2013年11月28日

抗生物質ミノサイクリン(minocycline)の電子状態

F01


テトラサイクリン系抗生物質、ミノサイクリン(minocycline)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考:抗生物質分子データ集(Jmol版) - 生活環境化学の部屋


F012


計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of minocycline

ミノサイクリン(minocycline):7-(ジメチルアミノ)-6-デメチル-6-デオキシテトラサイクリン

分子式:C23H27N3O7

分子量:457.483

CAS登録番号:10118-90-8

原子数:60

原子軌道数:126

サンプル点数:935,300

総電子数:242

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、ミノサイクリン(minocycline)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


ミノサイクリン(minocycline)のHOMO(130) エネルギー固有値:-0.07302 eV


LUMO


ミノサイクリン(minocycline)のLUMO(131) エネルギー固有値:8.78339 eV

HOMO-LUMO gap = 8.856 eV = 71431.8 cm-1 = 140.0 nm


POTMAP1


ミノサイクリン(minocycline)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


ミノサイクリン(minocycline)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


ミノサイクリン(minocycline)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


ミノサイクリン(minocycline)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。


















tgs0001 at 13:39│Comments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote 分子軌道 | 電子

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