owncloudの9.0.4が来てたので手動バージョンアップしました。
9.0.0 -> 9.0.4
いくつかのバグフィックスが行われています。

owncloud内のconfigとdataを違うところへ移す

cd /var/www/html/owncloud
mv config /var/www/html/config
mv data /var/www/html/data

owncloudを念のためリネームして残す
mv /var/www/html/owncloud /var/www/html/owncloudbak

wgetで最新ファイルをダウンロードしてowncloudに上書き

最新版のダウンロード
wget https://download.owncloud.org/community/owncloud-9.0.4.tar.bz2

解凍
tar -jxvf owncloud-9.0.4.tar.bz2 -C /var/www/html/
rm -f owncloud-9.0.4.tar.bz2

解凍したowncloudディレクトリのオーナーを変更
chown -R apache.apache /var/www/html/owncloud/

configは消す
rm -rf /var/www/html/owncloud/config

移動したconfigとdataを戻す
cd /var/www/html/owncloud
mv config /var/www/html/owncloud
mv data /var/www/html/owncloud

バージョンアップするためのコマンド
restorecon -r /var/www/html/owncloud

ブラウザでログインしてバージョンアップを実行する

先ほどリネームしたファイルは消そうかな
rm -rf /var/www/html/owncloudbak

再起動
systemctl restart httpd.serive