DV-Xα法計算支援環境利用の手引きを小改訂ルブレン(rubrene)の電子状態

2013年12月04日

ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin)の電子状態

F01


ウミホタル(sea firefly)(学名:vargula hilgendorfii)は海中で、刺激を受けると青色に光ります。シュプリジナルシフェラーゼ(cypridina luciferase)という酵素が触媒となって、酸化することによって光るのは、ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin), ヴァルグリン(vargulin), ヴァルグラルシフェリン(vargula luciferin)などと呼ばれるルシフェリン(luciferin)の一種です。

今回は、ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012


計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of cypridina luciferin (sea firefly luciferin, vargulin, vargula luciferin)

ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin):2-[3-[2-[(2S)-butan-2-yl]-6-(1H-indol-3-yl)-3-oxo-7H-imidazo[2, 1-c]pyrazin-8-yl]propyl]guanidine

分子式:C22H27N7O

分子量:405.496

CAS登録番号:7273-34-9

原子数:57

原子軌道数:117

サンプル点数:1,003,000

総電子数:216

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)のHOMO(108) エネルギー固有値:1.56448 eV


LUMO


ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)のLUMO(109) エネルギー固有値:3.30426 eV

HOMO-LUMO gap = 1.740 eV = 14032.3 cm-1 = 712.6 nm


POTMAP1


ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。

















Bioluminescence: Chemical Principles And Methods
Osamu Shimomura
World Scientific Pub Co Inc
2006-09-30







tgs0001 at 17:08│Comments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote 分子軌道 | 電子

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