2013年11月16日

猛毒物質マイトトキシン(maitotoxin)の電子状態

F01


マイトトキシン(maitotoxin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

マイトトキシン(maitotoxin)は、タンパク質やペプチドなどの高分子を除き、構造式が判明している最大の天然有機化合物といわれます。 

参考:有機化学美術館・分館「最後の怪物・マイトトキシン攻略開始」 

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。


分子量:3425.9

原子数:492

原子軌道数:976

サンプル点数:120,000 

総電子数:1,838

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p
 硫黄(S)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d
 ナトリウム(Na)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d

以下に、マイトトキシン(maitotoxin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


マイトトキシン(maitotoxin)のHOMO(919) エネルギー固有値:0.39867 eV


LUMO


マイトトキシン(maitotoxin)のLUMO(920) エネルギー固有値:0.45418 eV


potmap


マイトトキシン(maitotoxin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)


potmap2


等電子密度曲面を完全に不透明にして描いてみました。


potmap3


マイトトキシン分子を少し回転させて、違った方向から静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)を描いてみました。


tgs0001 at 10:42│Comments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote 分子軌道 | 電子

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