サブストーリーを67個全てクリアして、バトルダンジョンの「豊臣秀武を倒せ」までをクリアすると、バトルダンジョンの受付で特務任務の『曽田地との再戦』が選択できるようになります。

再度、「豊臣秀武を倒せ」に挑戦すると、亜門玄丈斎とバトルが可能となります。

亜門は接近戦での攻撃力が高いので、短銃などを使用して接近戦にならないように距離を取りながら戦うのがオススメですよ。

バトルダンジョンで亜門を倒した後に、新選組屯所のバトルダンジョン受付に行くと、亜門玄丈斎から果たし状が届き、清水寺でのバトルとなります。

清水寺での亜門は、バトルダンジョンでの亜門よりもさらに攻撃力・防御力が高い上に、龍馬一人でのバトルとなるのでまともに戦うと苦戦します。

亜門の攻撃は追尾性が高いので、回避するのは難しいです。
格闘の型の受け流しを利用して攻撃をかわすのが一番有効的ですね。

ちなみに、清水寺で亜門を倒すと「朽ちた妖刀」を入手できますよ。