ライフサイエンス

2008年10月13日

市民講座「化学と情報学」

平成20年度市民講座 第6回● タイトル: 「化学と情報学− 未来の創薬などに結びつく化学情報の体系化とは?−」

● 概 要:
この世界に存在する可能性のある化学物質は何種類でしょうか。その化学物質を生み出す化学反応の可能性はどれくらいでしょうか。実際には、私達自身をも構成するこのもっとも身近なものは、想像をはるかに超えたスケールのバリエーションをもち、いわば宇宙のような広がりを形成しています。そのため、薬などの有用な物質を設計したり、それらを作る化学反応のしくみを理解し予測したりするには、この膨大な可能性の広がりの中から現実的な速さで正解にたどり着くための手段が不可欠です。この問題を解決する特効薬はないので、化学者は、種々の手段を目的に応じて選択・開拓することで“砂漠の中から一粒の宝物を探す”努力を行っています。このための一手段を提供する、化学と情報学の融合分野である化学情報学=ケモインフォマティックスの役割についてを中心にお話します。
● 講 師:佐藤 寛子(情報学プリンシプル研究系 准教授)
● 日 時:2008年11月6日(木)18:30〜19:45
● 会 場:学術総合センター 2階 中会議場

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2008年09月30日

Free Medical Journals.com

Free Medical Journals.com
http://www.freemedicaljournals.com/
オープンアクセスの医学雑誌を集めたWebサイト



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2008年08月15日

LISNews Librarian And Information Science News

LISNews : Librarian And Information Science News
http://lisnews.org/

昨日の追記:
そういえば日本のブログについて2007年にまとめていたのを
思い出しました。
Libworld - Japan
http://infobib.de/blog/2008/01/28/libworld-japan/
かたつむりは電子図書館の夢をみるか:
http://d.hatena.ne.jp/min2-fly/


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2008年08月14日

LISWiki :Library and Information Science Wiki

LISWiki :Library and Information Science Wiki
http://liswiki.org/wiki/Main_Page

--Weblogs - Medical Librarianship
http://liswiki.org/wiki/Weblogs_-_Medical_Librarianship
--2006 Best Blogs(LisWiki)
http://liswiki.org/wiki/2006_Best_Blogs

参照:2007年図書館員のためのウェブログベスト10を選ぼう
カレントアウェアネス ― 2007年1月11日 (木)
http://current.ndl.go.jp/node/5214 
2007年版はその後どうなったのでしょう?







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2007年01月25日

医中誌の新しいシソーラス

医中誌の医学用語シソーラス第6版の冊子体が会社に送られてきました。2005年版のMeSHに対応し、4050語の新語が追加されたようです。詳細は下記を参照してください。
http://www.jamas.gr.jp/th6.html
オンラインシソーラス全盛ですが、変更点や階層を確認するには冊子体も捨てがたい。
医中誌Webへの反映は、2月13日からになるようです。新語の追加によりシソーラスへのMappingが変わる可能性がありますので、しばらくの間注意が必要になります。
ところで、JSTのシソーラス改訂はどうなっているのだろうか・・・・
"ももんが"


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2006年10月05日

PubMed 10周年

祝!PubMed 10周年。MLNのTechnical Bulletinで自から祝福しています。
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/so06/so06_pm_10.html
PubMedが現在のように無料で利用できるようになったのは1997年6月26日なのですが、1996年に試験的に公開されていたのですね。そういえばそんな記事を見たような記憶があります。
この10年でインターネット環境はすさまじい変化を遂げましたが、この変化に呼応して、PubMedはライフサイエンスの文献DBとして常に最先端を走ってきました。電子ジャーナルとのリンク、UMLSを利用したAutomatic Term Mappingシステム等、他のDBに与えた影響は計り知れません。極論ですが、PubMedを目指して、他のDBも進化してきたと言えると思います。それ以上に無料のDBがエンドユーザーに与えた影響は計り知れません。DB検索の方法論まで変えてしまいました。今後どのように成長していくか、目が離せませんね。
ついでに、MEDLINEは35周年だそうです。化情協と同い年?
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/so06/so06_med_35.html
翻って、日本の現状を考えると心もとないですね。PubMedが有料になったら、日本はどうなるのでしょうか。国策としてコンテンツの充実と利用環境の整備を図ってほしいものです。
[ももんが]


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2006年09月30日

医学系サーチャー募集

掲示板の方に伸樹社の募集記事の書き込みがありました。興味のある方はご覧になってください。<幹事>

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2006年07月24日

IFPMAで本邦の治験情報が検索可能

IFPMA(国際製薬団体連合会)の臨床試験のポータルサイトでJAPICが運営している日本の臨床試験情報が日本語で検索できるようになりました。
http://clinicaltrials-dev.ifpma.org/
たとえば、「肺癌 JAPIC」と入力するとJAPICの臨床試験情報に登録された治験情報がヒットします(URLはwww.clinicaltrials.jpです)。情報自体は英語ですが、疾患名や薬剤名で検索すると日本の治験もヒットするようになりました。武田さんのように自社のHPで治験情報を公開し、JAPICには登録しない会社の情報は含まれませんが、一回の検索で全世界の治験情報が検索できるようになったのは便利なことです。今後治験情報が充実するのが楽しみです。一方で、UMIN(大学医療情報ネットワーク)の臨床試験登録サイト(CTR)の情報はIFPMAではヒットしません。UMINには大学や国公立の研究所の臨床試験が中心に登録されているので、製薬メーカーの国際サイトでヒットしないのも、理解できないでもありません。しかし、米国のclinicaltrials.govがIFPMAでヒットする現状を考えると(ここには、国公立の臨床試験もメーカーの臨床試験も登録されています)、無駄な臨床試験を実施しないためにも国際的なポータルサイトへの登録を考えてほしいものです。もっとも、同じ日本人を対象とした臨床試験を行っているのですから、2つの登録サイトがあるのもおかしな話です。早くサイトを統一してもらいたいものです。
*ももんが*


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2006年07月21日

Windows Liveで医学文献の全文検索

Windows LiveでCrossRef Search参加雑誌の医学文献が検索できることに気づきました(もう遅いかもしれませんが・・・・)。本年の4月からCrossRefとMicrosoftが組んで、情報、電気、物理関係の文献の検索サイトとしてサービスを開始したのですが、医学文献も全文検索ができています。CrossRef Search参加誌全てが対象かどうかは検討していませんが、BlackwellやWilyはヒットしました。CrossRef Search自体はGoogleを使用しているため、検索は早いのだけれども、結果の表示順が良くわからずPubMedに比べて使い難いと思っていました。これは、Google Scholarでも同じです。Windows Liveでは、検索結果を新しい順に並び替えることもでき、検索結果をEndoNoteに移行することもできます。普段、PubMedのような文献検索DBで検索をしている者にとっては、使いやすいサイトといえます。CrossRef Search参加誌が増えてくると、全文検索のための有望なサイトになりますね。学術文献の検索では、Microsoftのほうが賢明かもしれません。
http://www.live.com/
*ももんが*


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2006年07月19日

MLA2006

NLMのTechnical Bulletinに5月に開催されたMLA2006の発表PPTが登載されました。
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ja06/ja06_mla_dg.html

今年はNMLの記念すべき年のようです。NLM法の50周年、MEDLINEの35周年、PubMedの10周年(無料公開は1997年なので身近なPubMedの10周年は来年ですね)。PubMedのレビューもありますので、現状の整理にもなります。1999年以降のレコードの80%以上がフルテキストとリンクされ、16%は無料のテキストと言う紹介もあります。情報のFlat化がここでも進展しています。
*ももんが*


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2006年07月10日

Mindsにcochrane追加

診療ガイドラインを提供しているMindsにCochrane Libraryのシステマティックレビューの和文抄録が追加されました。
http://minds.jcqhc.or.jp/to/index.aspx
ガイドラインの対象となる疾患についての抄録のみですが、ガイドラインを補完するエビデンスとして参考になります。日本語で読めるのはやはり理解が早く、正確ですね。このサービスを利用するためには、無料の会員登録が必要です。
Cochrane Libraryのシステマティックレビューの抄録は英語ですが、Cochrane Collaborationのサイトで無料で検索・参照することができます。http://www.cochrane.org/
もともとは厚生労働省の班研究のガイドラインを提供するサイトとしてスタートしたと理解していたのですが、情報の充実を考え出したようですね。ここまでやるなら、Cochrane Libraryの無料提供やシステマティックレビューの抄録すべての和訳を提供してほしいものです。
*ももんが*


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2006年06月23日

PubMedの新しい表示形式

PubMedの検索結果の表示形式に新しくAbstractPlus形式が追加されました。従来のAbstract形式の表示項目にRelated Articles 5件が追加されただけなのですが、表示形式が大幅に変更になりました。一方、”send to File”で保存すると、Related Articlesは保存されず、従来のAbstract形式と同じ内容になります。Technical Bulletinによると、Entrez DBの豊富な情報をPubMedユーザーに提供することを検討していて、Abstract形式で表示した場合にリンクで案内していくようです。今後どのような情報が追加されるのか楽しみですね。
なお、Related Articlesの計算方法は下記を参照してください。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/computation.html

[ももんが]


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2006年06月05日

JDreamIIの機能改善

InfostaのOUGライフサイエンス分科会のサイトに、JDreamIIの機能改善についてJSTと意見交換を行った勉強会の議事録が公開されました。
http://www.infosta.or.jp/ls/start.html
ノイズ除去専用の近接演算子NOTA、や近接演算子でのOR演算の利用、シソーラスブラウザからの検索式への反映の際にフィールドコードを外すこと等が実現されるようです。今後も積極的にユーザーと意見交換を行い、本邦を代表する文献DBとして、ユーザビリティを向上させてもらいたいですね。
また、5月からデータが更新され始めたJMEDplusのサブヘディングについても簡単な紹介があります。5年先を見据えて、索引側、検索側の両者が理解しやすいサブヘディングにしてもらいたいものです。(ももんが)

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2006年06月03日

学術雑誌バックナンバー専門業者

医学書ではないのですが、関連ということで情報アップします。
医学を含む学術雑誌のバックナンバーを専門に買い取ってくれる業者があるのをご存知ですか?
(株)東亜ブック http://www.toabook.com/

職場で保管できなくなったバックナンバーや広告掲載で余った医学雑誌など、ある程度巻号そろったものを何度か買い取っていただいたことがあります。(ほら、最近は雑誌も一度に大量に棄てるとお金がかかりますし・・・)

また逆に、「どうしてもこの1冊だけバックナンバーがほしい」という時も、お世話になったことがありました。


*orange*


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病院図書室研究会の名称変更

5月から病院図書室研究会の名称が、日本病院ライブラリー協会に変更になったようです。


*orange*


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2006年06月02日

医学書専門古書

先日、1881年「解剖攬要 / 田口和美編」を探してといわれて発見。
神田神保町の古書を一括検索できる
古書データベース
http://jimbou.info/
神田では
明倫館
いざわ書林

本郷周辺では
木村書店・柴善書店・書肆文献堂・鳳文社
などが有名だそうです。
この辺に詳しい方コメントお願いいたします。

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2006年05月27日

Chem & Bio Drawのウェブセミナー

本年3月、 Chem & Bio Office 2006(通称 ChemOffice)および Chem & Bio Draw 10.0(通称 ChemDraw)がリリースされました。この度、6月1日午前9時より、バージョン10の新機能についてウェブセミナー(Webinar)を予定しております。

セミナーご参加希望の方は、次のサイトよりご登録ください。
オンライン登録:
http://cambridgesoft.com/direct/?did=3743&userid=240134

日時:6月1日午前9時
登録いただきましたら、電子メールにて詳細情報をお送りいたします。

本件についてのお問い合わせは、0120-146-700/03-3501-7800 までご連絡ください。

お近くの販売代理店へのお問い合わせは、以下のウェブサイトをご覧ください。
http://www.cambridgesoft.com/language/resellersJp.cfm.

まずは、ご案内まで

******************************
ケンブリッジソフト受付センター
CambridgeSoft Corporation
フリーダイアル:0120-146-700
電話:03-3501-7800
info@jp.chemstore.com
******************************
鷹さん:ハイパーリンクの付け方が分からないので、”また”お願いいたします。[under5]続きを読む

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2006年05月23日

Free Author Manuscript

米国内分泌学会(The Endocrine Society)が発行する学術誌4誌について、オープンアクセスの枠が広がりました。これまで4誌の掲載論文は、雑誌発行の12ヵ月後に無料で出版された形式で公開されていました。この形式は他のThe Washington DC Principles for Free Access to Science に参加している雑誌と同じです。先週から、無料で公開する前の論文について、著者が投稿した形式(いわゆる投稿原稿:Author Manuscript)で公開を始めました。これにはRapid Electronic Publicationsも含まれますので、4誌にacceptされた論文全てがオープンアクセスになったことになります。電子ジャーナルの論文そのものを公開するのではなく、投稿原稿を公開するところに学会の苦悩が読み取れますが、オープンアクセスにとって前進といえます。他の雑誌も追従してくれるといいですね。残念なのは、PubMedで検索した場合、Rapid Electronic Access(いわゆるaheadofprint)のときはauther manuscriptにリンクしているのですが、雑誌発行後は有料のPDFにリンクしてしまうことです。
内分泌学会の4誌は下記を参照してください。
http://www.endojournals.org/

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2006年04月13日

速報】MeSH-Subheadingsの改訂

速報
MEDLINEのsubheadingが改訂されるとのこと

2007年MeSHから、
現在83種あるsubheading(qualifier)は
42種に統合、廃止されることになるそうです。
http://www.nlm.nih.gov/mesh/whatsnew.html
([medlib-j:976] より引用)

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2006年02月13日

PubMedでラストオーサー検索ができるようになりました3

PubMedの著者名検索で、昨年ファーストオーサーの検索が可能になりましたが、今回ラストオーサーの検索も可能になりました。著者名の後に[LASTAU]のタグを付与すると検索できます。 例:Bush G[LASTAU]
サイドバーのSingle Citation Matcherでは、「Only as last author」をチェックするだけで限定することができます。
検索結果をラストオーサー順に並び替えることもできます。
教授や研究室の長はラストオーサーになることが多いので、特定の研究室の研究動向を調査するのに使えそうです。
ただし、レコードあたりの著者名の収録数が年度によって異なるので注意が必要です。収録数の変遷については下記のPubMedヘルプを参照してください。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helppubmed.section.pubmedhelp.Appendices#pubmedhelp.NLM_Author_Indexing_

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2006年01月11日

JAPICからも新薬承認情報

JAPICが国内の新薬承認審査報告書の全文データベース「日本の新薬」をテストリリースしました。
http://www.shinsahoukokusho.jp/dar_us/dar/search/usDarSearch.jsp
提供される情報や検索項目は下記を参照してください。
http://www.japic.or.jp/whatsnew/sinyakusyounin.htm
医薬品医療機器情報提供ホームページ(http://www.info.pmda.go.jp/)でも同じ情報を提供していますが、「日本の新薬」のほうが項目を指定した詳細な検索ができます。検索機能で棲み分けしていくものと思いますが、今後が楽しみです。ただし、有料になる可能性もあります。意見や感想を募集中なので、興味のある方はどうぞ。

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2005年12月20日

スキルアップを助けます

PubMedに検索のスキルアップのヒントとなるskill kitが登場するようです。
詳しくは下記のサイトを参照してください。
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/nd05/nd05_skill_kit.html
ますますPubmedが身近になりますね。

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2005年12月19日

NCBIツールバー

NCBIのツールバーが2005年12月6日に登場したの、ご存知でし
たか?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/toolbar/

googleツールバーなどと同様に、インターネットブラウザが開
いていれば、いつでもpubmed等の検索ができます。
ハイライト機能もあり、操作は簡単です。

orange



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PubMedが更新されました

PubMedのend-of-year activitiesが12月12日に終了し、MeSHが2006年版に変更になりました。
新しいMeSHでは、933語の追加や188語の変更等があります。詳細は下記のTechnical Bulletinを参照してください。
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/nd05/nd05_2006_MeSH.html
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/nd05/nd05_technote.html#9
大きな変更点は、先に案内したようにPublicatin TypeのMeSHへの移行です。新しくVカテゴリとして分類されています。TREE構造を持つようになり、たとえば、Clinical Trialの下位にRandomized controlled tiral(RCT)が分類されるようになります。これにより、2005年まではランダム化比較試験(RCT)の文献については、RCTと共にclinical trialも付与されていましたが、新しいレコードでは付与されなくなります。しかしながら、検索上は変化がありません。実際、clinical trial[PT]でRCTもヒットします。
その他、気づいた点があれば随時報告します。

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2005年11月24日

東大薬学図書館のブログ

東大薬学図書館にブログがあるようです。
東大薬学図書館にっき



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2005年10月21日

Drugs @ FDA4

FDA の医薬品の承認情報が見られるデータベースです。
http://www.accessdata.fda.gov/scripts/cder/drugsatfda/index.cfm


医療用の承認薬・OTC 薬の一部・販売中止された医薬品などでの検索や、
今はやりのジェネリック薬の比較などにも使えそうです。

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2005年10月10日

PubMedの更新時期がやってきた

恒例のMEDLINE/PubMedのEnd-of-Year Activitiesの時期がやってきました。11月17日からMEDLINEレコードの追加を中断し、2006MeSHへの対応や物質名の変更等のシステムの更新作業を行います。

主要な変更点として、Publication typeのMeSHへの登録が紹介されています。MeSHにVカテゴリーを新設し、Publication typeを割り付けるようです。これにより、上位語の付与をやめることになります。たとえば、ランダム化比較試験を行っている文献の場合、randomized controlled trialと同時にclinical trialも付与されていましたが、2006年からはclinical trialの付与がなくなります。ただし、clinical trialが上位語になりますので、clinical trialで検索した場合、これまでと同様にrandomized controlled trialもヒットします。2006MeSHのVカテゴリーについては、下記のサイトを参照してください。
http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006/MBrowser.html

Publication typeのclinical trialがMeSH用語になったことで、臨床試験を主題とする文献に付与されるclinical trials(E、G、Nカテゴリー)と間違えないように注意が必要ですね。clinical trialsの付与方針については、下記を参照してください。
http://www.nlm.nih.gov/mesh/indman/chapter_26.html#26.26

End-of-Year Activitiesの詳細については、今後も随時紹介します。


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