いまさらですが、復習もかねてIntelliJ IDEAでHello worldを表示するところまで。

File -> New Project でプロジェクトの新規作成。
01_NewProject

Javaカテゴリの中から「JavaFX Application」を選択し、プロジェクト名とプロジェクトの場所を指定。※SDKは1.7(以上)にします
02_NewProject_JavaFXApp

こんな感じで、サンプルのMainクラス、Controllerクラス、fxmlファイルが生成されます。
03_HelloWorldProject

File -> Settings を開いて、IDE Settings の JavaFXを選択すると、SceneBuilderの実行ファイルを指定できます。
04_SceneBuilderSetting

上記が正しく設定されていれば、fxmlファイルを右クリック -> Open In SceneBuilder を選択でSceneBuilderが起動します。
ただし、初期状態のサンプルをそのまま使うと、SceneBuilderがフリーズするケースがたまにあります。SceneBuilderの問題なのか、IntelliJの問題なのか、あるいは環境の問題なのかちょっとわかりませんが...。具体的には、起動直後にLabelをD&Dで配置しようとすると時々フリーズ。GridPaneが0x0なのがちょっと怪しい感じ?
そもそもSceneBuilderを普通に起動した場合、初期配置されてるのはAnchorPaneなんだから、それにあわせればいいのに...(それで解決するかどうかわからんけど)

というわけで、fxmlをエディタで編集して、AnchorPaneにしてしまいましょう。補完が利くので簡単ですね。
GridPaneをAnchorPaneにして、いくつか付いている属性を削除、prefHeightとprefWidthを適当な値で指定しておきましょう。
07_AnchorPane

fxmlがある程度わかる人ならそのまま編集したほうが早いですが、一応SceneBuilderでラベルを配置。
08_DropLabel

テキストに「Hello world」を設定します。
09_EditLabel

上書き保存すると、fxmlファイル側に反映されているのがわかります。
10_FXML

後は実行するだけですが、MainクラスでSceneのサイズを指定している箇所があるので、これを削除してしまいましょう。(AnchorPaneのサイズが指定してあるので、たぶんScene側で指定する必要はないはず)
11_Main
12_MainDeleted

Mainクラスを右クリック、Run 'Main.main()' を選択して実行します。
13_RunMain

14_HelloWorld