抗生物質ミノサイクリン(minocycline)の電子状態抗生物質α-アボパルシン(α-avoparcin)の電子状態

2013年12月02日

抗生物質アジスロマイシン(azithromycin)の電子状態

F01


15員環マクロライド系抗生物質、アジスロマイシン(azithromycin)(商品名:ジスロマック(Zithromax))の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012


参考:抗生物質分子データ集(Jmol版) - 生活環境化学の部屋

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of minocycline

アジスロマイシン(azithromycin):(2R,3S,4R,5R,8R,10R,11R,12S,13S,14R)-13-[(3-C-メチル-3-O-メチル-2,6-ジデオキシ-α-L-ribo-ヘキソピラノシル)オキシ]-2-エチル-3,4,10-トリヒドロキシ-3,5,6,8,10,12,14-ヘプタメチル-11-[[3-(ジメチルアミノ)-3,4,6-トリデオキシ-β-D-xylo-ヘキソピラノシル]オキシ]-1-オキサ-6-アザシクロペンタデカン-15-オン

分子式:C38H72N2O12

分子量:748.996

CAS登録番号:83905-01-5

原子数:124

原子軌道数:228

サンプル点数:511,300

総電子数:410

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、アジスロマイシン(azithromycin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


アジスロマイシン(azithromycin)のHOMO(205) エネルギー固有値:-0.07572 eV


LUMO


アジスロマイシン(azithromycin)のLUMO(206) エネルギー固有値:5.06172 eV

HOMO-LUMO gap = 5.137 eV = 41436.3 cm-1 = 241.3 nm


POTMAP1
 

アジスロマイシン(azithromycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


アジスロマイシン(azithromycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


アジスロマイシン(azithromycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


アジスロマイシン(azithromycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。



tgs0001 at 12:57│Comments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote 分子軌道 | 電子

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