もうあまりこんなことは無いと思いますが、HTML全般がShiftJISのサイトでThickboxを使いたい場合、以下のようにiframeを指定しないと文字化けします。
<a href="hoge_1.html?height=214&width=131&TB_iframe=true&modal=true" class="thickbox">
また、iframe呼び出しの場合は閉じるボタンなどのtb_removeの挙動にparentを指定する必要があります。
onclick="javascript:parent.tb_remove();"