先日新しいCIAの転換ツールCIAKonPackを公布しました。ただ、3dsll4.0-9.2だけサポートできます。
今、 new3dsll9.0-9.2にサポートできますよヾ(´ω`=´ω`)ノ

使う手順:
1、CIAKONPACK-OLD-NEW3DS.zip を解凍して
転換したい3ds romを romsファイルに移動

2、romsファイル内の内容をすべてncchinfo_gen-exheader.py に移動し、NCCHINFO.binのファイルを作成します。そしてNCCHINFO.binをsdcard のファイルにコピー「sdカードじゃない」

3、NINJHAX のファイルをnew3dsのsdカードのルートにコピー

4、sdcard カテゴリ内のファイルを new3dsのsdカードのルートにコピー

5、NINJHAX 自制システムを起動(Cubic Ninjaあるいは3ky3dsで導入)Decrypt9のプラグインを選択してAを押して第一項を選んで100%完了した後STARTを押してシステムスクリーンに戻る

6、
new3dsのsdカード内にはxorpadが二つあります。xorpadsファイルにコピー

7 、convert.py をダブルクリックして起動してから、完了後CIAファイルが出た!

CIAKONPACK-OLD-NEW3DS.zip をダウンロードサイトは日本語ページではないから、またログインしてからダウンロードできる。ちょっと大変ですね。 
3dsllにサポートできる方法はhttp://blog.livedoor.jp/im3izero/archives/51967525.html