抗生物質テラバンシン(telavancin, VIBATIV)の電子状態ロシアで一番美しい元素図鑑?!

2013年11月27日

抗生物質バンコマイシン(vancomycin)の電子状態

F01


メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA)感染症の治療薬として使用される抗生物質、バンコマイシン(vancomycin, VCM)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012jpg


参考:抗生物質分子データ集(Jmol版) - 生活環境化学の部屋

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of vancomycin(antibiotic drug, antibacterial agent)

分子式:C66H75Cl2N9O24

分子量:1449.3

CAS登録番号:1404-90-6

原子数:176

原子軌道数:384

サンプル点数:308,100

総電子数:760

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 塩素(Cl)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、バンコマイシン(vancomycin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


バンコマイシン(vancomycin)のHOMO(380) エネルギー固有値:0.40956 eV


LUMO


バンコマイシン(vancomycin)のLUMO(381) エネルギー固有値:3.58250 eV

HOMO-LUMO gap = 3.173 eV = 25591.5 cm-1 = 390.8 nm


POTMAP1


バンコマイシン(vancomycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


バンコマイシン(vancomycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


バンコマイシン(vancomycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


バンコマイシン(vancomycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)


tgs0001 at 13:50│Comments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote 分子軌道 | 電子

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