BLAST+ ブラストプラス？ を使う。

自分のパソコンとワークステーションには、
すでにBLASTは導入済である。

しかしどうやら最近はBLAST+を使うらしい。知らなかったので普通に古い方を使っていた。俺もBLAST+使うよ！

NCBIトップに行く。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

左っかわのメニューの
Data ＆ Software
↓

BLAST (Stand-alone)
↓

Mac、windows、redhat系Linux（Fedoraとか）なら、一覧の中から
自分のOSに対応するものをダウンロード。
Ubuntuなので、すぐ下にある、「別の形式はこちら」のリンクへ飛ぶ。
↓

ncbi-blast-2.2.24+-ia32-linux.tar.gz
をダウンロード（2011/3/17現在）
↓

適当なフォルダに展開。
↓

binフォルダにPATHを通して終了。
※PATHを通す：　
kojiro-PC$ 　PATH=＄PATH:（指定するフォルダの絶対パス）


取り敢えずここまで。
明日にでも使い方を簡単に書いておく。

ちなみに　blastn -help　でオプションの詳細が表示される。
ぶっちゃけそれを読んだら大体わかる。

医学用語変換辞書

普段からライフサイエンス系の漢字の変換にはストレスを感じていた。
特に自分の場合「多型（たけい）」という言葉を多用するのだが、これが出てこない。「武井」とか「竹居」とか人名っぽい変換しかされない。
一つ一つ辞書登録すればよいのだが、めんどくさい。
なのでネット上にないものかとグーグル先生に伺ったところ、
以下のようなサイトによさそうなものがあったので貼っておく。

http://hiko.skr.jp/meddic/

登録方法は各OSによるのだけれど、大体はテキスト形式のものをダウンロードし、辞書ツールを開いてインポートすればよい。

これはとてもよい。
他にもいいのがあったら教えてください。 

64bit版 BLAT（ Blast Like Alignment Tool ）を使う

32bit版は、すでに実行形式になってるものが存在しているので、

http://hgwdev.cse.ucsc.edu/~kent/exe/linux/

から、

blatSuite.34.zip

をダウンロードしてbinフォルダの中身を適当なフォルダにコピーするだけ。すぐに使える。

しかし64bitだとソースから作らなければならない。
これにハマってった。
これもまたすごく苦労したので、残しておきたい。


まず以下のURLから一番新しいソースを取得
（2011/3/10現在で「blatSrc34.zip」が一番新しい？）
http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/

解凍すると中にREADMEファイルがある。
インストールの仕方も書いてある。

書いてあるとおり操作して最後に

make

しかし以下のメッセージが出てコンパイルができない。

cc1: warnings being treated as errors
common.c: In function ‘firstWordInFile’:
common.c:1695: error: ignoring return value of ‘fgets’, declared with attribute warn_unused_result
make[1]: *** [common.o] Error 1
make[1]: Leaving directory `/usr/local/src/blatSrc/lib'
make: *** [all] Error 2

なんでだろう？なんでだろう？？とググって、飽きて、またググって、を繰り返した結果

ようやく見つけた解決策。
どうやらknown problem だったようだ。
↓
http://genome-source.cse.ucsc.edu/gitweb/?p=kent.git;a=blob_plain;f=src/product/README.building.source

URLに飛んだ先の下の方に書いてあるとおり、
 src/inc/common.mk　
というファイルから
"-Werror"
この文字列をすべて削除。

改めてmakeしてみると・・・・うまくいった！
やり始めて1-2ヶ月、ようやく使えるようになったのである。

Ubuntu で Fuji xerox DocuPrint c2110

いろいろググった結果、
以下のような方法で使用可能になるとのこと。
一応記載（9.10ではできたと書いてある）

結果的には自分の環境（１０．１０）ではできなかった。

１，libcupsys2というものを、
ネットからdebパッケージを探して入れる。
↓
２，fuji xeroxのドライバ配布ページから
.debパッケージをダウンロード
↓
３，インストール
↓
４，/etc/apparmor.d/usr.sbin.cupsd の
「 # third-party printer drivers; no known structure here」
のあとあたりに、
「/usr/lib/cups/filter/FX_DocuPrint_C2110/FXM_PF Ux,」
を追加する。


そもそもまずlibcupsys2が入んねえ。
依存関係がどうのこうの言ってくる。

仕方ないので文句を言われた依存関係を
すべて満たしてもう一度インストール。

しかし、エラーが出る。。。。

もうダメかなあと思ったのだが、最後にダメもとで
debパッケージと一緒に配布されている.rpmパッケージから
ドライバをインストールしてみたらなんとうまくいった。

手順は以下

１，ｒｐｍ　→　deb　に変換する必要がある。
alienを使用して変換する。
まずはalienをインストール

sudo apt-get install alien

２、変換

sudo alien (パッケージの名前).rpm

３，変換したdebパッケージをダブルクリックしてインストール

４,上記と一緒で、
/etc/apparmor.d/usr.sbin.cupsd の
「 # third-party printer drivers; no known structure here」
のあとあたりに、
「/usr/lib/cups/filter/FX_DocuPrint_C2110/FXM_PF Ux,」
を追加する。

これでプリントできるようになった！やったね！

ubuntu 10.10で google日本語入力

パッケージマネージャからmozc ibus を選んで入れる。

その後ログアウトして、

システム→設定→IBusの設定→インプットメソッド

で日本語からｍｏｚｃを選択して追加する。

一番上に上げて終了。