2013年11月27日

抗生物質テラバンシン(telavancin, VIBATIV)の電子状態

F01


メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)を含むグラム陽性菌感染症に対する治療薬の候補である抗生物質、テラバンシン(telavancin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012


   :VIBATIV(telavancin)

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of telavancin(VIBATIV)(antibiotic drug, antibacterial agent)
- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

テラバンシン:3''-N-[2-(デシルアミノ)エチル]-29-(ジヒドロキシホスフィニルメチルアミノメチル)バンコマイシン

分子式:C80H106Cl2N11O27P

分子量:1755.63

CAS登録番号:372151-71-8

原子数:227

原子軌道数:478

サンプル点数:246,300

総電子数:928

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 塩素(Cl)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p
 リン(P)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d

以下に、テラバンシン(telavancin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


テラバンシン(telavancin)のHOMO(464) エネルギー固有値:0.25378 eV


LUMO


テラバンシン(telavancin)のLUMO(465) エネルギー固有値:3.33345 eV

HOMO-LUMO gap = 3.080 eV = 24839.2 cm-1 = 402.6 nm


POTMAP1


テラバンシン(telavancin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


テラバンシン(telavancin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3



テラバンシン(telavancin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4



テラバンシン(telavancin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。


もう抗生物質では治らない―猛威をふるう薬剤耐性菌
マイケル シュナイアソン
日本放送出版協会
2003-03









tgs0001 at 11:19│Comments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote 分子軌道 | 電子

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