6特に結核症における喀痰処理などの感染対策について。
結核菌は様々な固定による操作:火炎固定、化学薬品による固定後も生存する。

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火炎固定後の結核菌の生存
J Clin Pathol. 1981 Jul;34(7):719-22.
Survival of tubercle bacilli in heat-fixed sputum smears.
Allen BW.
アブストラクトpdf.
 
Abstract
Tubercle bacilli, which survived heat fixation, were detected with a slide culture technique which allowed the entire smear to be examined. Both conventional flame fixation and the use of a controlled hot-plate failed to render tuberculous sputum smears safe for further handling. Smears which were stained with the phenol-auramine method failed to yield growth on culture. If delay between preparation and staining is unavoidable, it is recommended that smears are given additional treatment to prevent the survival of tubercle bacilli. 
 
結核菌は火炎固定をしたスライドガラス標本上でも生存している。

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ホルマリン固定後標本中にも結核菌は生存している。

Kappel TJ. The viability of Mycobacterium tuberculosis in formalin-fixed pulmonary autopsy tissue: review of the literature and brief report. Hum Pathol. 1996 Dec;27(12):1361-4. こちら

Abstract
Formalin is commonly thought to decrease the risk of Mycobacterium tuberculosis infection. However, the true disinfection efficacy of formalin for tissue infected with M tuberculosis is unclear.
We reviewed all pertinent literature from 1900 until the present regarding the disinfection efficacy of formalin for tissue infected with M tuberculosis.
We also retrospectively cultured five cases of M tuberculosis from formalin-fixed archival pulmonary tissue. All cultures from our archived tissue were negative. The literature review revealed limited and contradictory information concerning the viability of M tuberculosis in formalin-fixed human tissue. There are no studies which specifically address the viability of M tuberculosis in tissue exclusively fixed in 10% buffered formalin. The disinfection efficacy of formalin for tuberculosis infected tissue remains unclear. Larger, prospective studies using current methodologies are needed to establish guidelines to ensure the safety for those handling infected, fixed tissue. 
 
ホルマリン固定により、組織中の結核菌感染性は減少すると考えられているが、実際は不明である。
我々は過去のホルマリン固定標本から、5例の結核菌培養に成功した。
*ホルマリン固定しても、組織の中心までホルマリン浸透が不十分な場合に、結核菌は生存可能である。

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Bemer-Melchior P. Inactivation of Mycobacterium tuberculosis for DNA typing analysis. J Clin Microbiol. 1999 Jul;37(7):2350-1. こちら

This study showed that heating of cultures at 100°C for at least 5 min is sufficient to inactivate M. tuberculosis. After heat lysis at 100°C for 5 min, the integrity of M. tuberculosis genomic DNA is conserved, as shown in our study.
The heating time seems to be more important than the heating temperature in preserving the integrity of the M. tuberculosis DNA. 
結核菌を不活化しつつ、保持されたDNAを抽出する方法は、100度で最低5分間熱する、

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山根 誠久:グラム染色での火炎固定の意味
こちら。 

山根 誠久:安全キャビネット内での火炎固定
こちら


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結核菌検査に関するバイオセ−フティマニュアル, 2005. 
結核菌のエアロゾル化対策:こちら。一部編集して記載。

結核菌の感染防止対策として最も重要なことは,エアロゾル対策である。発生の基本原理は,液面が破れること(泡の破裂など)である。
検査工程において、エアロゾルが発生しない操作のほうが少ないと考えるべきであり,エアロゾルに無頓着な操作は厳に戒められるべきである。
感染防止対策は,まず操作そのものをできるだけエアロゾル発生が少なくなるようにし,安全キャビネットを十分活用することである。
同時に検査室に入室する際は,以下の予防策を行う。
1) 専用のガウンを着替える
2) N95マスク着用,
3) 手袋の着用を義務付ける。

エアロゾルが発生する実験操作 
1) 白金耳を用いる操作
2) ピペット操作 
3) 遠心操作
4) 注射器の使用
5) 超音波処理
6) ホモジネイト操作
7) 凍結乾燥菌体の処理(特に病理検査室の術中迅速診断)
*結核が疑われる検体の術中迅速診断は基本的に禁忌。

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二相性真菌, Coccidioidesに対する検査室での感染対策。
 
David A.  Expert Opinion: What To Do When There Is Coccidioides Exposure in a Laboratory. Clin Infect Dis (2009) 49 (6): 919-923. DOI: https://doi.org/10.1086/605441 こちら。 

Abstract
Inadvertent exposure to Coccidioides species by laboratory staff and others as a result of a mishap is not an uncommon cause of infection in clinical microbiology laboratories. These types of infection may occur in laboratories outside the endemic areas, because the etiologic agent is unexpected in the submitted specimens and because personnel may be unfamiliar with the hazards of dealing with Coccidioides species in the laboratory. Coccidioidal infections are often difficult to treat, and outcomes can be poor. Here, we emphasize prevention and an approach to a laboratory accident that minimizes the risk of exposure to laboratory staff and staff in adjacent areas. On the basis of an artificially large exposure to arthroconidia that may occur as a result of a laboratory accident, a conservative approach of close observation and early treatment of exposed staff is discussed. 


Coccidioidesについて。
国立感染症研究所:こちら。一部編集して記載。
*本作業は、C.immitis を培地上に培養し、大量に分節型分生子が存在する状態である。喀痰の処理とはやや異なる。

C.immitis の分離同定
本菌の分離同定作業は隔離された安全キャビネット内で行われなければならない。
同定は、
1) 37 ℃における旺盛な発育、
2) 培地上での分節型分生子の形成、
3) 特殊培養あるいは動物実験による球状体の確認である。
 
培養皿中の分節型分生子は、僅かな空気の動きでも飛散するので、斜面培地の蓋をとっては ならない。通常の真菌で用いられている乗せガラス培養法(slide culture)は大変危険なので、行ってはならない。

DNA 抽出も斜面培地の栓より70%エタノールや10%ホルマリンなどの固定液を注射筒で注入し、完全に固定されるまで(1 週間以上)注射筒はそのままにし、その後実験に用いる
 
球状体の観察は、培地の調整および培養法(炭酸ガス培養、振盪培養装置)が煩雑であること、一般の施設での動物実験は許可されていないことなどから、特定の研究機関に依頼を要する。