2013年11月

2013年11月28日

抗生物質ミノサイクリン(minocycline)の電子状態

F01


テトラサイクリン系抗生物質、ミノサイクリン(minocycline)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考:抗生物質分子データ集(Jmol版) - 生活環境化学の部屋


F012


計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of minocycline

ミノサイクリン(minocycline):7-(ジメチルアミノ)-6-デメチル-6-デオキシテトラサイクリン

分子式:C23H27N3O7

分子量:457.483

CAS登録番号:10118-90-8

原子数:60

原子軌道数:126

サンプル点数:935,300

総電子数:242

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、ミノサイクリン(minocycline)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


ミノサイクリン(minocycline)のHOMO(130) エネルギー固有値:-0.07302 eV


LUMO


ミノサイクリン(minocycline)のLUMO(131) エネルギー固有値:8.78339 eV

HOMO-LUMO gap = 8.856 eV = 71431.8 cm-1 = 140.0 nm


POTMAP1


ミノサイクリン(minocycline)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


ミノサイクリン(minocycline)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


ミノサイクリン(minocycline)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


ミノサイクリン(minocycline)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。


















tgs0001 at 13:39|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote 分子軌道 | 電子

抗生物質ゲンタマイシン(gentamicin)の電子状態

F01


グラム陰性桿菌による感染症などの治療に使用される抗生物質、ゲンタマイシン(gentamicin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考:抗生物質分子データ集(Jmol版) - 生活環境化学の部屋


F012


計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of gentamicin
- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -


分子式:C21H43N5O7

分子量:477.6

CAS登録番号:1403-66-3

原子数:76

原子軌道数:142

サンプル点数:820,800

総電子数:260

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、ゲンタマイシン(gentamicin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


ゲンタマイシン(gentamicin)のHOMO(130) エネルギー固有値:-0.07302 eV


LUMO


ゲンタマイシン(gentamicin)のLUMO(131) エネルギー固有値:8.78339 eV

HOMO-LUMO gap = 8.856 eV = 71431.8 cm-1 = 140.0 nm


POTMAP1


ゲンタマイシン(gentamicin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


ゲンタマイシン(gentamicin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


ゲンタマイシン(gentamicin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


ゲンタマイシン(gentamicin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。





抗菌薬の考え方、使い方Ver.3
岩田 健太郎
中外医学社
2012-03-30






抗生物質のはなし
野口 実
日本実業出版社
1999-05









抗生物質の本質と正しく向き合う (GAIA BOOKS)
レオン・チャイトー
産調出版
2008-09-30



感染症まるごとこの一冊
矢野 晴美
南山堂
2011-03-20



もう迷わない!抗菌薬Navi
坂野 昌志
南山堂
2010-02-11



もう抗生物質では治らない―猛威をふるう薬剤耐性菌
マイケル シュナイアソン
日本放送出版協会
2003-03



抗生物質大要―化学と生物活性
田中 信男
東京大学出版会
1992-06



抗生物質治療ガイドライン (EBM医薬品・治療ガイドライン)
オーストラリア治療ガイドライン委員会
医薬ビジランスセンター
2002-09





















抗菌性物質医薬品ハンドブック (2000)
日本抗生物質学術協議会
じほう
2000-08










tgs0001 at 11:48|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote 分子軌道 | 電子

2013年11月27日

ロシアで一番美しい元素図鑑?!

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ロシアから取り寄せていたТеодор Грей (Theodore Gray)氏の「Элементы. Путеводитель по периодической таблице」が届きました。


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Элементы. Путеводитель по периодической таблице



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Фотографы(写真): Теодор ГрэйНик Манн



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表紙の黒地が、真っ黒ではなく、なんか良い感じの重厚感のある黒なんです。


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巻末付録の周期表です。


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Менделеев, Дмитрий Иванович 氏にちなんで命名されたメンデレビウム(Md)


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Объединённый институт ядерных исследованийドゥブナ合同原子核研究所Joint Institute for Nuclear Research, JINR)のある地名Дубнаドゥブナ)にちなんで名付けられたドブニウム(Db)


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Издательство(発行元): АстрельCorpus


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ロシア語で見る元素名のひとつひとつが、興味深く感じられます。

福井謙一先生と1981年ノーベル化学賞を共同受賞されたロアルド・ホフマン(Roald Hoffmann)先生の推薦文

Знаете ли вы, что бананы радиоактивны, а наши непрозрачные тела на три пятых состоят из кислорода - бесцветного газа? Как "поет" сурьма и что такое "молибденовая корова"? Сколько весит эталон килограмма и каково это - купаться в ртути? Об этом и многом другом рассказывает американский популяризатор науки, коллекционер образцов химических элементов и автор знаменитого "периодического стола" Теодор Грэй. Он раскладывает по полочкам элементы, эти кирпичики мироздания, попутно рассуждая об их истории и характере. Книга будет полезной и школьникам, и взрослым, желающим знать, из чего сложена вселенная, да и мы сами.

"Эта книга о (химических) элементах по виду и содержанию затмевает все остальные книги об элементах. Фотографии фантастические... Всего несколькими точными фразами Грэй описывает применение элементов, их историю и ко всему не боится отпускать колкости. Моя реакция такова: элементарное восхищение!"

参照:ozon.ru のЭлементы(Теодор Грей)


AppleのiPadにインストールして使えるグレイ氏の元素図鑑(ロシア語での紹介)もあります。


小学館の図鑑たんけん!NEO 元素のひみつ
ダン グリーン・坂根 弦太
小学館
2013-06-19



よくわかる元素図鑑
左巻 健男・田中 陵二
PHP研究所
2012-09-15




tgs0001 at 17:26|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote 周期表 | 元素

抗生物質バンコマイシン(vancomycin)の電子状態

F01


メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA)感染症の治療薬として使用される抗生物質、バンコマイシン(vancomycin, VCM)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


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参考:抗生物質分子データ集(Jmol版) - 生活環境化学の部屋

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of vancomycin(antibiotic drug, antibacterial agent)

分子式:C66H75Cl2N9O24

分子量:1449.3

CAS登録番号:1404-90-6

原子数:176

原子軌道数:384

サンプル点数:308,100

総電子数:760

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 塩素(Cl)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、バンコマイシン(vancomycin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


バンコマイシン(vancomycin)のHOMO(380) エネルギー固有値:0.40956 eV


LUMO


バンコマイシン(vancomycin)のLUMO(381) エネルギー固有値:3.58250 eV

HOMO-LUMO gap = 3.173 eV = 25591.5 cm-1 = 390.8 nm


POTMAP1


バンコマイシン(vancomycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


バンコマイシン(vancomycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


バンコマイシン(vancomycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


バンコマイシン(vancomycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)


tgs0001 at 13:50|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote 分子軌道 | 電子

抗生物質テラバンシン(telavancin, VIBATIV)の電子状態

F01


メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)を含むグラム陽性菌感染症に対する治療薬の候補である抗生物質、テラバンシン(telavancin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012


   :VIBATIV(telavancin)

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of telavancin(VIBATIV)(antibiotic drug, antibacterial agent)
- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

テラバンシン:3''-N-[2-(デシルアミノ)エチル]-29-(ジヒドロキシホスフィニルメチルアミノメチル)バンコマイシン

分子式:C80H106Cl2N11O27P

分子量:1755.63

CAS登録番号:372151-71-8

原子数:227

原子軌道数:478

サンプル点数:246,300

総電子数:928

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 塩素(Cl)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p
 リン(P)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d

以下に、テラバンシン(telavancin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


テラバンシン(telavancin)のHOMO(464) エネルギー固有値:0.25378 eV


LUMO


テラバンシン(telavancin)のLUMO(465) エネルギー固有値:3.33345 eV

HOMO-LUMO gap = 3.080 eV = 24839.2 cm-1 = 402.6 nm


POTMAP1


テラバンシン(telavancin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


テラバンシン(telavancin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3



テラバンシン(telavancin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4



テラバンシン(telavancin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。


もう抗生物質では治らない―猛威をふるう薬剤耐性菌
マイケル シュナイアソン
日本放送出版協会
2003-03









tgs0001 at 11:19|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote 分子軌道 | 電子

2013年11月26日

アデノシン三リン酸(ATP)の電子状態

F01


生体のエネルギー通貨、アデノシン三リン酸(Adenosine triphosphate)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考:有機化学美術館「プリン体の話」

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。


アデノシン三リン酸:adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate)

分子式:C10H16N5O13P3

分子量:507.18

CAS登録番号:56-65-5

原子数:47

原子軌道数:118

サンプル点数:981,400

総電子数:260

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p
 リン(P)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d

以下に、アデノシン三リン酸(Adenosine triphosphate)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


アデノシン三リン酸(Adenosine triphosphate)のHOMO(130) エネルギー固有値:0.13300 eV


LUMO


アデノシン三リン酸(Adenosine triphosphate)のLUMO(131) エネルギー固有値:3.44671 eV

HOMO-LUMO gap = 3.314 eV = 26726.9 cm-1 = 374.2 nm


tgs0001 at 18:36|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote 分子軌道 | 電子

肩こり・筋肉痛の薬、インドメタシンの電子状態

F01


非ステロイド系抗炎症剤、インドメタシン(indomethacin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考:有機化学美術館・分館「インドとインドメタシンのどうでもいい話」

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

インドメタシン:1-(4-クロロベンゾイル)-5-メトキシ-2-メチル-1-H-インドール-3-酢酸

分子式:C19H16ClNO4

分子量:357.793

CAS登録番号:53-86-1

原子数:41

原子軌道数:94

サンプル点数:1,245,600

総電子数:186

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 塩素(Cl)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、インドメタシン(indomethacin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


インドメタシン(indomethacin)のHOMO(93) エネルギー固有値:-0.16214 eV


LUMO


インドメタシン(indomethacin)のLUMO(94) エネルギー固有値:2.57599 eV

HOMO-LUMO gap = 2.738 eV = 22084.5 cm-1 = 452.8 nm


POTMAP


インドメタシン(indomethacin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。













































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お茶の渋み成分、ガレート型カテキンの電子状態

F01


エピガロカテキンガレート(茶カテキン)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考:伊藤園「ガレート型カテキン」とは?

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。


エピガロカテキンガレート:没食子酸エピガロカテキン(Epigallocatechin gallate)

分子式:C22H18O11

分子量:458.375

CAS登録番号:989-51-5

原子数:51

原子軌道数:117

サンプル点数:1,014,800

総電子数:238

使用した原子基底関数:
 炭素原子:1s, 2s, 2p
 水素原子:1s
 酸素原子:1s, 2s, 2p

以下に、没食子酸エピガロカテキン(Epigallocatechin gallate)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


没食子酸エピガロカテキン(Epigallocatechin gallate)のHOMO(119) エネルギー固有値:0.50318 eV


LUMO


没食子酸エピガロカテキン(Epigallocatechin gallate)のLUMO(120) エネルギー固有値:3.84294 eV

HOMO-LUMO gap = 3.340 eV = 26937 cm-1 = 371.2 nm


POTMAP



図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。




































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2013年11月25日

脳内神経伝達物質エンドルフィンの電子状態

F01


幸せを感じるという脳内神経伝達物質のβ−エンドルフィン(Beta-endorphin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。


分子量:3465.0

原子数:495

原子軌道数:986

サンプル点数:119,000 

総電子数:1,856

使用した原子基底関数:
 炭素原子:1s, 2s, 2p
 水素原子:1s
 窒素原子:1s, 2s, 2p
 酸素原子:1s, 2s, 2p
 硫黄原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d

以下に、β−エンドルフィン(Beta-endorphin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


β−エンドルフィン(Beta-endorphin)のHOMO(928) エネルギー固有値:0.92202 eV


LUMO


β−エンドルフィン(Beta-endorphin)のLUMO(929) エネルギー固有値:3.63219 eV

HOMO-LUMO gap = 2.710 eV = 457.5 nm

POTMAP1


β−エンドルフィン(Beta-endorphin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)


POTMAP5


β−エンドルフィン(Beta-endorphin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)を回転させてみました。 


POTMAP9


β−エンドルフィン(Beta-endorphin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)を、また違う方向から見たところ。


POTMAPl


β−エンドルフィン(Beta-endorphin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)を、さらに回転させてみたところ。

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。


快楽物質エンドルフィン
ジョエル・デイビス
青土社
1997-06



エンドルフィン―脳がつくるアヘン
C.F. レヴィンソール
地人書館
1992-01







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2013年11月16日

猛毒物質マイトトキシン(maitotoxin)の電子状態

F01


マイトトキシン(maitotoxin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

マイトトキシン(maitotoxin)は、タンパク質やペプチドなどの高分子を除き、構造式が判明している最大の天然有機化合物といわれます。 

参考:有機化学美術館・分館「最後の怪物・マイトトキシン攻略開始」 

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。


分子量:3425.9

原子数:492

原子軌道数:976

サンプル点数:120,000 

総電子数:1,838

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p
 硫黄(S)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d
 ナトリウム(Na)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d

以下に、マイトトキシン(maitotoxin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


マイトトキシン(maitotoxin)のHOMO(919) エネルギー固有値:0.39867 eV


LUMO


マイトトキシン(maitotoxin)のLUMO(920) エネルギー固有値:0.45418 eV


potmap


マイトトキシン(maitotoxin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)


potmap2


等電子密度曲面を完全に不透明にして描いてみました。


potmap3


マイトトキシン分子を少し回転させて、違った方向から静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)を描いてみました。


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2013年11月14日

カゼインホスホペプチド(casein phosphopeptide, CPP)の電子状態

F01


カゼインホスホペプチド(casein phosphopeptide, CPP)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of casein phosphopeptide(CPP)

分子量:3122.91

原子数:412

原子軌道数:848

サンプル点数:138,000 

総電子数:1,658

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p
 リン(P)元素:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d

以下に、カゼインホスホペプチド(casein phosphopeptide, CPP)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


カゼインホスホペプチド(casein phosphopeptide, CPP)のHOMO(829) エネルギー固有値:0.97445 eV


LUMO


カゼインホスホペプチド(casein phosphopeptide, CPP)のLUMO(830) エネルギー固有値:4.57413 eV

HOMO-LUMO gap = 3.600 eV = 29033.4 cm-1 = 344.4 nm

potmap


カゼインホスホペプチド(casein phosphopeptide, CPP)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)



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2013年11月11日

コエンザイムQ10の電子状態

F01


コエンザイムQ10(ユビキノン, Coenzyme Q10)の電子状態をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

参考:日本コエンザイムQ協会

Electronic Structure of Ubiquinone(Coenzyme Q10, CoQ10)
- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

分子式:C59H90O4

原子数:153

原子軌道数:279

サンプル点数:418,000 

総電子数:476

以下に、コエンザイムQ10(ユビキノンCoenzyme Q10, CoQ10)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


コエンザイムQ10(ユビキノンCoenzyme Q10, CoQ10)のHOMO(238) エネルギー固有値:-0.2830 eV


LUMO


コエンザイムQ10(ユビキノンCoenzyme Q10, CoQ10)のLUMO(239) エネルギー固有値:1.6003 eV

HOMO-LUMO gap = 1.883 eV = 15189.4 cm-1 = 658.4 nm


potmap


コエンザイムQ10(ユビキノンCoenzyme Q10, CoQ10)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)

図はVESTA Ver. 3.1.7 で描きました。















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2013年11月07日

DV-Xα法計算支援環境利用の手引きにおけるeduDVのモデル図を改訂

hajimete512


DV-Xα法計算支援環境 利用の手引きにおけるeduDVのモデル図(VESTAで描いた分子・イオン等の棒球表示図)を22種類、差し替えました。

DV-Xα法計算支援環境(含・eduDV, VESTA)利用の手引き
2013年11月7日(木)版 pdfファイル、全176ページ、17.3 MB


HidemaruDV.pdf(17.3 MB)

入れ替えた図を以下に紹介します。


a2


図1.システム名:a2(d8h2), D∞h対称, A2型の等核二原子分子(水素分子、窒素分子、酸素分子など)


ab


図2.システム名:ab(c8v11), C∞v対称, AB型の異核二原子分子(一酸化炭素分子、一酸化窒素分子、塩化水素分子など)


ab2


図3.システム名:ab2(d8h12), D∞h対称, AB2型の直線分子(二酸化炭素分子、二硫化炭素分子、二フッ化キセノン分子など)


a2b2


図4.システム名:a2b2(d8h22), D∞h対称, A2B2型の直線分子(アセチレン分子、ヨウ化水銀(I)分子など)


abc


図5.システム名:abc(c8v111), C∞v対称, ABC型の直線分子(シアン化水素分子、シアン化フッ素分子、シアン化塩素分子など)


abcd


図6.システム名:abcd(c8v1111), C∞v対称, ABCD型の直線分子(雷酸分子など)


c2v12


図7.システム名:c2v12, C2v対称, AB2型の折れ線分子(水分子、硫化水素分子、オゾン分子、二酸化硫黄分子、二酸化窒素分子など)


c3v13


図8.システム名:c3v13, C3v対称, AB3型の三角錐分子(アンモニア分子、ホスフィン分子、アルシン分子、スチビン分子など)


d2h24


図9.システム名:d2h24, D2h対称, A2B4型の分子(エチレン分子、テトラフルオロエチレン分子、テトラクロロエチレン分子、四酸化二窒素分子など)


d3d26


図10.システム名:d3d26, D3d対称, A2B6型(ねじれ型)の分子(エタン分子、ヘキサフルオロエタン分子など)


d3h13


図11.システム名:d3h13, D3h対称, AB3型の平面三角形分子(三フッ化ホウ素分子、三塩化ホウ素分子、三臭化ホウ素分子、三ヨウ化ホウ素分子など)


d4h14


図12.システム名:d4h14, D4h対称, AB4型の平面正方形イオン(テトラクロリド白金(II)酸イオン、テトラクロリドパラジウム(II)酸イオン、テトラクロリド金(III)酸イオンなど)


d6h66


図13.システム名:d6h66, D6h対称, A6B6型の平面正六角形分子(ベンゼン分子、ヘキサフルオロベンゼン分子、ヘキサクロロベンゼン分子、ヘキサブロモベンゼン分子、ヘキサヨードベンゼン分子など)


td14


図14.システム名:td14, Td対称, AB4型(正四面体型)の分子(メタン分子、四塩化炭素分子、シラン分子、ゲルマン分子、スタンナン分子など)


oh16


図15.システム名:oh16, Oh対称, AB6型(正八面体型)の分子(六フッ化硫黄分子、六フッ化モリブデン分子、六フッ化タングステン分子、六フッ化オスミウム分子、六フッ化ウラン分子、六フッ化プルトニウム分子など)


td144


図16.システム名:td144, Td対称, A(BC)4型(正四面体型)の分子(テトラカルボニルニッケル錯体など)


oh166


図17.システム名:oh166, Oh対称, A(BC)6型(正八面体型)の分子(ヘキサカルボニルクロム錯体、ヘキサカルボニルタングステン錯体、テトラカルボニルモリブデン錯体、テトラカルボニルバナジウム錯体など)


mh2o6


図18.システム名:mh2o6, D2h対称, M(H2O)6型のヘキサアクア錯陽イオン(ヘキサアクアコバルト(II)イオン、ヘキサアクアコバルト(III)イオン、ヘキサアクアニッケル(II)イオン、ヘキサアクア鉄(II)イオン、ヘキサアクア鉄(III)イオンなど)


ml4


図19.システム名:ml4, Td対称, [ML4]n-型(四配位正四面体型)錯イオン(テトラクロリドコバルト(II)酸イオン、テトラブロミドコバルト(II)酸イオン、テトラヨージドコバルト(II)酸イオンなど)


ml6


図20.システム名:ml6, Oh対称,  [ML6]n-型(六配位正八面体型)錯イオン(ヘキサフルオリドクロム(III)酸イオン、ヘキサクロリドクロム(III)酸イオン、ヘキサブロミドクロム(III)酸イオン、ヘキサヨージドクロム(III)酸イオンなど)


atom


図21.システム名:atom または ion, 対称軌道は使用せず, 現在は水素(H)からプルトニウム(Pu)まで対応(将来はレントゲニウム(Rg), コペルニシウム(Cn), フレロビウム(Fl), リバモリウム(Lv)まで対応予定)。

eduDVに関して、より分かりやすくなった「DV-Xα法計算支援環境 利用の手引き」をご利用下さい。


分子の対称と群論
中崎 昌雄
東京化学同人
1973-01



物質の対称性と群論
今野 豊彦
共立出版
2001-10









群論の化学への応用
F.Albert Cotton
丸善
1980-01

 




















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