一般的に駐在員給与は「日本本社で支給される給与」と「赴任地で現地法人から支給される給与」の二本立てになっていることが一般的です。日本本社の税務調査で問題になるのは上記の前者の取り扱いとなります。意味合いとしては、駐在員は現地法人の業務に就いているため、日本本社には貢献していないとみなし、日本本社で支給する給与をそのまま損金処理してよいか？というものになります。

　損金処理するための考え方は下記のとおりです。

タックスアンサー　No5241　出向者に対する給与の較差補てん金の取扱い

　この状況にもとづく場合は、損金処理が認められる訳ですが、具体的には下記のように考えます。

　あくまでも給与条件の較差を補填するため、という前提条件があるため、現地の役職に基づく給与相場や出向先法人の給与体系に基づき、出向先法人が妥当な金額を負担していることが必要です。

　最近の税務調査の傾向としては、出向先法人の妥当な給与負担額につき、検討をしているケースを除き、日本本社で支給される給与は損金算入が認められない事例が散見されます。
　また検討をしているケースであっても、一定の期間で見直しをしないと現状と乖離してしまうことも考えられます。
　上記を踏まえ、駐在員給与の較差補填につき、社内でのルール策定をご検討ください。