解散前の一般財団法人は、必ず監事を置かなければならないことになっています（法人第１７０条第１項）。置かないという選択肢がないため、公示の必要性もなく監事を置く旨は登記事項とされていません（法人法第３０２条第２項参照）。

　一方、解散した後の一般財団法人（清算一般財団法人）では、定款の定めにより、監事を置くことができ（法人法第２０８条第２項）、監事を置く旨を登記しなければなりません（法第３１０条第１項第４号）。この定款の定めを置かない場合には、既存の監事について任期満了により退任することになります（平成２０年９月１日民商２３５１号民事局長通達）。ただ、この監事に関する登記については、職権抹消の対象とはされていないため、申請が必要とされています。

　したがって、一般財団法人が清算一般財団法人となった場合、解散及び最初の清算人の登記とともに、「監事の退任登記」又は「監事を置く旨の登記」をしなければならないことになります。

　このあたりについて詳細な解説がされた書籍を見たことがなく（単に私が勉強不足なだけだと思いますが…。）、法務省が公開している申請書の書式では、いずれの登記についても触れられていませんでした。

商業・法人登記の申請書様式

http://houmukyoku.moj.go.jp/homu/COMMERCE_11-1.html#anchor5-2-4

「監事の退任登記」
登録免許税：１万円（カ、清算手続中の監査役登記につき、登記研究３６４号）
添付書類：定款？

「監事を置く旨の登記」
登録免許税：３万円（ツ、その他の変更として）
添付書類：定款に監事を置く旨を決議した評議員会議事録（法人法第３１７条第２項）

　なお、解散及び最初の清算人の登記のみを申請した場合に、登記が却下されるかと言えば、そこまでではないと個人的には考えています。「監事の退任登記」は、実体的には任期が満了しているため登記懈怠の問題、「監事を置く旨の登記」は、定款変更を行っていない場合は任務懈怠責任、定款変更をしている場合は登記懈怠の問題として処理されるのが、現在の登記実務に即していると思われます。