塩素が含まれるもの調べ

独立行政法人科学技術振興機構(JST)が運営する「SciencePortal」(サイエンスポータル)の「科学教育」ページに本日(2013年12月24日)、「塩素が含まれるもの調べ（著・坂根弦太）」と題する記事が掲載されました。

JST Science Portal 「塩素が含まれるもの調べ」

有機化合物（プラスチックやラップなど）に、塩素などのハロゲン原子が含まれているのか否かを、100円ショップで買い集められる道具で、容易に検出できる実験方法を紹介したものです。

古くから知られている有機定性分析法の一つで、覚えておいて損は無い実験だと思います。

岡山理科大学理学部化学科の無機化学実験では、この「塩素が含まれるもの調べ」を受講者全員が体験しています。

改訂六版　分析化学便覧 [単行本]

丸善出版

2011-09-15

β-カロテン(β-carotene)の電子状態

ニンジンは英語でcarrot、ニンジンのオレンジ色の原因色素カロテン(carotene)はcarrotが語源です。

中でも豊富に含まれているのがβ-カロテン(β-carotene)、ビタミンAの前駆体でもあるこのβ-カロテン(β-carotene)が、炭素と水素のみからできている炭化水素だってご存知でしたでしょうか。

今回は、β-カロテン(β-carotene)の電子状態（分子軌道）をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考：野菜の周期表

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」（講談社ブルーバックス, 2007年）の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of β-carotene

- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

β-カロテン(β-carotene): 1,3,3-Trimethyl-2-[3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl)octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl]cyclohex-1-ene

分子式：C₄₀H₅₆

分子量：536.87

CAS登録番号：7235-40-7

原子数：93

原子軌道数：171

サンプル点数：680,000

総電子数：288

使用した原子基底関数：

　炭素(C)原子：1s, 2s, 2p

　水素(H)原子：1s

以下に、β-カロテン(β-carotene)の最高被占軌道の一つ下の分子軌道(HOMO-1)、最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、最低空軌道の一つ上の分子軌道(LUMO+1)、静電ポテンシャルマップ（Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの）などを示します。

β-カロテン(β-carotene)のHOMO-1(143) エネルギー固有値：-0.82129 eV

β-カロテン(β-carotene)のHOMO-1(143) エネルギー固有値：-0.82129 eV
（複数の等値表面を同時表示したもの）




β-カロテン(β-carotene)のHOMO(144) エネルギー固有値：-0.22399 eV





β-カロテン(β-carotene)のHOMO(144) エネルギー固有値：-0.22399 eV
（複数の等値表面を同時表示したもの）




β-カロテン(β-carotene)のLUMO(145) エネルギー固有値：2.07948 eV





β-カロテン(β-carotene)のLUMO(145) エネルギー固有値：2.07948 eV
（複数の等値表面を同時表示したもの）




β-カロテン(β-carotene)のLUMO+1(146) エネルギー固有値：2.82823 eV





β-カロテン(β-carotene)のLUMO+1(146) エネルギー固有値：2.82823 eV
（複数の等値表面を同時表示したもの）

HOMO  -  LUMO gap = 2.303 eV = 18578.7 cm^-1 = 538.2 nm

HOMO-1 - LUMO gap = 2.901 eV = 23396.3 cm^-1 = 427.4 nm

HOMO - LUMO+1 gap = 3.052 eV = 24617.8 cm^-1 = 406.2 nm

β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)





β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)





β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)





β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)





β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(5)





β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(6)





β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(7)





β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(8)





β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(9)





β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(10)





β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(11)





β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(12)





β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(13)





β-カロテン(β-carotene)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの。





β-カロテン(β-carotene)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの（分子の棒球モデル表示を消去）。





β-カロテン(β-carotene)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの（複数の炭素が乗っている平面で切断）。





β-カロテン(β-carotene)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの（複数の炭素が乗っている平面で切断）。





β-カロテン(β-carotene)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの（複数の炭素が乗っている平面で切断）。

全ての図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。

ネイチャーメイド ベータカロテン 77301 140粒 [ヘルスケア&ケア用品]

大塚製薬

ニンジン　タキイ交配　Ｄｒ.カロテン５　タキイのニンジン種です [その他]

タキイ種苗

ヘルシーワン βカロテン（ベータカロテン） [ヘルスケア&ケア用品]

株式会社美高商事

いいことずくめの　にんじんレシピ (角川SSC) [Kindle版]

石原 結實

KADOKAWA / 角川マガジンズ

2013-10-24

Biological Effects of B-Carotene (Nutrition and Diet Research Progress) [ペーパーバック]

Rosa Martha Perez Gutierrez

Nova Science Pub Inc

2010-07

DVD-ROM付 パソコンで見る動く分子事典 Windows Vista対応版―分子の三次元構造が見える・わかる (ブルーバックス) [新書]

本間 善夫

講談社

2007-09-21

化合物の元素分析結果を考察するためのエクセルファイル

新しい化合物（結晶）を合成した場合、どのような元素がどれぐらい含まれているのかを調べるために、元素分析を行います。

錯体の場合は、金属イオン＋（架橋原子）＋配位子＋結晶溶媒となっている場合が多く、特に結晶溶媒の数については、単結晶Ｘ線構造解析の結果からは一義的に決まらないため、通常は元素（炭素、水素、窒素、硫黄、できれば金属元素）分析および比重（密度）を調べ、結晶溶媒の数を最終的に確定します。

実験で得られた元素分析結果（および比重）と、単結晶Ｘ線構造解析で求めた単位格子の体積とＺ値を合い照らし、結晶溶媒の数を検討するときに便利なエクセルファイルを一般公開しています。

錯体用（錯体以外も可）元素分析考察テーブルccCHNS


これは私が大学院生(M2)のころ（1992年）、私自身や後輩たちの必要に迫られて、私が作成したものです。

当時はNECかEPSONのPC-9800シリーズのパソコン(OSはMS-DOS)にLotus 1-2-3 という表計算ソフトをインストールし、そこでこの元素分析考察テーブルを作成しました。

まだWindowsが世間一般に普及する前（普及したのは、Windows 95）で、ワードプロセッサーといえばジャストシステムの一太郎、表計算と言えばLouts 1-2-3という時代でした。

その後、Windows 95が発売された1995年に、この元素分析考察テーブルをExcelに移植（いわゆるDOS/Vパソコン）、IUPACが公表する原子量の値が変更されるたびにアップデートを繰り返し、現在に至ります。

今回は、IUPACの2013年原子量表の値にデータをアップデートしました。

このIUPACの2013年原子量表では、水素、リチウム、ホウ素、炭素、窒素、酸素、マグネシウム、ケイ素、硫黄、塩素、臭素、タリウムについては、試料によって同位体組成に変動があるとして、原子量が変動幅（最小値〜最大値）で示されています。

しかし、この最小値〜最大値というデータでは、元素分析考察テーブルの中で化合物の分子量（式量）が一義的に求まらないために、支障をきたします。

幸い、IUPACの2013年原子量表では、原子量に変動幅がある元素の原子量も、意味のある有効数字の範囲でえいやっと言う原子量が記載してあるので、元素分析考察テーブルではその値を利用しています（ただし、原子量の不確かさはなし）。

教育、研究目的に、この元素分析考察テーブルをご活用いただければ幸甚です。

元素の分析 (試料分析講座) [単行本]

丸善出版

2011-11-26

元素図鑑イン・アクション（世界一迫力ある化学実験動画集）

iPadかiPhoneで、「元素図鑑」アプリを使っておられる方に朗報です。

元素の単体に関する迫力ある化学実験動画集のアプリ「元素図鑑イン・アクション」がダウンロード、購入できるようになりました。

価格は400円です。

この「元素図鑑イン・アクション」は単独でも使えますが、あの有名な「元素図鑑」のアプリと一緒に使うことをお勧めします。

両方のアプリをインストールすると、自動的にアプリ同士がリンクし、「元素図鑑」で元素をオブジェクトとしてじっくり眺めたり、続編の「元素図鑑イン・アクション」で動く映像を観たりを、自由に行き来しながら楽しめます。

下記書籍「ケミストを魅了した元素と周期表」では、タブレット端末で楽しめる周期表として、元素図鑑アプリを紹介しましたが、もし「元素図鑑イン・アクション」が世の中に出ていれば、絶対に追加で紹介していたと思います。

小学校、中学校、高等学校の理科・化学の授業でも、iPadかiPhoneをプロジェクターや大画面に接続して、この「元素図鑑イン・アクション」を児童・生徒に見せたら、周期表、元素、化学、理科が好きになる人が続出すると思います。

学校現場でタブレット端末を使う事例が増えてきていますが、「元素図鑑」および「元素図鑑イン・アクション」をインストールして使うことが出来たら素晴らしいですね。

迫力の化学実験動画（７９本！）は、大学の施設でも実現できないような素晴らしいものが多く、大学での講義でも活用できると思います。

別冊化学 ケミストを魅了した元素と周期表~よりマニアックな楽しみ方~ 2013年 05月号 [雑誌] [雑誌]

化学同人

2013-04-17

 

クロロフィル(chlorophyll)の電子状態

植物が緑色である原因物質で、植物の光合成において太陽光のエネルギーを吸収している色素クロロフィル(chlorophyll)、そう、葉緑素のことです。

今回は、クロロフィルa(chlorophyll a)の電子状態（分子軌道）をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。





参考：クロロフィルのTシャツ(Chlorophyll Women's Pink T-Shirt)

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」（講談社ブルーバックス, 2007年）の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of chlorophyll a

- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

クロロフィルa(chlorophyll a)

SMILES:CCC1=C(C2=NC1=CC3=C(C4=C([N-]3)C(=C5[C@H]([C@@H](C(=N5)C=C6C(=C(C(=C2)[N-]6) C=C)C)C)CCC(=O)OC/C=C(\C)/CCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C)C(C4=O)C(=O)OC)C)C.[Mg+2]

分子式：C₅₅H₇₂MgN₄O₅

分子量：893.49

CAS登録番号：479-61-8

原子数：137

原子軌道数：270

サンプル点数：433,000

総電子数：482

使用した原子基底関数：

　炭素(C)原子：1s, 2s, 2p

　水素(H)原子：1s

　マグネシウム(Mg)原子：1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d

　窒素(N)原子：1s, 2s, 2p

　酸素(O)原子：1s, 2s, 2p

以下に、クロロフィルa(chlorophyll a)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ（Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの）を示します。

クロロフィルa(chlorophyll a)のHOMO(241) エネルギー固有値：-0.01119 eV

クロロフィルa(chlorophyll a)のLUMO(242) エネルギー固有値：1.60445 eV

HOMO-LUMO gap = 1.616 eV = 13031.0 cm^-1 = 767.4 nm





クロロフィルa(chlorophyll a)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)





クロロフィルa(chlorophyll a)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)





クロロフィルa(chlorophyll a)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)





クロロフィルa(chlorophyll a)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)





クロロフィルa(chlorophyll a)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(5)





クロロフィルa(chlorophyll a)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(6)





クロロフィルa(chlorophyll a)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの（MgN₄を含む平面で切断, VESTAではこのように任意の平面で簡単に切断できます）。





30°回転させて、斜めから切断面を観察してみました。

全ての図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。

ナチュラルペットフーズ 葉緑素８０ｇ [その他]

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オリヒロ クロレラDX1600(細胞壁破砕クロレラ配合) 1600粒 [ヘルスケア&ケア用品]

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2008-01-07

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2011-03-29

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2010-11

DVD-ROM付 パソコンで見る動く分子事典 Windows Vista対応版―分子の三次元構造が見える・わかる (ブルーバックス) [新書]

本間 善夫

講談社

2007-09-21

サリチル酸メチル(methyl salicylate)の電子状態

特有の強い芳香がある無色の液体で、菓子やチューインガム、歯磨き粉などの香料として用いられるほか、筋肉などの炎症を抑えるための鎮痛用外用塗布剤（湿布薬）に用いられているサリチル酸メチル(methyl salicylate)の電子状態（分子軌道）をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

ウィンターグリーン(wintergreen)（学名：Gaultheria procumbens）という植物のエッセンシャルオイルは冬緑油(wintergreen oil)と呼ばれ、その主成分はサリチル酸メチル(methyl salicylate)です。

岡山理科大学理学部化学科の無機化学実験では、この冬緑油(wintergreen oil)を含んでいるアメ(Wint-O-Green Life Savers)のトライボルミネッセンス（摩擦発光, triboluminescence）に関する実験を行っています。 

スクロース(sucrose)のトライボルミネッセンス（摩擦発光）、サリチル酸メチルのフォトルミネッセンス（光発光）、サリチル酸メチルの塩化鉄(III)(iron(III) chloride)による呈色反応（赤紫色）などが体験できる人気の実験です。

参考文献：

• Linda Marie Sweeting, "Scientific Experiments at Home: Wintergreen Candy and Other Triboluminescent Materials"
• Linda Marie Sweeting, "Light Your Candy", ChemMatters, 8(3), 10-12 (1990).
• J. T. Dickinson, L. B. Brix, L. C. Jensen, "Electron and Positive Ion Emission Accompanying Fracture of Wint-O-Green Lifesavers and Single Crystal Sucrose", Journal of Physical Chemistry, 88(9), 1698-1701 (1984). 

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」（講談社ブルーバックス, 2007年）の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of Methyl Salicylate

- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

サリチル酸メチル(methyl salicylate):methyl 2-hydroxybenzoate

分子式：C₈H₈O₃

分子量：152.1494

CAS登録番号：119-36-8

原子数：19

原子軌道数：41

サンプル点数：2,840,000

総電子数：80

使用した原子基底関数：

　炭素(C)原子：1s, 2s, 2p

　水素(H)原子：1s

　酸素(O)原子：1s, 2s, 2p

以下に、サリチル酸メチル(methyl salicylate)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ（Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの）を示します。





サリチル酸メチル(methyl salicylate)のHOMO(40) エネルギー固有値：-0.04277 eV

サリチル酸メチル(methyl salicylate)のLUMO(41) エネルギー固有値：3.40225 eV

HOMO-LUMO gap = 3.445 eV = 27785.9 cm^-1 = 359.9 nm





サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)





サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)





サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)





サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)





サリチル酸メチル(methyl salicylate)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの（X-Y平面で切断）。

サリチル酸メチル(methyl salicylate)には、分子内に水素結合があります。

フェノールのオルト位のメチルエステル基は炭素−炭素結合軸で自由に回転できるので、分子内水素結合を考えると、もう一つの構造が想定されます。





この形でも、それなりに安定そうです。

本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」（講談社ブルーバックス, 2007年）の添付DVD-ROMには、この分子内水素結合を考慮した２種類のサリチル酸メチル(methyl salicylate)の座標が入っています。

「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」に入っていたこの原子座標でも、DV-Xα法計算支援環境でサリチル酸メチル(methyl salicylate)の電子状態を計算してみました。

原子数：19

原子軌道数：41

サンプル点数：2,840,000

総電子数：80

使用した原子基底関数：

　炭素(C)原子：1s, 2s, 2p

　水素(H)原子：1s

　酸素(O)原子：1s, 2s, 2p

以下に、サリチル酸メチル(methyl salicylate)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ（Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの）を示します。





サリチル酸メチル(methyl salicylate)のHOMO(40) エネルギー固有値：0.07397 eV

サリチル酸メチル(methyl salicylate)のLUMO(41) エネルギー固有値：3.27327 eV

HOMO-LUMO gap = 3.199 eV = 25804.1 cm^-1 = 387.5 nm

 

サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)





サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)





サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)





サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)





サリチル酸メチル(methyl salicylate)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの（X-Y平面で切断）。

全ての図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。

【第3類医薬品】サロンパスAe中判 40枚 [ヘルスケア&ケア用品]

久光製薬

1997-12-01

リステリン　オリジナル ×2 [ヘルスケア&ケア用品]

Ｊ＆Ｊ

Articles on Salicylates, Including: Aspirin, Methyl Salicylate, Bismuth Subsalicylate, Trolamine Salicylate, Ethyl Salicylate, Octyl Salicylate, Homos [ペーパーバック]

Hephaestus Books

2011-08-31

Articles on Methyl Esters, Including: Cocaine, Methylphenidate, Clopidogrel, Methyl Salicylate, Dexmethylphenidate, Methyl Formate, Methyl Acetate, Me [ペーパーバック]

Hephaestus Books

2011-08-31

DVD-ROM付 パソコンで見る動く分子事典 Windows Vista対応版―分子の三次元構造が見える・わかる (ブルーバックス) [新書]

本間 善夫

講談社

2007-09-21

アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid)の電子状態

解熱性鎮痛薬のアセチルサリチル酸, acetylsalicylic acid（アスピリン, Aspirin）の電子状態（分子軌道）をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考：アスピリンのＴシャツ(Aspirin T-Shirts)

• cafepress
• chemicalshirts

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」（講談社ブルーバックス, 2007年）の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of Aspirin

- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin):2-acetoxybenzoic acid

分子式：C₉H₈O₄

分子量：180.157

CAS登録番号：50-78-2

原子数：21

原子軌道数：47

サンプル点数：2,490,000

総電子数：94

使用した原子基底関数：

　炭素(C)原子：1s, 2s, 2p

　水素(H)原子：1s

　酸素(O)原子：1s, 2s, 2p

以下に、アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ（Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの）を示します。

アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)のHOMO(47) エネルギー固有値：0.33197 eV





アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)のLUMO(48) エネルギー固有値：3.24345 eV

HOMO-LUMO gap = 2.911 eV = 23482.7 cm^-1 = 425.8 nm





アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)






アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)






アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)






アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)





アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)の等電子密度表面を、isosurface level を変えて、複数重ね書きしてみました（X-Y面で切断）。

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。

【指定第2類医薬品】バイエルアスピリン 30錠 [ヘルスケア&ケア用品]

佐藤製薬

2008-10-01

超薬アスピリン―スーパードラッグへの道 (平凡社新書) [新書]

平沢 正夫

平凡社

2001-09

【指定第2類医薬品】バファリンA 80錠 [ヘルスケア&ケア用品]

ライオン

2000-09-13

臨床現場におけるアスピリン使用の実際―古くて新しい奥深い薬をいかに使用すべきか [単行本]

南江堂

2006-10

アスピリン企業戦争―薬の王様100年の軌跡 [単行本]

チャールズ・C. マン

ダイヤモンド社

1994-01

超薬アスピリンで成人病を防ぐ [単行本]

平沢 正夫

草思社

1995-02

アスピリンの恋―太宰治 [iz ART BOOKS] [単行本（ソフトカバー）]

太宰 治

飯塚書店

2007-07-21

Aspirin [ペーパーバック]

Jesse Russell

Book on Demand Ltd.

2013-01-28

Aspirin [ペーパーバック]

Fastbook Publishing

2012-05

Aspirin [ペーパーバック]

DVD-ROM付 パソコンで見る動く分子事典 Windows Vista対応版―分子の三次元構造が見える・わかる (ブルーバックス) [新書]

本間 善夫

講談社

2007-09-21

トリニトロトルエン(trinitrotoluene)の電子状態

火薬に使われるトリニトロトルエン(trinitrotoluene, TNT)の電子状態（分子軌道）をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」（講談社ブルーバックス, 2007年）の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of trinitrotoluene

- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

トリニトロトルエン(trinitrotoluene):2-methyl-1,3,5-trinitrobenzene

分子式：C₇H₅N₃O₆

分子量：227.13

CAS登録番号：118-96-7

原子数：21

原子軌道数：53

サンプル点数：2,246,000

総電子数：116

使用した原子基底関数：

　炭素(C)原子：1s, 2s, 2p

　水素(H)原子：1s

　窒素(N)原子：1s, 2s, 2p

　酸素(O)原子：1s, 2s, 2p

以下に、トリニトロトルエン(trinitrotoluene)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ（Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの）を示します。

トリニトロトルエン(trinitrotoluene)のHOMO(58) エネルギー固有値：-0.21271 eV

トリニトロトルエン(trinitrotoluene)のLUMO(59) エネルギー固有値：2.12975 eV

HOMO-LUMO gap = 2.342 eV = 18893.2 cm^-1 = 529.3 nm

トリニトロトルエン(trinitrotoluene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)





トリニトロトルエン(trinitrotoluene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)





トリニトロトルエン(trinitrotoluene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)






トリニトロトルエン(trinitrotoluene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。

TNT [ペーパーバック]

Trinitrotoluene [ペーパーバック]

Betascript Publishers

2009-12

TNT; Trinitrotoluenes and Mono- and Dinitrotoluenes [ペーパーバック]

G. Carlton Smith

BiblioBazaar

2009-11-22

TNT; trinitrotoluenes and mono- and dinitrotoluenes, their manufacture and properties [ペーパーバック]

G Carlton Smith

Ulan Press

2012-08-31

TNT; Trinitrotoluenes and Mono- And Dinitrotoluenes, Their Manufacture and Properties [ペーパーバック]

G. Carlton Smith

Rarebooksclub.com

2012-05-16

TNT: Trinitrotoluenes and Mono and Dinitrotoluenes: Their Manufacture and Properties (1918) [ハードカバー]

G. Carlton Smith

Kessinger Publishing

2008-06-02

TNT; Trinitrotoluenes and Mono- And Dinitrotoluenes [ハードカバー]

G. Carlton Smith

BiblioLife

2009-11-20

TNT; Trinitrotoluenes and Mono- And Dinitrotoluenes [ペーパーバック]

G. Carlton Smith

BiblioLife

2009-11-22

TNT: Trinitrotoluenes and Mono- And Dinitrotoluenes, Their Manufacture and Properties [ペーパーバック]

G. Carlton Smith

Nabu Press

2010-03-09

火薬学の基礎 [単行本]

久保田 浪之介

日刊工業新聞社

2013-07-24

火薬と爆薬の化学 [単行本]

テニー デービス

東海大学出版会

2006-03

火薬工学 [単行本]

佐々 宏一

森北出版

2001-07

火薬学概論 [単行本]

中原 正二

産業図書

1983-07

火薬分析ハンドブック―エネルギー物質への展開 [単行本]

丸善

2002-09

火薬ケミストリー―化学安全へのアプローチ [単行本]

長田 英世

丸善

2003-11

DVD-ROM付 パソコンで見る動く分子事典 Windows Vista対応版―分子の三次元構造が見える・わかる (ブルーバックス) [新書]

本間 善夫

講談社

2007-09-21

オキシトシン(oxytocin)の電子状態

オキシトシン(oxytocin)の電子状態（分子軌道）をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考：オキシトシンのネックレス(oxytocin necklace)
　　　 ecosci.jp（生活環境化学の部屋）オキシトシン

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」（講談社ブルーバックス, 2007年）の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of oxytocin

- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

オキシトシン(oxytocin):1-({(4R,7S,10S,13S,16S,19R)-19-amino-7-(2-amino-2-oxoethyl)-10-(3-amino-3-oxopropyl)-16-(4-hydroxybenzoyl)-13-[(1S)-1-methylpropyl]-6,9,12,15,18-pentaoxo-1,2-dithia-5,8,11,14,17-pentaazacycloicosan-4-yl}carbonyl)-L-prolyl-L-leucylglycinamide

分子式：C₄₃H₆₆N₁₂O₁₂S₂

分子量：1007.19

CAS登録番号：50-56-6

原子数：135

原子軌道数：279

サンプル点数：420,400

総電子数：536

使用した原子基底関数：

　炭素(C)原子：1s, 2s, 2p

　水素(H)原子：1s

　窒素(N)原子：1s, 2s, 2p

　酸素(O)原子：1s, 2s, 2p

　硫黄(S)原子：1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d

以下に、オキシトシン(oxytocin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ（Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの）を示します。





オキシトシン(oxytocin)のHOMO(268) エネルギー固有値：0.52551 eV

オキシトシン(oxytocin)のLUMO(269) エネルギー固有値：3.72057 eV

HOMO-LUMO gap = 3.195 eV = 25769.9 cm^-1 = 388.0 nm





オキシトシン(oxytocin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)





オキシトシン(oxytocin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)





オキシトシン(oxytocin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)





オキシトシン(oxytocin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。

オキシトシン―私たちのからだがつくる安らぎの物質 [単行本]

シャスティン・ウヴネース・モベリ

晶文社

2008-10-30

経済は「競争」では繁栄しない――信頼ホルモン「オキシトシン」が解き明かす愛と共感の神経経済学 [単行本]

ポール・J・ザック

ダイヤモンド社

2013-06-28

「会社帰りに一杯」の習慣は大正解だった ~癒しの脳内物質・オキシトシンが心を満たす~ (マイナビ新書) [新書]

有田 秀穂

マイナビ

2012-08-23

Oxytocin: Volume 1 [Kindle版]

Kenneth Stoller

Dream Treader Press

2012-08-09

The Hormone of Closeness: the role of oxytocin in relationships [Kindle版]

Kerstin Uvnas Moberg

Pinter & Martin

2013-05-19

Oxytocin [ペーパーバック]

Oxytocin [ペーパーバック]

Book on Demand Ltd.

2013-01-15

The Oxytocin Opera [Kindle版]

Bret Hoveskeland

2013-05-07

Oxytocin, Vasopressin and Related Peptides in the Regulation of Behavior [Kindle版]

Cambridge University Press

2013-05-10

Oxytocin (Original) [MP3 ダウンロード]

Foundation Records

2009-03-09

Oxytocin [CD]

Snowglobe

Makeshift Music

2009-04-14

Oxytocin [ハードカバー]

John S. Roberts

1983-04

フォト ジグソー パズル of Oxytocin hormone crystals from Science フォト Library [おもちゃ＆ホビー]

Media Storehouse

Vasopressin and Oxytocin: From Genes to Clinical Applications, Volume 139 (Progress in Brain Research) [Kindle版]

D. Poulain

Elsevier Science

2002-10-01

The Oxytocin Women [Kindle版]

ignacio sanabria

2010-12-14

Oxytocin Parenting [Kindle版]

Susan Kuchinskas

2012-05-08

Oxytocin Factor: With a New Foreword: Tapping the Hormone of Calm, Love and Healing [ペーパーバック]

Kerstin Uvnas-Moberg

Pinter & Martin Ltd

2011-04-01

Roles of Vasopressin and Oxytocin in Memory Processing, Volume 50 (Advances in Pharmacology) [Kindle版]

Barbara McEwen

Academic Press

2004-08-30

Vasopressin and Oxytocin: Molecular, Cellular, and Clinical Advances (Advances in Experimental Medicine and Biology) [ペーパーバック]

Springer

1998-10-31

The Chemistry of Connection: How the Oxytocin Response Can Help You Find Trust, Intimacy, and Love [Kindle版]

Susan Kuchinskas

New Harbinger Publications

2009-04-02

Neurobiology of Oxytocin (Current Topics in Neuroendocrinology) [ペーパーバック]

Springer-Verlag Berlin Heidelberg

2011-12-06

Love It [CD]

Oxytocin

CD Baby.Com/Indys

2004-09-14

Meet Your Happy Chemicals: Dopamine, Endorphin, Oxytocin, Serotonin [Kindle版]

Loretta Graziano Breuning

CreateSpace Independent Publishing Platform

2012-02-14

The Oxytocin Factor: Tapping The Hormone Of Calm, Love, And Healing [ハードカバー]

Kerstin Uvnas Moberg

Da Capo Press

2003-09-16

Chemically Enhanced Trust: Potential Law Enforcement and Military Applications for Oxytocin [Kindle版]

David R. Dethlefs

2012-04-12

Roles of Vasopressin and Oxytocin in Memory Processing, Volume 50 (Advances in Pharmacology) [ハードカバー]

Barbara McEwen

Academic Press

2004-09-13

Oxytocin: Cellular and Molecular Approaches in Medicine and Research (Advances in Experimental Medicine and Biology) [ハードカバー]

Plenum Pub Corp

1996-04

DVD-ROM付 パソコンで見る動く分子事典 Windows Vista対応版―分子の三次元構造が見える・わかる (ブルーバックス) [新書]

本間 善夫

講談社

2007-09-21

ルブレン(rubrene)の電子状態

ルブレン(rubrene)の電子状態（分子軌道）をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」（講談社ブルーバックス, 2007年）の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of rubrene

- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

ルブレン(rubrene):5,6,11,12-テトラフェニルテトラセン

分子式：C₄₂H₂₈

分子量：532.7

CAS登録番号：517-51-1

原子数：70

原子軌道数：154

サンプル点数：771,300

総電子数：280

使用した原子基底関数：

　炭素(C)原子：1s, 2s, 2p

　水素(H)原子：1s

以下に、ルブレン(rubrene)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ（Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの）を示します。





ルブレン(rubrene)のHOMO(140) エネルギー固有値：-0.15777 eV

ルブレン(rubrene)のLUMO(141) エネルギー固有値：1.79995 eV

HOMO-LUMO gap = 1.958 eV = 15790.1 cm^-1 = 633.3 nm





ルブレン(rubrene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)





ルブレン(rubrene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)





ルブレン(rubrene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)





ルブレン(rubrene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。

Interface Controlled Organic Thin Films (Springer Proceedings in Physics) [ペーパーバック]

Springer

2010-10-19

Physics of Organic Semiconductors [ハードカバー]

Wiley-VCH

2012-12-26

Organic Field-Effect Transistors (Optical Science and Engineering) [ハードカバー]

CRC Press

2007-05-17

Electrogenerated Chemiluminescence (Monographs in Electroanalytical Chemistry and Electrochemistry Series) [ハードカバー]

CRC Press

2004-07-20

Chemiluminescence in Organic Chemistry (Reactivity and Structure: Concepts in Organic Chemistry) [ペーパーバック]

Karl-Dietrich Gundermann

Springer-Verlag

2011-11-20

Organic Electronics: Materials, Processing, Devices and Applications [ハードカバー]

CRC Press

2009-11-24

有機半導体のデバイス物性 (KS物理専門書) [単行本（ソフトカバー）]

講談社

2012-03-22

有機半導体デバイス—基礎から最先端材料・デバイスまで— [単行本（ソフトカバー）]

オーム社

2010-10-28

有機エレクトロニクス入門 [単行本]

筒井 哲夫

日刊工業新聞社

2012-02

有機ELディスプレイ概論(第2版)―基礎から応用まで [単行本]

辻村隆俊

産業図書

2012-12-15

有機半導体の展開 (CMCテクニカルライブラリー) [単行本]

シーエムシー出版

2008-10

有機導電体の化学―半導体、金属、超伝導体 (シリーズ 有機化学の探検) [単行本]

斎藤 軍治

丸善

2003-06

進化する有機半導体―有機エレクトロニクス創成へ向けた光・電子機能デバイスへの応用最前線 [単行本]

エヌ・ティー・エス

2006-03

DVD-ROM付 パソコンで見る動く分子事典 Windows Vista対応版―分子の三次元構造が見える・わかる (ブルーバックス) [新書]

本間 善夫

講談社

2007-09-21

ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin)の電子状態

ウミホタル(sea firefly)(学名：vargula hilgendorfii)は海中で、刺激を受けると青色に光ります。シュプリジナルシフェラーゼ(cypridina luciferase)という酵素が触媒となって、酸化することによって光るのは、ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin), ヴァルグリン(vargulin), ヴァルグラルシフェリン(vargula luciferin)などと呼ばれるルシフェリン(luciferin)の一種です。

今回は、ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の電子状態（分子軌道）をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」（講談社ブルーバックス, 2007年）の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of cypridina luciferin (sea firefly luciferin, vargulin, vargula luciferin)

- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin):2-[3-[2-[(2S)-butan-2-yl]-6-(1H-indol-3-yl)-3-oxo-7H-imidazo[2, 1-c]pyrazin-8-yl]propyl]guanidine

分子式：C₂₂H₂₇N₇O

分子量：405.496

CAS登録番号：7273-34-9

原子数：57

原子軌道数：117

サンプル点数：1,003,000

総電子数：216

使用した原子基底関数：

　炭素(C)原子：1s, 2s, 2p

　水素(H)原子：1s

　窒素(N)原子：1s, 2s, 2p

　酸素(O)原子：1s, 2s, 2p

以下に、ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ（Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの）を示します。

ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)のHOMO(108) エネルギー固有値：1.56448 eV

ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)のLUMO(109) エネルギー固有値：3.30426 eV

HOMO-LUMO gap = 1.740 eV = 14032.3 cm^-1 = 712.6 nm

ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)





ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)





ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)





ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。

ウミホタルの歌―ジュニア・サイエンス [単行本]

武中 豊

新風舎

2006-08

砂浜・干潟の生きものの飼いかた―カニ・ウミホタル・クラゲほか (飼ってみよう!海べの生きもの) [大型本]

松久保 晃作

偕成社

2000-07

海蛍の光―地球生物学にむけて (ちくまプリマーブックス) [単行本]

阿部 勝巳

筑摩書房

1994-03

発光生物のふしぎ 光るしくみの解明から生命科学最前線まで (サイエンス・アイ新書) [新書]

近江谷 克裕

ソフトバンククリエイティブ

2009-02-17

アズワン 生物化学発光測定装置ＢＬＲ−４００ 2-8940-01 [その他]

アズワン

Bioluminescence: Chemical Principles And Methods [ハードカバー]

Osamu Shimomura

World Scientific Pub Co Inc

2006-09-30

DVD-ROM付 パソコンで見る動く分子事典 Windows Vista対応版―分子の三次元構造が見える・わかる (ブルーバックス) [新書]

本間 善夫

講談社

2007-09-21

DV-Xα法計算支援環境利用の手引きを小改訂

DV-Xα法計算支援環境利用の手引き(176頁, 17.4 MB)を小改訂しました。

DV-Xα法のための統合支援環境（DV-Xα法本体プログラム, displatプログラム群, DV-Xα法計算支援環境(秀丸マクロ集), 秀丸エディタ, OpenBabel, 教育用分子軌道計算システムeduDV(Auto-eduDV機能実装版), 三次元可視化システムVESTA）全般が使いこなせるよう、解説されています。

Advances in Quantum Chemistry, Volume 42: DV-Xa for advanced nano materials and other interesting topics in materials science [ハードカバー]

Academic Press

2003-01-13

DV-Xa for Atomic Spectroscopy and Materials Science, Volume 37 (Advances in Quantum Chemistry) [ハードカバー]

Academic Press

2000-10-15

Advances in Quantum Chemistry, Volume 54: DV-Xa for Industrial-Academic Cooperation [ハードカバー]

Academic Press

2008-03-26

Hartree-Fock-Slater Method for Materials Science (Springer Series in Materials Science) [ハードカバー]

Springer

2006-01-30

あの元素は何の役に立っているのか？

宝島社から2013年12月9日に新書「あの元素は何の役に立っているのか？」が発売されます。

坂根も執筆者（11名）の一人として、原稿を書きました(p. 59-64, p. 79-85)。

あの元素は何の役に立っているのか? (宝島社新書) [新書]

左巻健男

宝島社

2013-12-09

 

抗生物質α-アボパルシン(α-avoparcin)の電子状態

牛、豚、鶏の飼料効率の改善を目的に飼料添加されていたグリコペプチド系抗生物質アボパルシン(avoparcin)。

アボパルシン(avoparcin)を摂取していた動物からグリコペプチド系抗生物質耐性の腸球菌が発見され、バンコマイシンも同系統に属する抗生物質であるため、この耐性腸球菌の食物連鎖を通じたヒトの健康に対する懸念（バンコマイシン耐性腸球菌に感染する懸念）から、現在は多くの国で、飼料添加物としての使用が禁止されています。

アボパルシン(avoparcin)は、α-アボパルシン(α-avoparcin)とβ-アボパルシン(β-avoparcin)の混合物です。

今回は、α-アボパルシン(α-avoparcin)の電子状態（分子軌道）をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。





参考：抗生物質分子データ集（Jmol版） - 生活環境化学の部屋

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」（講談社ブルーバックス, 2007年）の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of minocycline

- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

α-アボパルシン(α-avoparcin)

分子式：C₈₉H₁₀₂ClN₉O₃₆

分子量：1909.28

CAS登録番号：73957-86-5

原子数：237

原子軌道数：510

サンプル点数：232,900

総電子数：1,004

使用した原子基底関数：

　炭素(C)原子：1s, 2s, 2p

　水素(H)原子：1s

　塩素(Cl)原子：1s, 2s, 2p, 3s, 3p

　窒素(N)原子：1s, 2s, 2p

　酸素(O)原子：1s, 2s, 2p

以下に、α-アボパルシン(α-avoparcin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ（Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの）を示します。

α-アボパルシン(α-avoparcin)のHOMO(502) エネルギー固有値：0.50046 eV

α-アボパルシン(α-avoparcin)のLUMO(503) エネルギー固有値：3.43730 eV

HOMO-LUMO gap = 2.937 eV = 23687.2 cm^-1 = 422.2 nm

α-アボパルシン(α-avoparcin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)





α-アボパルシン(α-avoparcin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)





α-アボパルシン(α-avoparcin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)





α-アボパルシン(α-avoparcin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。

Glycopeptide Antibiotics (Drugs and the Pharmaceutical Sciences) [ハードカバー]

CRC Press

1994-05-15

The Antibiotic Paradox [ペーパーバック]

Stuart B Levy

Da Capo Press

2002-01-08

バンコマイシン耐性菌戦略Q&A [単行本]

医薬ジャーナル社

2004-09

バンコマイシン耐性腸球菌(VRE)感染症ハンドブック [単行本]

松本 哲朗

医薬ジャーナル社

2004-10

バンコマイシン耐性菌の伝播防止のためのCDCガイドライン [単行本]

CDC

メディカ出版

1997-09

DVD-ROM付 パソコンで見る動く分子事典 Windows Vista対応版―分子の三次元構造が見える・わかる (ブルーバックス) [新書]

本間 善夫

講談社

2007-09-21

抗生物質アジスロマイシン(azithromycin)の電子状態

15員環マクロライド系抗生物質、アジスロマイシン(azithromycin)（商品名：ジスロマック(Zithromax)）の電子状態（分子軌道）をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。





参考：抗生物質分子データ集（Jmol版） - 生活環境化学の部屋

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」（講談社ブルーバックス, 2007年）の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of minocycline

- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

アジスロマイシン(azithromycin)：(2R,3S,4R,5R,8R,10R,11R,12S,13S,14R)-13-[(3-C-メチル-3-O-メチル-2,6-ジデオキシ-α-L-ribo-ヘキソピラノシル)オキシ]-2-エチル-3,4,10-トリヒドロキシ-3,5,6,8,10,12,14-ヘプタメチル-11-[[3-(ジメチルアミノ)-3,4,6-トリデオキシ-β-D-xylo-ヘキソピラノシル]オキシ]-1-オキサ-6-アザシクロペンタデカン-15-オン

分子式：C₃₈H₇₂N₂O₁₂

分子量：748.996

CAS登録番号：83905-01-5

原子数：124

原子軌道数：228

サンプル点数：511,300

総電子数：410

使用した原子基底関数：

　炭素(C)原子：1s, 2s, 2p

　水素(H)原子：1s

　窒素(N)原子：1s, 2s, 2p

　酸素(O)原子：1s, 2s, 2p

以下に、アジスロマイシン(azithromycin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ（Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの）を示します。

アジスロマイシン(azithromycin)のHOMO(205) エネルギー固有値：-0.07572 eV

アジスロマイシン(azithromycin)のLUMO(206) エネルギー固有値：5.06172 eV

HOMO-LUMO gap = 5.137 eV = 41436.3 cm^-1 = 241.3 nm

 

アジスロマイシン(azithromycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)





アジスロマイシン(azithromycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)





アジスロマイシン(azithromycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)





アジスロマイシン(azithromycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。

Azithromycin [Perfect]

Fastbook Publishing

2013-04-25

Articles on Macrolide Antibiotics, Including: Erythromycin, Clarithromycin, Azithromycin, Roxithromycin, Brefeldin A, Filipin, Oligomycin, Dirithromyc [ペーパーバック]

Hephaestus Books

2011-08-30

Articles on Antimalarial Agents, Including: Mefloquine, Antimalarial Drug, Doxycycline, Azithromycin, Artemisinin, Quinacrine, Artemether, Artesunate, [ペーパーバック]

Hephaestus Books

2011-08-30

医薬品クライシス―78兆円市場の激震 (新潮新書) [新書]

佐藤 健太郎

新潮社

2010-01

DVD-ROM付 パソコンで見る動く分子事典 Windows Vista対応版―分子の三次元構造が見える・わかる (ブルーバックス) [新書]

本間 善夫

講談社

2007-09-21