swfobject.jsを使っている場合に、z-indexを使ってflashコンテンツの上にレイヤーをのせる場合。
so.addParam("wmode", "transparent");
を加える。

var so = new SWFObject("***.swf", "名前", "幅", "高さ", "バージョン", "背景色");
 so.addParam("wmode", "transparent");
 so.write("flashcontent");