ようやく戻ったβ世界線は第三次世界大戦が起き、2036年には57億人もの人間が死ぬという、SERNのディストピアに負けず劣らず最悪な未来が待ち受けていました。
鈴羽の任務は岡部と共にアトラクタフィールドの干渉を受けない唯一の世界線、シュタインズゲートを目指す事。
ですが、紅莉栖を犠牲にしてようやくここまで辿り着いた岡部は拒否しますが、シュタインズゲートを目指す手段が紅莉栖を救う事と知って、鈴羽に同行してダルが死ぬ事がなく、完成されているゆえに過去から未来にも行けるタイムマシンで、紅莉栖が刺される前に飛びます。
そして明かされる驚愕の事実。
学界から追放されたイロモノ学者のドクター中鉢は紅莉栖の父親と判明。
この男の本名は牧瀬 章一で、正真正銘の父親ですが、全く似てないですし、岡部が驚くのも無理からぬ事ですね。
娘の才能に嫉妬し、あまつさえ紅莉栖の書いたタイムマシンの論文を盗もうという屑っぷりを見せつけます。
紅莉栖を殺しそうな勢いに救出に入る岡部ですが、ナイフを抜く中鉢。
揉み合いの末、紅莉栖がやられそうになり、中鉢を刺そうとする岡部ですが、紅莉栖が庇ってしまい…
結局、刺したのは岡部だというあんまりな結末。
中鉢は嘲笑し、紅莉栖の論文を持って逃亡。
未来に戻った岡部は絶望しますが、ここまでは15年後の岡部の計画通り。
紅莉栖を救えなかった屈辱が執念を植え付け、現在の岡部がいると。
やるべき事は2つ。
第三次世界大戦の引き金となる、紅莉栖の書いた論文の抹消、そして過去の岡部が観測した事、すなわち紅莉栖が刺されたという状況を変えずに紅莉栖を救い、世界を騙す事。
未来を司る女神の名を冠したオペレーション・スクルドが今始まります。