500エラー(Internal Server Error)が発生し、エラーログに
malformed header from script. Bad header= .....というエラーメッセージが発生した場合、
CGI等で、最後の出力をしくってます。

Content-Typeを正常に出力していない
Content-Typeを「正しく」出力しているか?スペルミスはないか?
HTMLを出力する場合は試しに↓のprint文を試してみてください。
print "Content-type: text/html; charset=Shift_JIS\n\n";
または、Content-type:の種類が違うかもしれません。いつも使ってるコピペを正しく変更しましたか?
動画や画像をtext/htmlで出力したりしていませんか?

△修發修癲△覆砲盻侘呂靴討い覆ぁ
何もprintしていない。
perlが途中で何かしらのエラーを起して、何も出力していない。

など。

誤謬などございましたらご指摘感謝致します。