESIS EVANGELION Blu-ray BOX

4988003831011

Amazon.co.jp 
30,501円

Amazon.co.jp (オリジナル特典付)
ゼーレ リボルテックダンボー・ミニ付
41,040円

楽天ブックス
30,780 円

楽天ブックス (楽天オリジナル特典付き)
・エヴァロゴEdyカード
・キャラクターポストカード5枚セット
(渚カヲル、碇シンジ、葛城ミサト、綾波レイ、惣流・アスカ・ラングレー)
※先着特典
41,040円

ジョーシン
30,780 円 (発売前予約割引 2015年02月09日まで)31,190 円

日テレshop
31,601円

日テレshop (特典付)
THERMOS 真空断熱ケータイマグ
41,040円

セブンネットショッピング
32,832円

セブンネットショッピング (セブンネット限定特典付き)
nanacoカード(アスカ柄)
41,040円

TUTAYAオンライン(TSUTAYA予約特典)
オリジナルクリアファイル(絵柄:カヲル、アスカ、シンジ、レイ)
34,884 円

サークルKサンクス)
36,930 円

HMV(HMV限定特典付き)
ルービックキューブ
セール価格 36,936円
まとめ買い価格 34,884円


文教堂ホビー&アニメガ
数量限定特典:ランチトートバッグ(渚カヲル)
41,040円

ソフマップ(先着予約特典)
A4バインダー
36,936円

EVASTORE

第壱話アフレコ台本セット
41,040円

アニメイト (アニメイトオリジナル特典)
ゼーレモノリス風置くだけスピーカー
41,040円

KING e-SHOP (オリ特)
先着で“オリジナル湯呑”
41,040円

キャラアニ (キャラアニ特典付き)
41,040円

新星堂WonderGOO
マルチクリーナークロスセット
41,040円

とらのあな(先着オリジナル特典)
先着で グラス
41,040円

ゲーマーズ(ゲーマーズ特典あり)
私が死んでも代わりはいるもノート ( B6サイズ )
41,040円

Neowing (オリジナル特典あり)
ミニマウスパッド (A6サイズ)
41,040円

ハピネットオンライン
イラスト額装付き
41,040円


新世紀エヴァンゲリオンTV放映版DVD BOX 
ARCHIVES OF EVANGELION

4988003831011

Amazon.co.jp
14,385円

Amazon.co.jp (オリジナル特典付)
ゼーレ リボルテックダンボー・ミニ
19,440円

楽天ブックス
14,580円

楽天ブックス (特典付き)
・エヴァロゴEdyカード
・キャラクターポストカード5枚セット
(渚カヲル、碇シンジ、葛城ミサト、綾波レイ、惣流・アスカ・ラングレー)
※先着特典
19,440円

ジョーシン
14,580円 (発売前予約割引 2015年02月09日まで)14,774円

日テレshop
15,941円

日テレshop (特典付)
THERMOS 真空断熱ケータイマグ
19,440円

HMV
セール価格 16,524 円
まとめ買い価格 15,552円


サークルKサンクス
17,490 円

文教堂ホビー&アニメガ
数量限定特典:ランチトートバッグ(渚カヲル)
19,440円

セブンネットショッピング
15,552円

セブンネットショッピング (セブンネット限定特典)
nanacoカード(アスカ柄)
19,440円

TUTAYAオンライン (TSUTAYA予約特典:あり)
オリジナルクリアファイル(絵柄:カヲル、アスカ、シンジ、レイ)
16,524円

ソフマップ(先着予約特典)
A4バインダー
17,496円

EVASTORE
最終話アフレコ台本セット
19,440円

アニメイト (アニメイトオリジナル特典)
ゼーレモノリス風置くだけスピーカー
19,440円

KING e-SHOP (オリ特)
先着で“オリジナル湯呑”
19,440円

キャラアニ (キャラアニ特典付き)
19,440円

新星堂WonderGOO
マルチクリーナークロスセット
19,440円

とらのあな
19,440円

ゲーマーズ
私が死んでも代わりはいるもノート ( B6サイズ )
19,440円

Neowing
19,440円

Qの時も安かったジョーシンと楽天の特典なしが一番安いですね。続いてセブン、日テレの特典なし。
価格も結構するので特典なしに割と惹かれています。特典次第ですね。
特典付きだとTSUTAYAオンラインかHMVのまとめ買いが一番お得です。
Blu-rayでは特典あってもDVDの方は特典ないお店もちらほらありますね。(書いてないだけでしょうか…)

参照元
[エヴァ緊急ニュース]
[みんなのヱヴァファン]