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カテゴリ : chemfig を含む記事

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10 化学を超えて

ChemFigは、描画ツールで、化学の分野の図式に特化したものです。
ある方法で、ChemFigでも、一般の組織図や他のブロック図を描くことができます。

各アトムは、tikzノードに含まれます。
デフォルトでは、ノードの”inner sep" および"outer sep"は、ともに0pt。
ノードの形状は、6ページに見られるように「四角形」です。
これらのデフォルトは、マクロ/setnodestyleを使って、tikzと同様にアトムを含むノードスタイルを指定することで、変更することができる。

以下の例では、
”draw,inner sep=2pt”と指定してますが、これはノードのアウトラインを描いて、そのアウトラインとノードの内容の間に2ptの隙間を空けることになります。
また、\setbondoffset{0pt}は、結合線とノードの縁がくっつきます。
アトム間の距離は75ptにデフォルト指定。
最後に\printatomコマンドは数式モードは使わず、そのまま出力するようにしてます。
(元々は、\printatom[1]{\ensuremath{\mathrm{#1}}})

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上の図はマニュアルの例そのままです。









エラー内容は、前記事に記した
******
(./test01.aux
! Undefined control sequence.
l.2 \pgfsyspdfmark
                   {pgfid1}{10998600}{41167695}
? x

******

このエラーは、
pdflatexで処理後、test01.auxを削除せずに、
続けてソース編集後、(u)platexをすると、
発生する。

実際、
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これで、ptex2pdf -l test01をすると
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ワーニングメッセージ
Package pgf Warning: Your graphic driver pgfsys-dvipdfmx.def does not support m
arking the current position. This warning is given only once on input line 7.
は、出るけど、うまくPDFは出力されている。(ようにみえる?)

続けて、LaTeX-CJK用にソースを変更し、pdflatexする。
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(^_^;)途中、操作ミスしちゃった。。。

次に、ソースをplatex用に戻して、続けてptex2pdf -l test01をすると
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というように、エラーになる!
(./test01.aux
! Undefined control sequence.
l.2 \pgfsyspdfmark
                   {pgfid1}{10998600}{41167695}
? x

test01.auxを削除すれば、最初に戻るけど。。。

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これって、どうなんだろ?

はじめに
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なるほど、納得!
ChemFigは、\(\pdfLaTeX\)の
dviモード(tex → dvi →pdf)あるいは
pdfモード(tex →pdf)
だから、日本語の情報が少ないんだな。。。
あれ?
TeXで分子構造式を描くパッケージ「chemfig」 | 人ごとな独り言:
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ここでは、jsarticleクラスを使っているぞ?

注意.chemfigは、dvipdfmxは未対応だと思う。
うまく行ってる気がするが。。。(-_-;)
Package pgf Warning: Your graphic driver pgfsys-dvipdfmx.def does not support m
arking the current position. This warning is given only once on input line 6.

あるいは、以下のようになることも。。。
(./test01.aux
! Undefined control sequence.
l.2 \pgfsyspdfmark
                   {pgfid1}{10998600}{41167695}
? x
No pages of output.

******
Bond
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化学式 - Wikipedia:
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