2008年08月

2008年08月28日

DV-Xα法と極めて相性の良い三次元可視化プログラムVESTA5

 2008年8月6日(水)-8日(金)に兵庫県立大学姫路書写キャンパス書写紀念会館で開催された第5回DV-Xα国際ワークショップ(The 5th International Workshop on DV-Xα: The Advanced Related Experiments and Theories on Materials Science and X-Ray Spectroscopy)には、多くのDV-Xα分子軌道法プログラムのユーザが集まり、多種多様な分野での研究成果が発表されました。

 3日間通してこの国際ワークショップに参加して強く感じたことは、門馬綱一氏・泉富士夫氏が開発された結晶構造、及び電子・核密度等の三次元可視化プログラムVESTAが、DV-Xα分子軌道法プログラムのユーザに染み渡るように普及している現状です。もはやDV-Xα分子軌道法プログラムにとって、計算結果の標準的な出力プログラムとして位置づけられつつあるといっても過言ではないでしょう。

 DV-Xα分子軌道計算プログラムは、周期表の全元素を対象に巨大クラスターでも電子状態を高精度に計算できる反面、構造最適化は困難です。よってDV-Xα分子軌道計算プログラムのユーザは、実験的に単結晶X線構造解析・粉末X線構造解析により原子座標と原子種(原子番号)を決定したクラスターモデルについて電子状態を計算することが多いため、元々結晶学にも造詣が深いユーザが多いことも、結晶学分野にとっても秀悦な三次元可視化プログラムでもあるVESTAに人気が集まる一因かもしれません。

 しかしそれだけではないと思います。何よりVESTAはDV-Xα分子軌道計算プログラムと極めて相性が良く、DV-Xα分子軌道計算プログラムユーザにとっては、まるでDV-Xα向けにチューニングされた三次元可視化プログラムかと思ってしまうほど、使い心地が良いのです。

 水野正隆氏が開発されたmakec04d, contrd, contrwd, contrdallなどのユーティリティプログラムが充実していることはもちろんですが、何よりDV-Xαで計算した電子状態を、波動関数の等値曲面・断面図や立体的な静電ポテンシャルマップなど、第三者に説明するのに説得力のある美しい一目瞭然の画像が得られることが、VESTA人気の最大の要因です。

 上記国際ワークショップでは、ウェブサイトのトップページをVESTA画像が飾っているのみならず、開催当日出席者に配布された要旨集の表紙、会場での看板、いずれにも美しいVESTA画像が載っており、さらに講演発表・ポスター発表の随所でVESTA画像が登場、このワークショップをVESTAの存在がどれだけ盛り上げたかと、私と同様、きっと多くの参加者が感じたことと思います。

第21回DV-Xα研究会第21回DV-Xα研究会第21回DV-Xα研究会


tgs0001 at 20:28|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック 分子軌道 | 教育

2008年08月26日

三次元可視化プログラムVESTAを活用した先進的な授業事例5

社団法人 私立大学情報教育協会が、全国の334校の私立大学、125校の私立短期大学に対して「授業改善調査」を実施し、その調査結果をまとめて、『平成19年度私立大学教員の授業改善白書』を公表しました。

上記調査対象校の教員には印刷された冊子として配布されますが、ウェブ上にpdfファイル(16 MB, 20ページ)としても一般公開されております。

この白書の12〜15ページには、全国の私立大学・短期大学の中から特に先進的な授業として、以下の8つの事例が紹介されています。

1. Web制作会社と連携した双方向授業 名古屋学芸大学短期大学部

2. 病理組織画像データベースによる自主学習支援 日本歯科大学生命歯学部

3. 授業支援システムを活用した討論・対話型授業 甲南大学理工学部

4. 英語の使用場面Web化による動機付授業 大阪産業大学教養部

5. 三次元可視化システムを用いた基礎化学教育 岡山理科大学理学部

6. LMSを活用したスピーチコンテスト 清泉女学院短期大学

7. 医療人養成のためのWebベースによるPBLテュートリアル 昭和大学歯学部

8. LMSによる授業支援システムの活用 駒澤大学グローバル・メディア・スタディーズ学部

岡山理科大学理学部の事例は、岡山理科大学理学部化学科の学部2年次生対象の講義「無機化学III(担当:坂根弦太)」での授業事例を紹介したものです。

分子軌道計算システムeduDVこの授業では、岡山理科大学情報処理センターの学生実習用パソコンに環境構築してあるDV-Xα法計算支援環境教育用分子軌道計算システムeduDV三次元可視化システムVESTAを活用し、自乗すれば電子が発見される確率の大小となる“波動関数・原子軌道関数・分子軌道”という位相もある小難しい三次元的な物理量について、学生諸氏ひとりひとりにパソコン画面を見ながらマウス操作をしてもらい、自分自身の脳裏に直感的な三次元的イメージを構築していただくことを目指しています。

平成19年度(2007年度)の時点で、私立の大学・短期大学のみの世界とはいえ、全国規模の調査の中で「先進的な授業事例」として、DV-Xα法計算支援環境教育用分子軌道計算システムeduDV三次元可視化システムVESTAが取り上げられたことは、DV-Xα法のための統合支援環境(含eduDV)やVESTAが、基礎化学分野の教育に大いに貢献できる存在であることを示唆していると言えるでしょう。

三次元可視化システムVESTA特に門馬綱一氏泉富士夫氏が開発された結晶構造、及び電子・核密度等の三次元可視化プログラムVESTAの存在感は絶大です。平成19年度といったら門馬綱一氏がまだD2の時です。博士課程在学中の大学院生の方が、このような全国規模(全世界規模)に波及効果の大きなプログラムを開発・普及させた実例は誠に希有なのではないでしょうか。

是非、高等学校での科学部・化学部・物理部などの部活動をはじめ、大学・短期大学等での基礎化学教育に、DV-Xα法計算支援環境教育用分子軌道計算システムeduDV三次元可視化システムVESTAを積極的にご活用ください。

必要なプログラム類の入手方法(入手先リスト)、環境構築方法から具体的なプログラムの使用方法まで、日本語で丁寧に解説した文書も公開しております。



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2008年08月25日

月刊誌「理科の探検(RikaTan)」で周期表の魅力を紹介5

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明日(8月26日(火))、全国の書店で発売となる星の環会発行の理科に関する月刊誌、「理科の探検(RikaTan)」2008年9月号(特集:輪ゴムを使った実験・ものづくり)で、私が「こんなにある入手可能な周期表〜化学の世界のガイドマップを集めよう〜」と題する記事を執筆しております。
私が担当している岡山理科大学理学部化学科の講義「無機化学III」で、受講生の皆さんに紹介・配布している数々の周期表や、それらにまつわるネタを紹介したものです。



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2008年08月20日

旧漢字と変体仮名5

(社)日本図書館協会の調査によると、2007年度も岡山県立図書館が入館者数、貸出冊数が全国の都道府県立図書館で一位になったそうだ。2005年度、2006年度に引き続いて3年連続三連覇の快挙である。

この図書館、2007年度は新刊図書の購入冊数でも全国一位だとか。新刊図書の約7割、約52,000冊を購入しているという。

入館者数の二位は東京都立図書館、三位は大阪府立図書館である。東京都と大阪府を抑えて岡山県が堂々の第一位、しかも三年連続の三連覇、何とも驚くべきことではないか。

貸出冊数でも二位の大阪府立図書館を10万冊以上引き離しての1,203,345冊だそうだ。1・2・3・4・5と何だか数字の語呂も良い。

(以上、2008年8月20日付山陽新聞朝刊記事より一部抜粋)

私が以前書いたブログ記事(岡山の書籍事情)を参照していただければ一目瞭然であるが、なぜか岡山は本に関して、実に元気がよい。

岡山は元々旧制の第六高等學校(六高)の所在地でもあり、現在も岡山大学岡山理科大学岡山商科大学ノートルダム清心女子大学就実大学倉敷芸術科学大学吉備国際大学川崎医科大学川崎医療福祉大学美作大学環太平洋大学くらしき作陽大学山陽学園大学中国学園大学岡山学院大学岡山県立大学順正短期大学岡山短期大学川崎医療短期大学倉敷市立短期大学作陽音楽短期大学山陽学園短期大学就実短期大学中国短期大学美作大学短期大学部新見公立短期大学中国職業能力開発大学校中国四国酪農大学校岡山自動車大学校岡山理科大学専門学校倉敷 食と器 専門学校玉野総合医療専門学校順正高等看護専門学校岡山科学技術専門学校朝日医療専門学校朝日リハビリテーション専門学校旭川荘厚生専門学院岡山医療技術専門学校岡山県理容美容専門学校岡山高等歯科衛生専門学院岡山歯科技工専門学院山陽歯科衛生士専門学校笠岡歯科技工専門学校岡山商科大学専門学校岡山情報ビジネス学院岡山ビジネスカレッジ岡山ビューティモード倉敷ビューティーカレッジ岡山文化服装専門学校岡山ファッションスクール倉敷ファッションカレッジ山内服装専門学校慶子アカデミージャパン岡山調理師専門学校中国デザイン専門学校西日本調理製菓専門学校ビーマックス川崎リハビリテーション学院福嶋リハビリテーション学院ベル歯科衛生専門学校岡山医療福祉専門学校ワールドオプティカルカレッジ聖華看護専門学校岡山済生会看護専門学校岡山赤十字看護専門学校倉敷看護専門学校倉敷中央看護専門学校ソワニエ看護専門学校津山中央看護専門学校倉敷少林寺高等専修学校関西書道専門学校等々の大学・短期大学・大学校・専門学校など、あるいは岡山光量子科学研究所国立天文台岡山天体物理観測所林原類人猿研究センター岡山県古代吉備文化財センター等々の研究所・研究施設等など、教育研究機関の数も多い全国有数の文教地区ではあるが。

岡山の学校図書室の司書の先生方が頑張っておられるのかもしれない。

本があって人がいて

本があって人がいて―岡山市・学校司書全校配置への道 (みんなの図書館双書)

先月末にCONVEX岡山で3日間にわたって開催された2008こどもの本ブックフェア(地域・学校・公共図書館・家庭を対象とした絵本・児童図書の展示即売会)も大変盛況であった(私は「今年は理数がおもしろい!科学の本集合!」理科実験ブースの実験講師を務めた)。

我が家でも先週のお盆休みの期間、家族それぞれ自分の興味関心に従って、読書三昧な日々を過ごした。

長男(3歳)はもっぱら「だんごむし」の本。

彼は以下のように類書をたくさん持っているが、飽きることなくお気に入りのページを何度も何度も舐めるように繰り返し眺めている。

寝るときにはお気に入りのダンゴムシ本を抱っこして寝るほど熱中している。もちろん、家の中でオカダンゴムシを実際に飼育もしている。

彼は大きくなったら、「真っ黒で大きなオカダンゴムシになりたいっ!」、なのだそうだ。

ダンゴムシになりたい一心で、食事の際には好き嫌いなく何でも食べるように頑張っている(ダンゴムシは何でも食べると本に書いてあるため)。丸く丸まる練習もしているが、どうやら身体が硬いようでなかなか団子のようには丸くはなれない。

オカダンゴムシになれなかった場合の第二希望は「アンパンマン」とのことなので、まぁなんとかなるだろう。顔を洗うたびに「お顔が濡れて力が出ないよぉ〜」と言うのもどうかとは思うが。

ダンゴムシ (育てて、しらべる日本の生きものずかん)

ダンゴムシみつけたよ (ふしぎいっぱい写真絵本)

ダンゴムシ―やあ!出会えたね (やあ!出会えたね (1))

ぼく、だんごむし (かがくのとも傑作集)

だんごむしのかぞく (ふしぎだな?ブック)

ダンゴムシの親子―まるちゃん、たびにでる (ぼくたち親子だよ)

ドキドキいっぱい!虫のくらし写真館〈16〉ダンゴムシ

私の方は、例によって万歩書店で入手した江戸時代〜明治時代〜昭和初期の古書をゆっくりと読んでいる(理学、理科、科学、化学関係の古書が主であるが)。

先の大戦後の激しい国語改革の後の教育しか受けていない私にとって、旧漢字や変体仮名は読み辛く敷居が高いのであるが、戦前の書籍の内容の豊かさに惚れ込んでいる私にとっては乗り越える気力の沸いてくる程度の高さの敷居である。

だいたい自分の国の昔の書物を見て「まるで外国語のようだ!」と思うようでは悲しすぎる。

すらすら読めなくても、例えば下のような書籍を手元に置いて、自分の国の「言葉」と意識しながら何とか読める程度にはなりたいものだ。

旧漢字―書いて、覚えて、楽しめて (文春新書 (579))

旧字旧かな入門 (シリーズ日本人の手習い)

旧字力、旧仮名力 (生活人新書)

 

変体仮名については以下の2冊がお勧めだ。

変体仮名とその覚え方

これでわかる仮名の成り立ち

これでわかる 仮名の成り立ち

 

 

 

 

 

 

 

 

 

いくら図書館や古書店に古書として保存されていても、それが読めないようでは意味がない。

連綿と受け継がれ、積み上げられてきた自国の文化を、ある境界線をもって捨ててしまって良いものか、21世紀になり戦前の文化を知る世代が少なくなりつつある今こそ、境界線を跨いで過去の貴重な文化を引き継げるか否かの重大な局面を迎えていると私は思っている。

望むと望まざるに関わらず言語(母国語)の学習が疎かになった場合、自ずと知識・教養・文化レベルが下がってくることは、世界史を見渡しても枚挙に暇がない。母国語の崩壊は即ち自国の文化の崩壊である。

上で紹介した茨木正子著「これでわかる仮名の成り立ち」では、21世紀の現代になっても身近なところに変体仮名が息づいている実例が、写真と共に豊富に紹介されており実に興味深い。図書館、古書店、そしてひっそりと街中に生き残っている我が国の戦前文化を、今こそ自国の文化として継承しようではないか。

そんな気概を持って古書の世界に入ってみると、それぞれの時代の先人(祖先)がそれぞれの限られた生涯で深めた知識・経験・造形などの情報が、時間と場所を超越して自分の脳味噌に入ってくる。

実際問題として西暦2008年現在を生きる日本人にとって、過去の気が遠くなるほど長い時間(歴史)の流れの中、綿々と受け継がれて発展していた先人達の豊饒な知恵の貴重な継承機会を、明治・大正・昭和期の国語改革(中でも特筆大書すべきは先の大戦後の激しい国語改革)が奪っていることは疑いようのない事実である。

現在の学校では、「日本史」、「国語」、「古典」と、まるっきり切り離された教科として区別されているが、歴史とは時間を超越して「言葉」で伝承されるものだ。

我が国の歴史を真に理解するには、過去の我が国の書籍を読めるようになるためにも、「日本語の歴史・変遷」を同時に知る必要がある。

我が国の豊饒な文化が、20世紀の国語改革で断絶されている。しかし幸いなことに、図書館、古書店、そしてひっそりと街中に、その文化(文字や文章)は残っている。

今ならまだ間に合う。上で紹介したような書籍を手元に置いて、自分の国の「言葉」と意識しながら、貴重な古書をゆっくりと一歩一歩でもよいから、何とか読める程度になろうではないか。



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2008年08月09日

DV-Xα研究協会 7th Award for Distinguished Contributions

080808


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2008年08月08日

第7回DV-Xα研究協会功績賞

第7回功績賞_賞状

2008年08月08日、兵庫県立大学姫路書写キャンパス書写紀念会館で開催された第5回DV-Xα国際ワ−クショップ&第21回DV-Xα研究会にて、「DV-Xα法計算支援環境・教育用分子軌道計算システムeduDV・三次元可視化システムVESTAの開発と普及活動」が評価され、坂根弦太門馬綱一泉富士夫の3名に対して第7回DV-Xα研究協会功績賞が授与されました。

 

第7回功績賞_楯

2008年08月08日、080808、プログラミングの世界では“8”はよく“∞(無限大)”の代用文字として使われます(90度回転させれば∞は8になります)。

すなわち、08は “0から無限大(∞)まで” とも読めます。

080808 = “0〜∞, 0〜∞, 0〜∞”、3人で成し遂げた仕事がそれぞれ無(ゼロ)から無限大まで、何もない無(ゼロ)からスタートして終わりのない無限大まで続いていくのがプログラミングの仕事です。それが丁度3人分で080808、なんとも3人のプログラミングに関する仕事が評価されて共同受賞した第7回功績賞受賞日に相応しい日付です。

また8月8日というのは、 “そろばんの日” でもあります。

そろばんと言えば一種の計算機(計算をするための道具)、これまたプログラミングに関係した仕事で評価を受けた日としては相応しい日です。

なぜ8月8日が “そろばんの日” か、それはそろばんの珠を、 “パチッ!”、 “パチッ!” と弾いて計算をすることから、 “パチッ!”、 “パチッ!” で 8(ハチ)、 8(ハチ)、 全国珠算教育連盟が1968(昭和43)年に8月8日を “そろばんの日” と制定したのです。

昭和43年(西暦1968年)と言えば私(坂根)の生まれた年です。

制定から40年が経過して初めて西暦の末尾も "08" になった2008年08月08日のそろばんの日に、パチッ(8)、パチッ(8)、パチッ(8)っと3名で計算に関する特異日を迎えたのも不思議な話です。

泉先生門馬さん私(坂根)の3名で受賞した今回の第7回DV-Xα研究協会功績賞、2008年08月08日(金)が受賞日であったということに、不思議な不思議な数字の奇遇、因縁を深く感じます。

さらに本日、2008年08月08日(金)は中華人民共和国の首都北京で開催されるオリンピアード競技大会(Games of the XXIX Olympiad, 2008年8月8日〜24日)開会式の開催日でもあります。

オリンピックといえば金メダル、その金メダルを連想させる“金曜日”、2008年08月08日はまさに値千金の金曜日とも言えます。

そして金曜日から連想するのは太陽系の惑星の“金星”、金星は英語でVENUS、そう、VESTAはVICS, VENDの発展した次世代版プログラムであり、これらのプログラム達はみなVENUSの一員、これまた不思議な奇遇、因縁です。

予め密かに運命づけられていた人生旅路の一里塚に出くわした思いです。

人生は一度きりの不可逆な一筆書き、とはいっても全くランダムに進んでいくのではなく、所々での重要な特異点で、その後の運命が決まる選択が為されているように思われます。

一般的には、高等学校や大学や就職など、進路先を決定するときが分岐点ですよね。

結婚や子供の誕生なども人生の大きな特異点でしょう。

それ以外に私が不思議に思っているのは、予測の出来ない運命的な“人”との出会いです。

私の場合、祖父に黒谷先生の話を聞いて黒谷先生(当時は岡山理科大学の学長)に憧れて岡山理科大学に入学したこと、そして卒業研究の配属で黒谷先生のおられた錯体化学研究室に潜り込めたこと、その研究室でDV-Xα法と出会い、足立先生にご教示いただけたこと、そして第3回DV-Xα研究会(舞子ビラ)に出席・講演発表して以来、毎年の夏、DV-Xα研究会で様々な方々と出会い、刺激を受け、教わり、自分も成長していったこと、そんな中でも特に小和田先生、中松先生、水野先生との出会いは強烈で、その後小笠原先生、石井先生、吉田さん、中川さんらとも出会い、現在の極めてアクティブなspd部会での活動に繋がっています。

ある日(2002年1月22日)、大学の私のところに来られた(DV-Xα法の使い方を習いに来られた)ある方(学生さん)との出会い、そしてその方から私が逆に教わったVENUS(VICS, VEND)との出会い、そして必然的に泉先生と出会い、門馬さんとも出会い、もう何年もの間、実に色々なことがあって、苦労もありましたが思いもしない発展や成功にも恵まれ、結果的に本日、2008年08月08日(金)という記念すべき特異日を迎えられたこと、実に不思議な運命の結果だったように思われるのです。

人生は想定外のことばかり、しかし特異点での選択肢にぶつかったとき、私はなぜか直感的に進むべき方向を一瞬で判断してきました。論理的に考えての結論ではありません。脳味噌全体からパッと湧き出る直感に素直に従っているだけなのです。デジタル的な処理で導かれた結論ではなく、アナログ的に全体からぼや〜っと、しかしやがて輪郭がはっきりと見えてくる結論に従っているまでです。

過去を振り返って、分岐点での“もしもあの時”といった後悔はありません。私は過去の自分の判断をいつも信用しています。今の自分は過去の結果、現在の自分を肯定するなら、過去の分岐点での選択結果は、きっと必然だったのです。

080808、私の人生におけるこの記念すべき特異日のことは生涯忘れないことでしょう。

080808で金曜日、実に覚えやすいですしね。

このブログの投稿、ちょうど20時08分ですが、20時=午後8時、今日は西暦2008年08月08日ですが、和暦でいえば平成20年08月08日、これまた数字の奇遇を感じませんか。



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2008年08月07日

The 5th International Workshop on DV-Xα5

476b4157.jpg第5回DV-Xα国際ワークショップ(第21回DV-Xα研究会)に出席するために兵庫県立大学(姫路)に滞在しています。

学会の最終日の明日(8月8日)、泉先生門馬氏と共に"Building of an integrated assistance environment for the DV-Xα method"と題する講演(DV-Xα研究協会第7回功績賞受賞記念講演(Memorial Award Lecture, 2008 Award of the Society for DV-Xα))を行いますが、今回の学会では多くの研究発表に“三次元可視化システムVESTA”で作成された画像が効果的に活用されており、この分野におけるVESTAの普及度・貢献度の高さを実感いたしました。

そういえばこの学会のウェブサイトのトップページにも、また参加者に配布された要旨集(ABSTRACT BOOK)の表紙にも、いずれもVESTAの美しくも迫力ある静電ポテンシャルマップが掲載されているんです。まさにVESTAでの三次元物理量(電子密度、差電子密度、波動関数、静電ポテンシャルなど)解析がこの分野での標準手法となっている証だと思います。

ところで、大阪大学の水野先生によって次世代版SCATの実行ファイル群がDV-Xα研究協会のウェブサイトで一般公開されたのが2007年07月07日、“DV-Xα法のための統合支援環境の構築”という成果で坂根・門馬・泉の3名がDV-Xα研究協会第7回功績賞を受賞する明日が2008年08月08日、070707から始まって080808で評価を受けるという奇遇を感じます。

とすると、2009年09月09日(090909)には何かあるんでしょうか。

そういえば我が家の結婚記念日は11月11日、我が家の第一子の誕生は平成17年5月12日5時17分(17-5-12-5-17)、人生の節目となる出来事はなぜか対称の高い覚えやすい数字が登場しています。

分子軌道を計算するときも、点群の中でも高い対称をもった分子の計算の方が計算も軽く、結果もシンプルになりますものね。


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2008年08月04日

VESTA Ver. 2.0 のマニュアルが公開!5

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VESTA Ver. 2.0 のマニュアルが公開されました!

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