分子軌道

2018年08月08日

第12回DV-Xα研究協会功績賞

坂根功績賞1_400

2018年08月08日、アオーレ長岡(新潟県長岡市)で開催された第31回DV-Xα研究会にて、「新版 はじめての電子状態計算 の出版と講習会によるDV-Xα法の普及活動」が評価され、坂根弦太・足立裕彦・小笠原一禎・小和田善之・水野正隆の5名に対して第12回DV-Xα研究協会功績賞が授与されました。


坂根功績賞2_400

2018年08月08日、80808、プログラミングの世界では“8”はよく“∞(無限大)”の代用文字として使われます(90度回転させれば∞は8になります)。

80808 =“∞〜0〜∞〜0〜∞”、何もない無(ゼロ)から終わりのない無限大まで5回も行ったり来たり、プログラムの開発から普及までの仕事が評価されて共同受賞した受賞日に相応しい日付です。

また8月8日というのは、 “そろばんの日” でもあります。

そろばんと言えば一種の計算機(計算をするための道具)、これまたプログラミングに関係した仕事で評価を受けた日としては相応しい日です。

なぜ8月8日が “そろばんの日” か、それはそろばんの珠を、 “パチッ!”、 “パチッ!” と弾いて計算をすることから、 “パチッ!”、 “パチッ!” で 8(ハチ)、 8(ハチ)、 全国珠算教育連盟が1968(昭和43)年に8月8日を “そろばんの日” と制定したのです。

昭和43年(西暦1968年)と言えば私(坂根)の生まれた年です。

制定から50年が経過して初めて西暦の末尾も "8" になった2018年08月08日のそろばんの日に、パチッ(8)、パチッ(8)っと計算に関する特異日(受賞日)を迎えたのも不思議な話です。

2018年08月08日(水)という日付に、不思議な数字の奇遇、因縁を深く感じます。

180808、私の人生におけるこの記念すべき特異日のことは生涯忘れないことでしょう。

坂根功績賞3_400

実はここまでの文面、10年前に私が書いたblogとほぼ同一です。

功績賞をいただくのは2回目なのですが、前回は10年前の同じ日(8月8日)に授賞式がありました。

第07回DV-Xα研究協会功績賞 2008年(平成20年)08月08日 私は40歳
第12回DV-Xα研究協会功績賞 2018年(平成30年)08月08日 私は50歳

20, 30, 40, 50, 偶然とは言え、数字のそろい方がとても不思議です。

参照:岡山理科大学 学科トピックス
   岡山理科大学 研究・社会連携室
   DV-Xα研究協会


tgs0001 at 20:08|PermalinkComments(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2018年03月22日

DV-Xα分子軌道計算講習会のご案内

DVDV

2018年8月6日(月)、アオーレ長岡(新潟県長岡市)にて、DV-Xα分子軌道計算講習会が開催されます。

参加費1000円、先着20名様、申込受付中です。

詳しくはこちら→ DV-Xα分子軌道計算講習会(新潟・長岡)

新版はじめての電子状態計算−DV‐Xα分子軌道計算への入門
足立裕彦, 小笠原一禎, 小和田善之, 坂根弦太, 水野正隆
三共出版
2017-11-01




tgs0001 at 15:34|PermalinkComments(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2018年03月14日

DV-Xα法のための統合支援環境

HME

【DV-Xα法のための統合支援環境】秀丸エディタ 最新版 Ver. 8.79 がリリースされました。

また、GUI版dvscat プログラム (Windows専用) は、最新版 Ver. 2.03 がリリースされました。

2018年3月14日現在、DV-Xα法のための統合支援環境は、以下の状況です。
新版はじめての電子状態計算−DV‐Xα分子軌道計算への入門
足立裕彦, 小笠原一禎, 小和田善之, 坂根弦太, 水野正隆
三共出版
2017-11-01




tgs0001 at 11:36|PermalinkComments(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2017年10月11日

分子軌道法に関する新刊書籍「新版 はじめての電子状態計算」

650

足立裕彦・小笠原一禎・小和田善之・坂根弦太・水野正隆共著
「新版 はじめての電子状態計算 DV-Xα分子軌道計算への入門」

11月上旬刊行予定です。

詳細は、三共出版ウェブサイトをご覧下さい。

はじめての電子状態計算―DV‐Xα分子軌道計算への入門
足立裕彦・小笠原一禎・小和田善之・坂根弦太・水野正隆
三共出版
2017-11-01




tgs0001 at 14:49|PermalinkComments(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2016年07月23日

多肉植物と量子化学

taniku

8月6日(土)は、岡山市の半田山植物園で、「サボテン・多肉植物の不思議」というワークショップの講師を務めます。小学生以上の親子10組が対象、すでに満席で申込は終わっています。


DV20160807a_400
DV20160807b_400

8月7日(日)は、東京工科大学八王子キャンパスで、「量子化学 夏の体験講座」という講習会の講師を務めます。高校生・大学生向きの内容で、先着10名様程度、現在、参加者受付中です。



tgs0001 at 16:51|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2016年06月09日

ヘキサクロリドニホニウム(III)酸イオンの電子状態計算

2016年6月8日(水)22:30、国際純正および応用化学連合(IUPAC)より原子番号113番元素、115番元素、117番元素、118番元素の英語元素名(案)、元素記号(案)が公表されました。

113番元素名(案)Nihonium, 元素記号(案)Nh 115番元素名(案)Moscovium, 元素記号(案)Mc 117番元素名(案)Tennessine, 元素記号(案)Ts 118番元素名(案)Oganesson, 元素記号(案)Og

第一原理分子軌道計算プログラムDV-Xα法では、早速、これらの元素を分子軌道計算に含められるようになりました。

従来の計算環境の、C:\dvxa\data\nonrel を、以下に公開されているnonrelに置き換えるだけで、ニホニウム(Nh)、モスコビウム(Mc)、テネシン(Ts)、オガネソン(Og)を分子軌道計算に含められます。

http://www.chem.ous.ac.jp/~gsakane/nonrel/nonrel

計算例として、ヘキサクロリドニホニウム(III)酸イオン [NhIIICl6]3- の電子状態をDV-Xα法で計算し、三次元可視化システムVESTA Version 3.3.6 で分子軌道や静電ポテンシャルマップなどを三次元可視化してみました。

この計算では、相対論効果は考慮していません。また、ニホニウム(Ns)の寿命はきわめて短く、しかもまだ数原子しか合成されていないのですから、もちろんヘキサクロリドニホニウム(III)酸イオンなどという化合物が実際に合成されたわけではありません。DV-Xα法でニホニウム(Nh)を含む分子軌道計算が動作するかどうかを検証したものです。

なお、ニホニウム(Nh)と塩素(Cl)の原子間距離は、2.5 オングストロームとして計算しました。

DV-Xα法の計算で入力する必要があるのは、原子番号と原子の座標のみです。

今回の計算で用いたDV-Xα法の入力ファイル【F01】を以下に示します。

【F01】
----+----1----+----2----+----3----+----4----+----5
| Z ||NEQ||   X    ||   Y    ||   Z    |
  113    1   0.00000   0.00000   0.00000
   17    2   2.50000   0.00000   0.00000
   17    2  -2.50000   0.00000   0.00000
   17    2   0.00000   2.50000   0.00000
   17    2   0.00000  -2.50000   0.00000
   17    2   0.00000   0.00000   2.50000
   17    2   0.00000   0.00000  -2.50000
---------------------------------------------
|NEQ||  CHG   ||U/D||   RD   ||   VD   |    1
    1   3.00000
    2  -1.00000
---------------------------------------------
    0     Unit     (0:angstrom  1:atomic)
    0     Spin     (0:non-spin  1:spin  )
    0     M.P.     (0:No        1:Yes   )
30000     Sample Point ( <100000, =0 autoset )
----+----1----+----2----+----3----+----4----+----5

サンプル点は30,000点、ごく普通のWindowsパソコンで計算は1分ちょっとで終わりました。


NhCl6_F01_400

これが、計算したヘキサクロリドニホニウム(III)酸イオン [NhIIICl6]3- です。


NhCl6_13a1g_400

13a1g (LUMO+13)
(最低非占有分子軌道(LUMO)の13個上の電子が入っていない分子軌道)


NhCl6_12a1g_LUMO_400

12a1g(LUMO)
(最低非占有分子軌道(LUMO))


NhCl6_9eg_HOMO_400

9eg(HOMO)
(最高占有分子軌道(HOMO))


NhCl6_8eg_HOMO-7_400

8eg(HOMO-7)
(最高占有分子軌道(HOMO)の7つ下の電子が入っている分子軌道)


NhCl6_potmap_400

静電ポテンシャルマップ
(赤いところが電子が多いところ、青いところが電子が少ないところ)


DV-Xα法では、周期表のどの元素であっても、同じ精度で計算ができます。
しかも、計算は驚異的に高速で、ごく普通のWindowsパソコンで、重い元素をいくつも含む計算であっても、それほど計算時間は長くありません。

今回の改定版nonrelをお使いいただければ、原子番号1番の水素(H)原子から、原子番号172番のウンセプトビウム(Usb)原子まで、分子軌道計算に含めることができます。

ただし重い原子の電子状態計算には、本来は相対論効果を考慮することが必要です。

今回のヘキサクロリドニホニウム(III)酸イオン [NhIIICl6]3- の電子状態計算では、相対論効果を考慮していない計算を行いましたが、DV-Xα法では、相対論効果を考慮した相対論版のプログラムがあります。

いずれ、この相対論版DV-Xαプログラムでも、ニホニウム(Nh)、モスコビウム(Mc)、テネシン(Ts)、オガネソン(Og)などを含んだ分子・クラスターの電子状態計算ができるようになる予定です。

参照:DV-Xα研究協会のホームページ


tgs0001 at 03:11|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2015年07月15日

最大の芳香環の電子状態計算

有機化学美術館・分館の記事「最大の芳香環」を拝読してドデカフィリン分子に興味を持ち、その電子状態をDV-Xα分子軌道法計算支援環境で計算、リリースされたばかりの最新版 VESTA Ver. 3.3.0 で三次元可視化してみました。

Takanori Soya, Woojae Kim, Dongho Kim, Atsuhiro Osuka, "Stable [48]-, [50]-, and [52]Dodecaphyrins(1.1.0.1.1.0.1.1.0.1.1.0):The Largest Huckel Aromatic Molecules", Chemistry A European Journal, Volume 21, Issue 23, pages 8341-8346, June 1, 2015.

原子座標(CIF)は、Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC) から取り寄せました。

C104H30F40N12

原子数:186
原子軌道数:498
総電子数:1098
サンプル点:240000

F01_400
DV-Xα計算は130サイクルで完全に収束しました。
パソコンは、ごく普通のWindowsノートパソコンです。

549_HOMO_400
549番目の分子軌道がHOMO(最高被占軌道, Highest Occupied Molecular Orbital)です。

550_LUMO_400
550番目の分子軌道がLUMO(最低空軌道, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)です。

potmap_400
静電ポテンシャルマップ(電子密度の等値表面に静電ポテンシャルの大小で彩色した図)
(赤いところが電子が多いところ、青いところが電子が少ないところ)

Supporting Information の Figure S15 と、計算結果はほぼ同様になりました。


tgs0001 at 16:23|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年10月06日

DV-Xα分子軌道計算講習会のご案内

kosyu2014_2

 今年度のDV-Xα分子軌道計算講習会を下記の要領で行います。

 今回は、一般コースと、eduDV+秀丸エディタ計算支援環境、非相対論版DVME法、MacOS X版DV-Xα計算プログラムの合計4つのコースを用意いたしましたので、ご興味をお持ちの方は是非ご参加下さい。


日時:平成26年11月22日(土)10:00-16:00(最大延長17:00まで)

場所:兵庫教育大学・ハーバーランドキャンパス 講義室1, 講義室2, 講義室6, コンピュータ室

講師:小和田善之(兵庫教育大学), 水野正隆(大阪大学), 坂根弦太(岡山理科大学), 小笠原一禎(関西学院大学)

詳細:DV-Xα分子軌道計算講習会ホームページ

申込・問合せ先: 氏名、所属、連絡先を明記しFAX又はE-mailでお申込ください。

〒520-0016 大津市比叡平3丁目53-12
DV-Xα研究協会事務局 Fax: 077-529-0374
E-mail: dvxa@e-mail.jp http://www.dvxa.org/

申込締切:平成26年10月30日(木)

定員:各コース20名(先着順、ただし正会員を優先)

担当者問合せ先:

〒673-1494 兵庫県加東市下久米942-1
兵庫教育大学 小和田善之
E-mail: ykowada@hyogo-u.ac.jp

コース概要:

(1)一般コース:これからDV-Xα分子軌道計算を始めてみようという初心者向けのコース。
   計算に用いるプログラムSCATについて、入力データの形式などを含め解説します。

(2)アドバンスコースA(eduDV+秀丸エディタ計算支援環境):
   CUI操作が苦手な方向けに、WindowsPCでマウス操作を基本としたGUIでDV-Xα計算を行います。
   三次元可視化システムVESTAで可視化する作業も解説・実習します。

  ※このコースに参加される方は、ライセンスの関係で、秀丸エディタをインストール済の
   Windowsノートパソコンを必ずご持参ください。DV-Xα計算の環境構築は実習中に行います。

(3)アドバンスコースB(非相対論版DVME法 ※DV-Xα研究協会会員限定)
   現在、DV-Xα研究協会会員対象にベータテスト中の非相対論版DVME法について、
   紹介と簡単な実習を行います。

  ※このコースに参加される方は、ノートパソコンを必ずご持参ください。
   DV-Xα計算の環境構築は実習中に行います。

(4)アドバンスコースC(MacOS X版DV-Xα計算 ※DV-Xα研究協会会員限定)
   近日公開予定の、MacOS X版DV-Xα計算プログラムを利用した計算実習を行います。。

  ※このコースに参加される方は、MacOS Xをインストールしたノートパソコンを必ず
   ご持参ください。DV-Xα計算の環境構築は実習中に行います。

はじめての電子状態計算―DV‐Xα分子軌道計算への入門
足立裕彦監修, 小和田善之, 田中功, 中松博英, 水野正隆共著 
三共出版
1998-05

「はじめての電子状態計算」の増刷予定について
 












tgs0001 at 17:42|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年10月02日

ディート(DEET)の電子状態

400_deet_nonLabel

虫よけ剤の有効成分、ディート(DEET)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考:ディート(ウィキペディア)DEET(Wikipedia)

400_deet_Label

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of DEET

N,N-ジエチル-3-メチルベンズアミド(N,N-ジエチル-m-トルアミド)
N,N-Diethyl-3-methylbenzamide(N,N-Diethyl-m-toluamide)

分子式:C12H17NO

分子量:191.27

CAS登録番号:134-62-3

原子数:31

原子軌道数:59

サンプル点数:1,950,000

総電子数:104

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、ディート(DEET)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)と最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)を中心とした10個の分子軌道(等値表面図)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。

400_48_HOMO-4

ディート(DEET)のHOMO-4(48) エネルギー固有値:-3.72936 eV

400_49_HOMO-3

ディート(DEET)のHOMO-3(49) エネルギー固有値:-2.03364 eV

400_50_HOMO-2

ディート(DEET)のHOMO-2(50) エネルギー固有値:-1.96356 eV

400_51_HOMO-1

ディート(DEET)のHOMO-1(51) エネルギー固有値:-0.28413 eV

400_52_HOMO

ディート(DEET)のHOMO(52) エネルギー固有値:0.26405 eV

400_53_LUMO

ディート(DEET)のLUMO(53) エネルギー固有値:3.46212 eV

HOMO-LUMO gap = 3.198 eV = 25794.2 cm-1 = 387.7 nm

400_54_LUMOp1

ディート(DEET)のLUMO+1(54) エネルギー固有値:4.10673 eV

400_55_LUMOp2

ディート(DEET)のLUMO+2(55) エネルギー固有値:6.14267 eV

400_56_LUMOp3

ディート(DEET)のLUMO+3(56) エネルギー固有値:8.52607 eV

400_57_LUMOp4

ディート(DEET)のLUMO+4(57) エネルギー固有値:8.81734 eV

400_potmap

ディート(DEET)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)

図は VESTA Ver. 3.2.1で描きました。

有効成分:ディート

「虫よけ成分(ディート)」12%配合

ディート濃度12%



【第2類医薬品】【近江兄弟社】 メンターム 虫よけスプレーEX (虫バイバイ) 虫よけスプレー 200mlfs04gm
【第2類医薬品】【近江兄弟社】 メンターム 虫よけスプレーEX (虫バイバイ) 虫よけスプレー 200mlfs04gm
<成分・分量>(原液100mL中)ディート12.0g



tgs0001 at 16:51|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年07月16日

教育用分子軌道計算システムeduDVのデータ自動入力機能(Auto-eduDV機能) VESTA 3.x.x 対応版

eduDV3

教育用分子軌道計算システムeduDVのデータ自動入力機能(Auto-eduDV機能)のチュートリアルを公開しました(VESTA Version 3.x.x 対応版)。

 【eduDV3.pdf】(8.42 MB) Adobe Acrobat Document

 【eduDV3.pps】(10.8 MB) Microsoft PowerPoint 97-2003 スライドショー

 【eduDV3.ppsx】(10.3 MB) Microsoft PowerPoint スライドショー

Windowsパソコンで、ネオン原子、アルゴン原子、水分子、ベンゼン分子、六フッ化ウラン分子の電子状態をDV-Xα法で計算してVESTAで分子軌道や静電ポテンシャルマップなどを三次元可視化する具体的な方法が書いてあります。

環境構築の方法については、「DV-Xα法計算支援環境利用の手引き」をご参照ください。

なお、VESTA Version 2.x.x対応版のチュートリアルは、こちら


tgs0001 at 16:59|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年07月12日

教育用分子軌道計算システムeduDVのデータ自動入力機能(Auto-eduDV機能) VESTA 2.x.x 対応版

eduDV

教育用分子軌道計算システムeduDVのデータ自動入力機能(Auto-eduDV機能)のチュートリアルを公開しました(VESTA Version 2.x.x 対応版)。

 【eduDV2.pdf】(8.15 MB) Adobe Acrobat Document 

 【eduDV2.pps】(10.2 MB) Microsoft PowerPoint 97-2003 スライドショー 

 【eduDV2.ppsx】(9.85 MB) Microsoft PowerPoint スライドショー 

Windowsパソコンで、ネオン原子、アルゴン原子、水分子、ベンゼン分子、六フッ化ウラン分子の電子状態をDV-Xα法で計算してVESTAで分子軌道や静電ポテンシャルマップなどを三次元可視化する具体的な方法が書いてあります。

環境構築の方法については、「DV-Xα法計算支援環境利用の手引き」をご参照ください。

なお、最新のVESTA Version 3.x.x対応版のチュートリアルは、こちら

tgs0001 at 04:37|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月17日

DV-Xα法に関する情報紹介(21)

Fortran77

Fortran 77 で書いたDV-Xα法の周辺プログラム(ユーティリティプログラム)を公開しております。

坂根弦太のFortranプログラム集 ←クリックしてください

大部分は、私が岡山理科大学大学院理学研究科化学専攻(修士課程)の時に書いたものです。

DV-Xα分子軌道法で錯体の電子状態を計算する際に、自分が便利なように、自分が楽をするために、作成したプログラム群です。

Open Watcom Fortran 77 コンパイラー (Version 1.9) でコンパイルして作成した実行ファイル(EXEファイル)と共に、すべてダウンロードしてお使いいただけます。

教育用分子軌道計算システムeduDVを構成するプログラムも含めて、現在、95種類のプログラムがあるそうです。

molda2dv, dv2chem3d, dv2molda, dv2f01, prests, prestsl, endsts, read36, c3v3, c3v1, c3v6, d3d6, d3d1, d3d12, d3h6, d3h1, d3h3, d3h12, td4, td12, dv2daph, c3edfix, cscafix, p3edfix, pscafix, p3edadd, pscaadd, atom, atomn, ion, ionn, hlgap, hlgaps, c2v12, c2v12n, c2v12s, c3v13, c3v13n, c3v13s, d2h24, d2h24n, d2h24s, d3d26, d3d26n, d3d26s, d3h13, d3h13n, d3h13s, td14, td14n, td14s, td144, td144n, td144s, oh16, oh16n, oh16s, oh166, oh166n, oh166s, mh2o6, mh2o6n, mh2o6s, d6h66, d6h66n, d6h66s, d4h14, d4h14n, d4h14s, d8h2, d8h2n, d8h2s, d8h12, d8h12n, d8h12s, d8h22, d8h22n, d8h22s, c8v11, c8v11n, c8v11s, c8v111, c8v111n, c8v111s, c8v1111, c8v1111n, c8v1111s, ml4, ml4n, ml4s, ml6, ml6n, ml6s, f01add, f01xyz・・・

塵も積もれば山となるという類の話ですね。

全プログラムを一括してダウンロードできるページもあります。

私自身は最初は、塩野充, "新JIS FORTRAN入門", オーム社, 1983年, ISBN:9784274071720 という、岡山理科大学理学部電子理学科(1986年より工学部電子工学科)の先生が書かれた本でFortranを勉強しました。

岡山理科大学の情報処理センター(11号館)にあった富士通のFACOM M380 という大型汎用機(TSS)で、上で紹介したようなFortranプログラムをコンパイル・実行しておりました。



入門 FORTRAN77
上滝 致孝
オーム社
1985-03


JIS FORTRAN入門 (上)
森口 繁一
東京大学出版会
1984-01


塩野 充
オーム社
1983-01


tgs0001 at 11:37|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月16日

DV-Xα法に関する情報紹介(20)

STS1a

図1.電子遷移(スピン許容)のSlater Transition State(スレーターの遷移状態)

STS1b

図2.電子遷移(スピン禁制)のSlater Transition State(スレーターの遷移状態)

STS2

図3.イオン化のSlater Transition State(スレーターの遷移状態)

Xα法で遷移エネルギーやイオン化エネルギーを求めるには、始状態(基底状態)と終状態(励起状態やイオン化状態)の中間の状態(0.5電子が励起した(イオン化した)状態, これをスレーター(John Clarke Slater)の遷移状態という)を設定し、その状態でセルフコンシステントな繰り返し計算を行って収束させ、計算結果の分子軌道のエネルギー準位を読み取れば(例えば、0.5電子が入った遷移元軌道と0.5電子が入った遷移先軌道のエネルギー差)、正確な遷移エネルギー(イオン化エネルギー)を求めることが出来ます。

実際の計算法は、以下のウェブサイトをご参照ください。

DV-Xα法におけるSlater Transition Stateの計算の仕方
DV-Xα法で遷移状態等の計算をする際の電子の移動方法

John C.Slater
東京大学出版会
1982-03





tgs0001 at 13:51|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月15日

DV-Xα法に関する情報紹介(19)

Gallery

DV-Xα法で計算した錯体の分子軌道・静電ポテンシャルマップを三次元可視化したら、どんな静止画・動画が得られるのか、整理して公開いたしました。

錯体の電子状態ギャラリー

をご覧ください。


tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月14日

DV-Xα法に関する情報紹介(18)

hidemaru

学校現場や自宅のWindowsでDV-Xα法を使い始めてみようという方、

http://www.chem.ous.ac.jp/~gsakane/index.html#assistance_environment

をクリックしてみて下さい。

1.〜7.のそれぞれのウェブサイトを訪れ、必要なファイルをダウンロードし、「DV-Xα法計算支援環境利用の手引き」(PDF)をご覧の上、作業していくだけで、容易に環境を構築することが出来ます。

秀丸エディタのみシェアウェアで、残りのプログラム・ファイル類はすべて無償で入手できます。

秀丸エディタの価格は、現在、4,320円です。
銀行振り込みやクレジットカード決済で送金できます。

量子化学に興味のある方、是非、お試しください!

 

tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月13日

DV-Xα法に関する情報紹介(17)

DV201408

今年もDV-Xαに関する学会「DV-Xα研究会(2014年)」が開催されます。
会場は名古屋大学、会期は8月6日(水)から8月8日(金)。

今年で第27回、DV-Xαユーザにとっては夏の恒例行事です。

私が初めて参加・口頭発表したのが第3回DV-Xα研究会で大学院修士課程1年生の夏でした(会場:舞子ビラ)。

あれからもう24年も経ったとは、自分でも俄かに信じがたいです。

DV-Xα法でいったいどんなことができるのか、研究発表を聴講するだけでも参考になりますし、休憩時間や懇親会にいろいろな方と交流して、人脈を広げることも楽しいことです。

発表(口頭・ポスター)申込は明後日の6月15日(日)が〆切ですが、参加申込は研究会当日まで受け付けられています。

DV-Xα法に興味がある方、DV-Xα法を使っておられる方、是非、ご参加ください!

tgs0001 at 20:08|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月12日

DV-Xα法に関する情報紹介(16)

DVSummerSchool

今年の夏も、DV-Xα夏の学校が開催されます。

詳細はこちら→第9回(2014年)DV-Xα夏の学校ホームページ

今年は京都での開催。

8月18日(月)から8月22日(金)までの四泊五日の合宿形式。

五日間、たっぷりとDV-Xα法や量子化学、量子材料化学などについて学べます。

講師はDV-Xαプログラムの開発者でもある足立裕彦先生と、金属・合金の分野で長年DV-Xα法を活用・成功されている森永正彦先生。

企業や大学などの研究者の皆様、大学院生や大学生の皆様、是非、この機会を逃さずにご参加ください! 

tgs0001 at 18:59|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月11日

DV-Xα法に関する情報紹介(15)

blog

DV-Xα研究協会のDV-Xα法に関するブログです。

主に、DV-Xα研究協会の戦略的プログラム開発推進部会(Division of Strategic Program Development, Society for Discrete Variational X alpha, 通称spd部会)のメンバーが書き込んでいます。

2013年2月6日に投稿された「DV-Xα法計算支援環境で計算する巨大分子の電子状態」という記事では、DV-Xα法計算支援環境で、市販の書籍「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されているMDL molファイルを読み込み、DV-Xα法で電子状態を計算、VESTAで静電ポテンシャルマップを三次元可視化する方法が紹介してあります。

家庭用のごく普通のノートパソコン(私の自宅のノートパソコン, Windows 7)で、コエンザイムQ10(Coenzyme Q10)カゼインホスホペプチド(casein phosphopeptide, CPP)マイトトキシン(maitotoxin)β−エンドルフィン(β-endorphin)没食子酸エピガロカテキン(Epigallocatechin gallate)インドメタシン(indomethacin)アデノシン三リン酸(Adenosine triphosphate)テラバンシン(telavancin)バンコマイシン(vancomycin)ゲンタマイシン(gentamicin)ミノサイクリン(minocycline)アジスロマイシン(azithromycin)α-アボパルシン(α-avoparcin)ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin)ルブレン(rubrene)オキシトシン(oxytocin)などの電子状態を計算、VESTAでHOMOやLUMOなどの分子軌道や静電ポテンシャルマップなどを三次元可視化してみたものです。

DV-Xα法の入力は、原子座標と原子番号だけです。

それだけの情報で、量子化学計算(第一原理の分子軌道計算)を行い、質の良い基底関数(原子軌道関数)をもとに精度の高い分子軌道(エネルギー準位と波動関数の形)が求まります。

さらに内殻から空軌道までの全分子軌道はVESTAで容易に三次元可視化できますし、分子内での電子の偏りはVESTAで静電ポテンシャルマップを描くことにより容易に把握できます。

すなわち、分子の座標データさえあれば、その分子の精度の高い量子化学計算が容易にできるのです。

そういった意味で、3000種類ほどの分子の座標データが入手できる以下の書籍は、DV-Xα&VESTAユーザーにとっては、情報の宝箱です。


 


tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月10日

DV-Xα法に関する情報紹介(14)

VENUS

周期表の元素の原子軌道のデータ(DV-Xα法で計算したもの)がクリック一つで無償でダウンロードできます。

あとは三次元可視化システムVESTAをダウンロード・解凍して起動して、上記の原子軌道のデータを読み込むだけで、原子軌道を三次元可視化できます。

http://www.chem.ous.ac.jp/~gsakane/fun/e00/e00_08.html#ED8

パソコンで実際に量子化学計算をするほどではないが、原子軌道の形状をとりあえず把握してみたいという生徒・学生の皆様にお薦めです。

百聞は一見に如かず、まずは原子軌道というものをVESTAで眺めてみてみて下さい。 

VESTAの使い方(DV-Xα法で計算した波動関数を読み込む方法)は、こちらのマニュアル(PDF)をご覧ください。 

tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月09日

DV-Xα法に関する情報紹介(13)

fun

原子・イオン・有機分子・有機金属分子・錯体・錯イオンなどの電子の軌道(オービタル)の本当の姿を見てみませんか

※正確には電子の軌道というよりは、原子軌道(AO)または分子軌道(MO)の形です。あるいは、原子または分子の波動関数の形、という言い方もします。簡単に言うと、波動関数を二乗したものが電子の発見される確率の大小(いわゆる電子雲)になります。

◆周期表の全元素を同じ精度で(しかも999原子種まで!)取り扱える本格的な第一原理計算(密度汎関数法の一種)の分子軌道計算プログラムです◆

◆化学計算初心者の方でも絶対にできます◆

◆生徒さん・学生さんなら、完全に無償で環境が構築可能です◆(教育現場(授業・実習用パソコン)でも無償で環境構築が可能です) 

http://www.chem.ous.ac.jp/~gsakane/fun/index.html 


tgs0001 at 15:17|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月08日

DV-Xα法に関する情報紹介(12)

Dr

坂根弦太,
"硫黄架橋金属クラスター錯体の有機小分子との反応、およびDV-Xα法による電子状態の計算",
学位論文, 岡山理科大学大学院, 1995年.

全文、無料でご覧いただけます。


tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月07日

DV-Xα法に関する情報紹介(11)

VENUS

坂根弦太,
"DV-Xα分子軌道計算プログラムと三次元可視化システムVENUSの大学基礎化学教育での活用",
日本教育情報学会第22回年会(岡山市・岡山理科大学),
(教育方法・授業分析・学習評価(2)),
2D3, 198-199頁, 2006年.

全文、無料でご覧いただけます。
http://ci.nii.ac.jp/naid/110006856469(プレビューをクリック)



tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月06日

DV-Xα法に関する情報紹介(10)

14_1993

坂根弦太,
"DV-Xα法による不完全キュバン型モリブデンクラスター錯体[Mo3X4(H2O)9]4+ (M = O, S) の電子状態",
The Bulletin of the Information Processing Center, Okayama University of Science
(岡山理科大学情報処理センター研究報告, ISSN 1341-6839),
第14号, 65-69頁, 1993年.

全文、無料でご覧いただけます(pdf, 23.4 MB)。


tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月05日

DV-Xα法に関する情報紹介(9)

15_1994

坂根弦太,
"混合金属クラスター錯体の分子軌道計算−DV-Xα法による[Mo3MS4(H2O)10]4+ (M = Fe, Ni) の電子状態の計算",
The Bulletin of the Information Processing Center, Okayama University of Science
(岡山理科大学情報処理センター研究報告, ISSN 1341-6839),
第15号, 51-60頁, 1994年.

全文、無料でご覧いただけます(pdf, 19.4 MB)。
http://www.center.ous.ac.jp/pdf/bulletin/bulletin_15.pdf 


tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月04日

DV-Xα法に関する情報紹介(8)

16_1995

坂根弦太,
"硫黄架橋キュバン型モリブデンクラスター錯体[Mo4S4(H2O)12]n+ (n = 4, 5, 6) の電子状態",
The Bulletin of the Information Processing Center, Okayama University of Science
(岡山理科大学情報処理センター研究報告, ISSN 1341-6839),
第16号, 79-85頁, 1995年.

全文、無料でご覧いただけます(pdf, 29.0 MB)。


tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月03日

DV-Xα法に関する情報紹介(7)

17_1996

坂根弦太,
"モリブデン錯体のDV-Xα計算におけるパラメーターの効果",
The Bulletin of the Information Processing Center, Okayama University of Science
(岡山理科大学情報処理センター研究報告, ISSN 1341-6839),
第17号, 35-38頁, 1996年.

全文、無料でご覧いただけます(pdf, 29.4 MB)。


tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月02日

DV-Xα法に関する情報紹介(6)

18_1997

坂根弦太,
"DV-Xα法によるX線光電子スペクトル計算",
The Bulletin of the Information Processing Center, Okayama University of Science
(岡山理科大学情報処理センター研究報告, ISSN 1341-6839),
第18号, 11-16頁, 1997年.

全文、無料でご覧いただけます(pdf, 25.0 MB)。


tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年06月01日

DV-Xα法に関する情報紹介(5)

19_1998

坂根弦太,
"DV-Xα法による[MoCl6]3-の電子状態計算",
The Bulletin of the Information Processing Center, Okayama University of Science
(岡山理科大学情報処理センター研究報告, ISSN 1341-6839),
第19号, 27-37頁, 1998年.

全文、無料でご覧いただけます(pdf, 16.3 MB)。


tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年05月31日

DV-Xα法に関する情報紹介(4)

34_2013

坂根弦太,
"教育用分子軌道計算システムeduDVの開発(4)",
The Bulletin of the Information Processing Center, Okayama University of Science
(岡山理科大学情報処理センター研究報告, ISSN 1341-6839),
第34号, 1-37頁, 2013年.

全文、無料でご覧いただけます(pdf, 3.05 MB)。


tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年05月30日

DV-Xα法に関する情報紹介(3)

33_2012

坂根弦太,
"教育用分子軌道計算システムeduDVの開発(3)",
The Bulletin of the Information Processing Center, Okayama University of Science
(岡山理科大学情報処理センター研究報告, ISSN 1341-6839),
第33号, 1-31頁, 2012年.

全文、無料でご覧いただけます(pdf, 4.98 MB)。


tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年05月29日

DV-Xα法に関する情報紹介(2)

32_2011


坂根弦太, 
"教育用分子軌道計算システムeduDVの開発(2)", 
The Bulletin of the Information Processing Center, Okayama University of Science
(岡山理科大学情報処理センター研究報告, ISSN 1341-6839), 
第32号, 11-36頁, 2011年.

全文、無料でご覧いただけます(pdf, 36.3 MB)。


tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2014年05月28日

DV-Xα法に関する情報紹介(1)

31_2010


坂根弦太, 
"教育用分子軌道計算システムeduDVの開発", 
The Bulletin of the Information Processing Center, Okayama University of Science
(岡山理科大学情報処理センター研究報告, ISSN 1341-6839), 
第31号, 9-17頁, 2010年.

全文、無料でご覧いただけます(pdf, 25.5 MB)。


tgs0001 at 18:33|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2013年12月20日

β-カロテン(β-carotene)の電子状態

F01


ニンジンは英語でcarrot、ニンジンのオレンジ色の原因色素カロテン(carotene)はcarrotが語源です。

中でも豊富に含まれているのがβ-カロテン(β-carotene)、ビタミンAの前駆体でもあるこのβ-カロテン(β-carotene)が、炭素と水素のみからできている炭化水素だってご存知でしたでしょうか。

今回は、β-カロテン(β-carotene)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of β-carotene
- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

β-カロテン(β-carotene): 1,3,3-Trimethyl-2-[3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl)octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl]cyclohex-1-ene

分子式:C40H56

分子量:536.87

CAS登録番号:7235-40-7

原子数:93

原子軌道数:171

サンプル点数:680,000

総電子数:288

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s

以下に、β-カロテン(β-carotene)の最高被占軌道の一つ下の分子軌道(HOMO-1)、最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、最低空軌道の一つ上の分子軌道(LUMO+1)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)などを示します。


HOMO-1


β-カロテン(β-carotene)のHOMO-1(143) エネルギー固有値:-0.82129 eV


HOMO-1b


β-カロテン(β-carotene)のHOMO-1(143) エネルギー固有値:-0.82129 eV
(複数の等値表面を同時表示したもの)

HOMO


β-カロテン(β-carotene)のHOMO(144) エネルギー固有値:-0.22399 eV


HOMOb


β-カロテン(β-carotene)のHOMO(144) エネルギー固有値:-0.22399 eV
(複数の等値表面を同時表示したもの)

LUMO


β-カロテン(β-carotene)のLUMO(145) エネルギー固有値:2.07948 eV


LUMOb


β-カロテン(β-carotene)のLUMO(145) エネルギー固有値:2.07948 eV
(複数の等値表面を同時表示したもの)

LUMO+1


β-カロテン(β-carotene)のLUMO+1(146) エネルギー固有値:2.82823 eV


LUMO+1b


β-カロテン(β-carotene)のLUMO+1(146) エネルギー固有値:2.82823 eV
(複数の等値表面を同時表示したもの)

HOMO  -  LUMO gap = 2.303 eV = 18578.7 cm-1 = 538.2 nm
HOMO-1 - LUMO gap = 2.901 eV = 23396.3 cm-1 = 427.4 nm
HOMO - LUMO+1 gap = 3.052 eV = 24617.8 cm-1 = 406.2 nm


POTMAP000


β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP030


β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP060


β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP090


β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)


POTMAP120


β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(5)


POTMAP150


β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(6)


POTMAP180


β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(7)


POTMAP210


β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(8)


POTMAP240


β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(9)


POTMAP270


β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(10)


POTMAP300


β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(11)


POTMAP330


β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(12)


POTMAP360


β-カロテン(β-carotene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(13)


POTMAP555


β-カロテン(β-carotene)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの。


POTMAP666


β-カロテン(β-carotene)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの(分子の棒球モデル表示を消去)。


POTMAP777


β-カロテン(β-carotene)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの(複数の炭素が乗っている平面で切断)。


POTMAP888


β-カロテン(β-carotene)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの(複数の炭素が乗っている平面で切断)。


POTMAP999


β-カロテン(β-carotene)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの(複数の炭素が乗っている平面で切断)。

全ての図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。











いいことずくめの にんじんレシピ (角川SSC)
石原 結實
KADOKAWA / 角川マガジンズ
2013-10-24










tgs0001 at 17:30|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2013年12月12日

クロロフィル(chlorophyll)の電子状態

F01


植物が緑色である原因物質で、植物の光合成において太陽光のエネルギーを吸収している色素クロロフィル(chlorophyll)、そう、葉緑素のことです。

今回は、クロロフィルa(chlorophyll a)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012


参考:クロロフィルのTシャツ(Chlorophyll Women's Pink T-Shirt)

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of chlorophyll a
- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

クロロフィルa(chlorophyll a)

SMILES:CCC1=C(C2=NC1=CC3=C(C4=C([N-]3)C(=C5[C@H]([C@@H](C(=N5)C=C6C(=C(C(=C2)[N-]6) C=C)C)C)CCC(=O)OC/C=C(\C)/CCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C)C(C4=O)C(=O)OC)C)C.[Mg+2]

分子式:C55H72MgN4O5

分子量:893.49

CAS登録番号:479-61-8

原子数:137

原子軌道数:270

サンプル点数:433,000

総電子数:482

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 マグネシウム(Mg)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、クロロフィルa(chlorophyll a)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


クロロフィルa(chlorophyll a)のHOMO(241) エネルギー固有値:-0.01119 eV


LUMO


クロロフィルa(chlorophyll a)のLUMO(242) エネルギー固有値:1.60445 eV

HOMO-LUMO gap = 1.616 eV = 13031.0 cm-1 = 767.4 nm


POTMAP1


クロロフィルa(chlorophyll a)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


クロロフィルa(chlorophyll a)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


クロロフィルa(chlorophyll a)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


クロロフィルa(chlorophyll a)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)


POTMAP5


クロロフィルa(chlorophyll a)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(5)


POTMAP6


クロロフィルa(chlorophyll a)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(6)


POTMAP7


クロロフィルa(chlorophyll a)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの(MgN4を含む平面で切断, VESTAではこのように任意の平面で簡単に切断できます)。


POTMAP8


30°回転させて、斜めから切断面を観察してみました。

全ての図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。





大麦若葉青汁
アサヒフード&ヘルスケア















Chlorophyll
Richard L'amour
Books on Demand Gmbh
2010-11







tgs0001 at 18:22|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

サリチル酸メチル(methyl salicylate)の電子状態

F01


特有の強い芳香がある無色の液体で、菓子やチューインガム、歯磨き粉などの香料として用いられるほか、筋肉などの炎症を抑えるための鎮痛用外用塗布剤(湿布薬)に用いられているサリチル酸メチル(methyl salicylate)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012


ウィンターグリーン(wintergreen)(学名:Gaultheria procumbens)という植物のエッセンシャルオイルは冬緑油(wintergreen oil)と呼ばれ、その主成分はサリチル酸メチル(methyl salicylate)です。

岡山理科大学理学部化学科無機化学実験では、この冬緑油(wintergreen oil)を含んでいるアメ(Wint-O-Green Life Savers)のトライボルミネッセンス(摩擦発光, triboluminescence)に関する実験を行っています。 

スクロース(sucrose)のトライボルミネッセンス(摩擦発光)、サリチル酸メチルのフォトルミネッセンス(光発光)、サリチル酸メチルの塩化鉄(III)(iron(III) chloride)による呈色反応(赤紫色)などが体験できる人気の実験です。

参考文献:
計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of Methyl Salicylate
- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -


分子式:C8H8O3

分子量:152.1494

CAS登録番号:119-36-8

原子数:19

原子軌道数:41

サンプル点数:2,840,000

総電子数:80

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、サリチル酸メチル(methyl salicylate)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


サリチル酸メチル(methyl salicylate)のHOMO(40) エネルギー固有値:-0.04277 eV


LUMO


サリチル酸メチル(methyl salicylate)のLUMO(41) エネルギー固有値:3.40225 eV

HOMO-LUMO gap = 3.445 eV = 27785.9 cm-1 = 359.9 nm


POTMAP1


サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)


POTMAP5


サリチル酸メチル(methyl salicylate)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの(X-Y平面で切断)。

サリチル酸メチル(methyl salicylate)には、分子内に水素結合があります。

フェノールのオルト位のメチルエステル基は炭素−炭素結合軸で自由に回転できるので、分子内水素結合を考えると、もう一つの構造が想定されます。


F01b


この形でも、それなりに安定そうです。

本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMには、この分子内水素結合を考慮した2種類のサリチル酸メチル(methyl salicylate)の座標が入っています。


F012b


「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」に入っていたこの原子座標でも、DV-Xα法計算支援環境サリチル酸メチル(methyl salicylate)の電子状態を計算してみました。

原子数:19

原子軌道数:41

サンプル点数:2,840,000

総電子数:80

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、サリチル酸メチル(methyl salicylate)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMOb


サリチル酸メチル(methyl salicylate)のHOMO(40) エネルギー固有値:0.07397 eV


LUMOb


サリチル酸メチル(methyl salicylate)のLUMO(41) エネルギー固有値:3.27327 eV

HOMO-LUMO gap = 3.199 eV = 25804.1 cm-1 = 387.5 nm

 
POTMAP1b


サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2b


サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3b


サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4b


サリチル酸メチル(methyl salicylate)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)


POTMAP5b


サリチル酸メチル(methyl salicylate)の等電子密度表面を、isosurface levelを変えて、複数枚、重ね書きしたもの(X-Y平面で切断)。

全ての図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。


















tgs0001 at 15:35|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2013年12月10日

アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid)の電子状態

F01


解熱性鎮痛薬のアセチルサリチル酸, acetylsalicylic acid(アスピリン, Aspirin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012


参考:アスピリンのTシャツ(Aspirin T-Shirts)
計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of Aspirin
- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin):2-acetoxybenzoic acid

分子式:C9H8O4

分子量:180.157

CAS登録番号:50-78-2

原子数:21

原子軌道数:47

サンプル点数:2,490,000

総電子数:94

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)のHOMO(47) エネルギー固有値:0.33197 eV


LUMO


アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)のLUMO(48) エネルギー固有値:3.24345 eV

HOMO-LUMO gap = 2.911 eV = 23482.7 cm-1 = 425.8 nm


POTMAP1


アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2



アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3



アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4



アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)


POTMAP5


アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid, Aspirin)の等電子密度表面を、isosurface level を変えて、複数重ね書きしてみました(X-Y面で切断)。

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。














アスピリン企業戦争―薬の王様100年の軌跡
チャールズ・C. マン
ダイヤモンド社
1994-01









Aspirin
Jesse Russell
Book on Demand Ltd.
2013-01-28



Aspirin
Fastbook Publishing
2012-05










tgs0001 at 18:24|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

トリニトロトルエン(trinitrotoluene)の電子状態

F01


火薬に使われるトリニトロトルエン(trinitrotoluene, TNT)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012


計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of trinitrotoluene
- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

トリニトロトルエン(trinitrotoluene):2-methyl-1,3,5-trinitrobenzene

分子式:C7H5N3O6

分子量:227.13

CAS登録番号:118-96-7

原子数:21

原子軌道数:53

サンプル点数:2,246,000

総電子数:116

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、トリニトロトルエン(trinitrotoluene)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


トリニトロトルエン(trinitrotoluene)のHOMO(58) エネルギー固有値:-0.21271 eV


LUMO


トリニトロトルエン(trinitrotoluene)のLUMO(59) エネルギー固有値:2.12975 eV

HOMO-LUMO gap = 2.342 eV = 18893.2 cm-1 = 529.3 nm


POTMAP1


トリニトロトルエン(trinitrotoluene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


トリニトロトルエン(trinitrotoluene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


トリニトロトルエン(trinitrotoluene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4



トリニトロトルエン(trinitrotoluene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。





Trinitrotoluene
Betascript Publishers
2009-12
























火薬学の基礎
久保田 浪之介
日刊工業新聞社
2013-07-24



火薬と爆薬の化学
テニー デービス
東海大学出版会
2006-03



火薬工学
佐々 宏一
森北出版
2001-07



火薬学概論
中原 正二
産業図書
1983-07













tgs0001 at 17:01|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2013年12月06日

オキシトシン(oxytocin)の電子状態

F01


オキシトシン(oxytocin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考:オキシトシンのネックレス(oxytocin necklace)
    ecosci.jp(生活環境化学の部屋)オキシトシン


F012


計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of oxytocin
- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

オキシトシン(oxytocin):1-({(4R,7S,10S,13S,16S,19R)-19-amino-7-(2-amino-2-oxoethyl)-10-(3-amino-3-oxopropyl)-16-(4-hydroxybenzoyl)-13-[(1S)-1-methylpropyl]-6,9,12,15,18-pentaoxo-1,2-dithia-5,8,11,14,17-pentaazacycloicosan-4-yl}carbonyl)-L-prolyl-L-leucylglycinamide

分子式:C43H66N12O12S2

分子量:1007.19

CAS登録番号:50-56-6

原子数:135

原子軌道数:279

サンプル点数:420,400

総電子数:536

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p
 硫黄(S)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d

以下に、オキシトシン(oxytocin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


オキシトシン(oxytocin)のHOMO(268) エネルギー固有値:0.52551 eV


LUMO


オキシトシン(oxytocin)のLUMO(269) エネルギー固有値:3.72057 eV

HOMO-LUMO gap = 3.195 eV = 25769.9 cm-1 = 388.0 nm


POTMAP1


オキシトシン(oxytocin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


オキシトシン(oxytocin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


オキシトシン(oxytocin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


オキシトシン(oxytocin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。


オキシトシン―私たちのからだがつくる安らぎの物質
シャスティン・ウヴネース・モベリ
晶文社
2008-10-30









Oxytocin: Volume 1
Kenneth Stoller
Dream Treader Press
2012-08-09









Oxytocin
Book on Demand Ltd.
2013-01-15



The Oxytocin Opera
Bret Hoveskeland
2013-05-07









Oxytocin
Snowglobe
Makeshift Music
2009-04-14



Oxytocin
John S. Roberts
1983-04









The Oxytocin Women
ignacio sanabria
2010-12-14



Oxytocin Parenting
Susan Kuchinskas
2012-05-08


















Love It
Oxytocin
CD Baby.Com/Indys
2004-09-14



Meet Your Happy Chemicals: Dopamine, Endorphin, Oxytocin, Serotonin
Loretta Graziano Breuning
CreateSpace Independent Publishing Platform
2012-02-14



















tgs0001 at 13:14|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2013年12月05日

ルブレン(rubrene)の電子状態

F01


ルブレン(rubrene)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012


計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of rubrene

ルブレン(rubrene):5,6,11,12-テトラフェニルテトラセン

分子式:C42H28

分子量:532.7

CAS登録番号:517-51-1

原子数:70

原子軌道数:154

サンプル点数:771,300

総電子数:280

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s

以下に、ルブレン(rubrene)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


ルブレン(rubrene)のHOMO(140) エネルギー固有値:-0.15777 eV


LUMO


ルブレン(rubrene)のLUMO(141) エネルギー固有値:1.79995 eV

HOMO-LUMO gap = 1.958 eV = 15790.1 cm-1 = 633.3 nm


POTMAP1


ルブレン(rubrene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


ルブレン(rubrene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


ルブレン(rubrene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


ルブレン(rubrene)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。


























有機エレクトロニクス入門
筒井 哲夫
日刊工業新聞社
2012-02



















tgs0001 at 16:57|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2013年12月04日

ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin)の電子状態

F01


ウミホタル(sea firefly)(学名:vargula hilgendorfii)は海中で、刺激を受けると青色に光ります。シュプリジナルシフェラーゼ(cypridina luciferase)という酵素が触媒となって、酸化することによって光るのは、ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin), ヴァルグリン(vargulin), ヴァルグラルシフェリン(vargula luciferin)などと呼ばれるルシフェリン(luciferin)の一種です。

今回は、ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012


計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of cypridina luciferin (sea firefly luciferin, vargulin, vargula luciferin)

ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin):2-[3-[2-[(2S)-butan-2-yl]-6-(1H-indol-3-yl)-3-oxo-7H-imidazo[2, 1-c]pyrazin-8-yl]propyl]guanidine

分子式:C22H27N7O

分子量:405.496

CAS登録番号:7273-34-9

原子数:57

原子軌道数:117

サンプル点数:1,003,000

総電子数:216

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)のHOMO(108) エネルギー固有値:1.56448 eV


LUMO


ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)のLUMO(109) エネルギー固有値:3.30426 eV

HOMO-LUMO gap = 1.740 eV = 14032.3 cm-1 = 712.6 nm


POTMAP1


ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin, vargulin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。

















Bioluminescence: Chemical Principles And Methods
Osamu Shimomura
World Scientific Pub Co Inc
2006-09-30







tgs0001 at 17:08|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

DV-Xα法計算支援環境利用の手引きを小改訂

hajimete512


DV-Xα法計算支援環境利用の手引き(176頁, 17.4 MB)を小改訂しました。

DV-Xα法のための統合支援環境(DV-Xα法本体プログラム, displatプログラム群, DV-Xα法計算支援環境(秀丸マクロ集), 秀丸エディタ, OpenBabel, 教育用分子軌道計算システムeduDV(Auto-eduDV機能実装版), 三次元可視化システムVESTA)全般が使いこなせるよう、解説されています。










tgs0001 at 11:47|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2013年12月02日

抗生物質α-アボパルシン(α-avoparcin)の電子状態

F01


牛、豚、鶏の飼料効率の改善を目的に飼料添加されていたグリコペプチド系抗生物質アボパルシン(avoparcin)。

アボパルシン(avoparcin)を摂取していた動物からグリコペプチド系抗生物質耐性の腸球菌が発見され、バンコマイシンも同系統に属する抗生物質であるため、この耐性腸球菌の食物連鎖を通じたヒトの健康に対する懸念(バンコマイシン耐性腸球菌に感染する懸念)から、現在は多くの国で、飼料添加物としての使用が禁止されています。

アボパルシン(avoparcin)は、α-アボパルシン(α-avoparcin)とβ-アボパルシン(β-avoparcin)の混合物です。

今回は、α-アボパルシン(α-avoparcin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012


参考:抗生物質分子データ集(Jmol版) - 生活環境化学の部屋

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of minocycline
- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

α-アボパルシン(α-avoparcin)

分子式:C89H102ClN9O36

分子量:1909.28

CAS登録番号:73957-86-5

原子数:237

原子軌道数:510

サンプル点数:232,900

総電子数:1,004

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 塩素(Cl)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、α-アボパルシン(α-avoparcin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


α-アボパルシン(α-avoparcin)のHOMO(502) エネルギー固有値:0.50046 eV


LUMO


α-アボパルシン(α-avoparcin)のLUMO(503) エネルギー固有値:3.43730 eV

HOMO-LUMO gap = 2.937 eV = 23687.2 cm-1 = 422.2 nm


POTMAP1


α-アボパルシン(α-avoparcin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


α-アボパルシン(α-avoparcin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


α-アボパルシン(α-avoparcin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


α-アボパルシン(α-avoparcin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。





The Antibiotic Paradox
Stuart B Levy
Da Capo Press
2002-01-08














tgs0001 at 13:59|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

抗生物質アジスロマイシン(azithromycin)の電子状態

F01


15員環マクロライド系抗生物質、アジスロマイシン(azithromycin)(商品名:ジスロマック(Zithromax))の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012


参考:抗生物質分子データ集(Jmol版) - 生活環境化学の部屋

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of minocycline

アジスロマイシン(azithromycin):(2R,3S,4R,5R,8R,10R,11R,12S,13S,14R)-13-[(3-C-メチル-3-O-メチル-2,6-ジデオキシ-α-L-ribo-ヘキソピラノシル)オキシ]-2-エチル-3,4,10-トリヒドロキシ-3,5,6,8,10,12,14-ヘプタメチル-11-[[3-(ジメチルアミノ)-3,4,6-トリデオキシ-β-D-xylo-ヘキソピラノシル]オキシ]-1-オキサ-6-アザシクロペンタデカン-15-オン

分子式:C38H72N2O12

分子量:748.996

CAS登録番号:83905-01-5

原子数:124

原子軌道数:228

サンプル点数:511,300

総電子数:410

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、アジスロマイシン(azithromycin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


アジスロマイシン(azithromycin)のHOMO(205) エネルギー固有値:-0.07572 eV


LUMO


アジスロマイシン(azithromycin)のLUMO(206) エネルギー固有値:5.06172 eV

HOMO-LUMO gap = 5.137 eV = 41436.3 cm-1 = 241.3 nm


POTMAP1
 

アジスロマイシン(azithromycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


アジスロマイシン(azithromycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


アジスロマイシン(azithromycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


アジスロマイシン(azithromycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。



tgs0001 at 12:57|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2013年11月28日

抗生物質ミノサイクリン(minocycline)の電子状態

F01


テトラサイクリン系抗生物質、ミノサイクリン(minocycline)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考:抗生物質分子データ集(Jmol版) - 生活環境化学の部屋


F012


計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of minocycline

ミノサイクリン(minocycline):7-(ジメチルアミノ)-6-デメチル-6-デオキシテトラサイクリン

分子式:C23H27N3O7

分子量:457.483

CAS登録番号:10118-90-8

原子数:60

原子軌道数:126

サンプル点数:935,300

総電子数:242

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、ミノサイクリン(minocycline)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


ミノサイクリン(minocycline)のHOMO(130) エネルギー固有値:-0.07302 eV


LUMO


ミノサイクリン(minocycline)のLUMO(131) エネルギー固有値:8.78339 eV

HOMO-LUMO gap = 8.856 eV = 71431.8 cm-1 = 140.0 nm


POTMAP1


ミノサイクリン(minocycline)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


ミノサイクリン(minocycline)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


ミノサイクリン(minocycline)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


ミノサイクリン(minocycline)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。


















tgs0001 at 13:39|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

抗生物質ゲンタマイシン(gentamicin)の電子状態

F01


グラム陰性桿菌による感染症などの治療に使用される抗生物質、ゲンタマイシン(gentamicin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考:抗生物質分子データ集(Jmol版) - 生活環境化学の部屋


F012


計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of gentamicin
- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -


分子式:C21H43N5O7

分子量:477.6

CAS登録番号:1403-66-3

原子数:76

原子軌道数:142

サンプル点数:820,800

総電子数:260

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、ゲンタマイシン(gentamicin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


ゲンタマイシン(gentamicin)のHOMO(130) エネルギー固有値:-0.07302 eV


LUMO


ゲンタマイシン(gentamicin)のLUMO(131) エネルギー固有値:8.78339 eV

HOMO-LUMO gap = 8.856 eV = 71431.8 cm-1 = 140.0 nm


POTMAP1


ゲンタマイシン(gentamicin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


ゲンタマイシン(gentamicin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


ゲンタマイシン(gentamicin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


ゲンタマイシン(gentamicin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。





抗菌薬の考え方、使い方Ver.3
岩田 健太郎
中外医学社
2012-03-30






抗生物質のはなし
野口 実
日本実業出版社
1999-05









抗生物質の本質と正しく向き合う (GAIA BOOKS)
レオン・チャイトー
産調出版
2008-09-30



感染症まるごとこの一冊
矢野 晴美
南山堂
2011-03-20



もう迷わない!抗菌薬Navi
坂野 昌志
南山堂
2010-02-11



もう抗生物質では治らない―猛威をふるう薬剤耐性菌
マイケル シュナイアソン
日本放送出版協会
2003-03



抗生物質大要―化学と生物活性
田中 信男
東京大学出版会
1992-06



抗生物質治療ガイドライン (EBM医薬品・治療ガイドライン)
オーストラリア治療ガイドライン委員会
医薬ビジランスセンター
2002-09





















抗菌性物質医薬品ハンドブック (2000)
日本抗生物質学術協議会
じほう
2000-08










tgs0001 at 11:48|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2013年11月27日

抗生物質バンコマイシン(vancomycin)の電子状態

F01


メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA)感染症の治療薬として使用される抗生物質、バンコマイシン(vancomycin, VCM)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012jpg


参考:抗生物質分子データ集(Jmol版) - 生活環境化学の部屋

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of vancomycin(antibiotic drug, antibacterial agent)

分子式:C66H75Cl2N9O24

分子量:1449.3

CAS登録番号:1404-90-6

原子数:176

原子軌道数:384

サンプル点数:308,100

総電子数:760

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 塩素(Cl)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、バンコマイシン(vancomycin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


バンコマイシン(vancomycin)のHOMO(380) エネルギー固有値:0.40956 eV


LUMO


バンコマイシン(vancomycin)のLUMO(381) エネルギー固有値:3.58250 eV

HOMO-LUMO gap = 3.173 eV = 25591.5 cm-1 = 390.8 nm


POTMAP1


バンコマイシン(vancomycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


バンコマイシン(vancomycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3


バンコマイシン(vancomycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4


バンコマイシン(vancomycin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)


tgs0001 at 13:50|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

抗生物質テラバンシン(telavancin, VIBATIV)の電子状態

F01


メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)を含むグラム陽性菌感染症に対する治療薬の候補である抗生物質、テラバンシン(telavancin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。


F012


   :VIBATIV(telavancin)

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

Electronic Structure of telavancin(VIBATIV)(antibiotic drug, antibacterial agent)
- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

テラバンシン:3''-N-[2-(デシルアミノ)エチル]-29-(ジヒドロキシホスフィニルメチルアミノメチル)バンコマイシン

分子式:C80H106Cl2N11O27P

分子量:1755.63

CAS登録番号:372151-71-8

原子数:227

原子軌道数:478

サンプル点数:246,300

総電子数:928

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 塩素(Cl)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p
 リン(P)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d

以下に、テラバンシン(telavancin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


テラバンシン(telavancin)のHOMO(464) エネルギー固有値:0.25378 eV


LUMO


テラバンシン(telavancin)のLUMO(465) エネルギー固有値:3.33345 eV

HOMO-LUMO gap = 3.080 eV = 24839.2 cm-1 = 402.6 nm


POTMAP1


テラバンシン(telavancin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(1)


POTMAP2


テラバンシン(telavancin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(2)


POTMAP3



テラバンシン(telavancin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(3)


POTMAP4



テラバンシン(telavancin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)(4)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。


もう抗生物質では治らない―猛威をふるう薬剤耐性菌
マイケル シュナイアソン
日本放送出版協会
2003-03









tgs0001 at 11:19|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

2013年11月26日

アデノシン三リン酸(ATP)の電子状態

F01


生体のエネルギー通貨、アデノシン三リン酸(Adenosine triphosphate)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考:有機化学美術館「プリン体の話」

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。


アデノシン三リン酸:adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate)

分子式:C10H16N5O13P3

分子量:507.18

CAS登録番号:56-65-5

原子数:47

原子軌道数:118

サンプル点数:981,400

総電子数:260

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p
 リン(P)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d

以下に、アデノシン三リン酸(Adenosine triphosphate)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


アデノシン三リン酸(Adenosine triphosphate)のHOMO(130) エネルギー固有値:0.13300 eV


LUMO


アデノシン三リン酸(Adenosine triphosphate)のLUMO(131) エネルギー固有値:3.44671 eV

HOMO-LUMO gap = 3.314 eV = 26726.9 cm-1 = 374.2 nm


tgs0001 at 18:36|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

肩こり・筋肉痛の薬、インドメタシンの電子状態

F01


非ステロイド系抗炎症剤、インドメタシン(indomethacin)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考:有機化学美術館・分館「インドとインドメタシンのどうでもいい話」

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。

- Discrete Variational Xα (DV-Xα) Cluster Calculation -

インドメタシン:1-(4-クロロベンゾイル)-5-メトキシ-2-メチル-1-H-インドール-3-酢酸

分子式:C19H16ClNO4

分子量:357.793

CAS登録番号:53-86-1

原子数:41

原子軌道数:94

サンプル点数:1,245,600

総電子数:186

使用した原子基底関数:
 炭素(C)原子:1s, 2s, 2p
 水素(H)原子:1s
 塩素(Cl)原子:1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d
 窒素(N)原子:1s, 2s, 2p
 酸素(O)原子:1s, 2s, 2p

以下に、インドメタシン(indomethacin)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


インドメタシン(indomethacin)のHOMO(93) エネルギー固有値:-0.16214 eV


LUMO


インドメタシン(indomethacin)のLUMO(94) エネルギー固有値:2.57599 eV

HOMO-LUMO gap = 2.738 eV = 22084.5 cm-1 = 452.8 nm


POTMAP


インドメタシン(indomethacin)の静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map)

図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。













































tgs0001 at 11:18|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote

お茶の渋み成分、ガレート型カテキンの電子状態

F01


エピガロカテキンガレート(茶カテキン)の電子状態(分子軌道)をDV-Xα法計算支援環境で計算してみました。

参考:伊藤園「ガレート型カテキン」とは?

計算に用いた原子座標は、本間善夫先生、川端潤先生の「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されていたものです。


エピガロカテキンガレート:没食子酸エピガロカテキン(Epigallocatechin gallate)

分子式:C22H18O11

分子量:458.375

CAS登録番号:989-51-5

原子数:51

原子軌道数:117

サンプル点数:1,014,800

総電子数:238

使用した原子基底関数:
 炭素原子:1s, 2s, 2p
 水素原子:1s
 酸素原子:1s, 2s, 2p

以下に、没食子酸エピガロカテキン(Epigallocatechin gallate)の最高被占軌道(HOMO, Highest Occupied Molecular Orbital)、最低空軌道(LUMO, Lowest Unoccupied Molecular Orbital)、静電ポテンシャルマップ(Electrostatic Potential Map, 等電子密度曲面に静電ポテンシャルの大小で彩色したもの)を示します。


HOMO


没食子酸エピガロカテキン(Epigallocatechin gallate)のHOMO(119) エネルギー固有値:0.50318 eV


LUMO


没食子酸エピガロカテキン(Epigallocatechin gallate)のLUMO(120) エネルギー固有値:3.84294 eV

HOMO-LUMO gap = 3.340 eV = 26937 cm-1 = 371.2 nm


POTMAP



図は VESTA Ver. 3.1.7 で描きました。




































tgs0001 at 00:00|PermalinkComments(0)TrackBack(0)このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック Share on Tumblr Clip to Evernote