ちょっとメモ程度。まとまったらちゃんと記事書きます。

logoGuilloやlogoframeなどで録画したTSファイルからTrimコマンドつきavsを作る
(.keyframeの形式の場合、空に架かる橋さんのgen_.keyframe_to_Trim.batでTrimに変換)
NicoConvAssでass形式にてニコニコ実況のログを取得
cutassを使って取得したassファイルをTrimコマンド付きのavsで編集する

こんな感じでD&D用バッチファイル
cutass.exe -t "%~dpn1.avs" "%~dpn1.ass"

エンコードしたmp4ファイルと上で作ったassファイルの名前を一緒にする

VLCで再生すると字幕としてニコニコ実況のコメントが流れる
mp4assnicojk

batファイルで自動化できそう。

追加メモ
cutassは.keyframeの情報でもassファイルの編集できる
cutass.exe -k2 "%~dpn1.keyframe" "%~dpn1.ass"
で行けるかな。