ベータ版のSSL経由のGoogle検索 https://encrypted.google.com/ は使っているでしょうか?
SSL版Google検索を使うと、ネットワーク途中で(自分とGoogle以外の)第三者に検索キーワードが漏れる可能性を低くすることができます。
(もちろんGoogleはデータを集めていますが)
また、HTTPSからHTTPなページに移動する場合、ブラウザはリファラを送らないはずなので、リファラを隠すことができます。
つまり、Webサイトの管理人としては、どんな検索語句からサイトを訪れたのかわからなくなります。

Google Chromeにこの検索エンジンを追加する方法は、検索すればすぐに分かるかと思います。
ここでは私がいつも読んでいるブログから紹介しておきます。
暗号化されたGoogle検索をGoogleChromeの既定の検索エンジンに設定する方法 | 適宜覚書-Fragments

ただ、この場合、Omnibox(アドレスバー)でサジェストがされないのが残念でした。
つい最近、できる方法を知ったので、メモしておきます。

バージョン 6.0.419.0以降であれば、以下の拡張をインストールすれば、簡単にできます。
Google SSL Web Search beta (by Google) - Google Chrome 拡張機能ギャラリー

インストールすると、「Add as Search Engine」のボタンのあるオプションページが表示されるので、ボタンをクリックし、検索エンジンの編集で使用したいキーワード(私は gs としました)を入力すれば、検索エンジンが追加されます。
google-ssl
これでOmniboxでもサジェストされるようになります。
もちろん、サジェストに使用されるデータのやり取りもSSLで暗号化されています。

ちなみに、Google Chromeの検索エンジンの設定は 〜\User Data\Default 以下の Web Data ファイルのkeywordsテーブルに入っていて、サジェスト用の設定はその中のid:suggest_urlにあります。
Web Dataファイルの内容はGoogle Chromeを終了した状態で、SQLite Database Browser等で確認できます。
Google Chromeに最初から入っているGoogle検索エンジンを元にしてSSL版Googleの検索エンジンを手動で追加してもサジェストが有効にならないのはこのためですね。
encrypted.google.comで検索したら、OpenSearchで自動的に登録されたらいいのですが。

上記の拡張はサジェスト用の設定も追加してくれるので便利です。
ただ、拡張機能でメモリが使われているのが気になる人は、SSL版Googleの検索エンジンを追加した後は、拡張自体はアンインストールしてもいいかと思います。
(入れておけば将来アップデートされるかもしれませんが)

この拡張は、window.external.AddSearchProvider を使って、拡張に含まれている OpenSearchDescription の google-encrypted.xml を指定しているだけなので、そのあたりが分かる人ならなんとでもなるかと思います。
例えば、拡張機能ギャラリーからインストールボタンのリンク先を名前をつけて保存し、拡張子 crx を zip に変更して、展開した google-encrypted.xml を適当な場所に保存し、JavaScriptコンソールで以下で追加できます。

window.external.AddSearchProvider("google-encrypted.xml"); 

SSL版GoogleでもAutoPatchWorkは動作するし、Omniboxでサジェストしてくれるようになったので、私は会社のPCは既定の検索エンジンをSSL版Googleにしてみました。

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