植物の「内生菌」の問題が大きな問題となります。
培養中の中で発生するコンタミについては、
○初期誘導における雑菌の混入
○作業途中における雑菌の混入
がある。

しかし、どうも植物に共生している菌が、
ある時期培養中の条件の変化
(温度の急激な変化、培地の間違い、植物体の老化など)で、
コンタミが広がる場合がある。

それをどうも内生菌がでたといっているわけですが、
内生菌に関する情報並びに定義
どのような菌であるのか?

その質問に対して Hセンセイは言う
『全く同じことを、ワサビの増殖をしていた先輩が言っておりました。
「最初は居ないのに、生長点が大きくなって伸びてくると、
決まって白いバクテリアが出てくる」と。
#彼は、自分がヨーグルト好きなことが原因かも、
と一時期悩んでおりました。

また、有機物を沢山入れた培地では
どうしてもバクテリア(酵母?)等が繁殖しやすいのも事実です。

植物を培養するための培地が、
実はバクテリアが繁殖しにくい選択培地になっているのかも知れません。

植物が大きくなって、二次代謝産物を生成するようになると
それを餌にするバクテリアが動き出すのかも・・・??? 
← 証拠なし。

詳しくは知りませんが、植物体内(導管内?)で
植物と共生している菌が居るのは事実のようです。
うちの病害虫部でバクテリアを調べていた人が
メロンから数株は分離しており、
(体内が)無菌状態の植物にうまく接種すれば
「植物の生長促進効果も期待できる」と言っておりました。

ただし、内生菌が培養時に悪さをするのか、
あるいは共生の効果が期待できるのか?
などについては、再現性がとても難しいので、
データになっているかどうか疑問です。

植物に害がなければ、無理に無菌にする必要はない、
と言う考え方もあるようですが、
やはり、無菌で行うのがよろしいかと・・・。

コストの問題はありますが、初代培養時に
クラフォラン等の抗生物質を使用するという手も有ります。
でもフィルター滅菌は面倒くさいですよね。
もっと安く、と言うのであれば、初代の茎頂培養時には
素寒天(水と寒天のみ)で培養し、
活着したものだけを普通の培地に移植するとか
(最も安い選択培地でしょう)。
こうすると、内生菌?の出てくる率が下がるような気がする。』

内生菌については 今の時点で どうなっているか
調べる価値がありそうだ。