御坂10031号と一方通行(アクセラレータ)の戦いとも呼べない戦いが開幕。
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美琴は樹形図の設計者(ツリーダイアグラム)大破いう事実を前に、目論みが破綻。
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美琴は計画の引き継ぎ先を1つずつ潰していくという、無意味に等しい作業に身を投じ、当麻もまた、御坂10032号が姿を消した事でそれを捜して地面に穿たれた穴、御坂10031号が落した靴を発見し、爆発音や銃声を耳にした事で首を突っ込む事に。
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しかし、救いの手は間に合わず、美琴は偶然監視カメラに写り込んだ御坂10031号が血液の向きを逆流させられ、惨殺される場面を目撃。
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当麻も殺害現場の惨状を見る事に。
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通報する当麻ですが、戻った時にはすっかり処理された後。
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イタズラ扱いされ、狐に包まれたような気持ちに。
殺されたと思っていた相手とも再会し、安堵。
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ですが、御坂はちゃんと死んだと言い、抱えている寝袋も如何にも怪しく、更には妹達(シスターズ)が続々と登場。
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詳細は機密事項だから説明出来ないとしながらも、人が殺されていると、動くには十分過ぎる情報を得る当麻。
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美琴は本来の計画が自分を128回殺す事と、そうすればいいんだと、とんでもない方向に思考が…