給与、公的年金等に係る所得以外の所得に係る住民税の徴収方法の選択
 給与から差引き
 自分で納付

給与は主たる給与で判断。
従たる給与は、「自分で納付」を選択可能。

ストックオプション分についても「自分で納付」を選択可能。
世田谷区役所課税課に問い合わせ。